CaioFelipe

Ensaio Opcional dia 02/03/2018

A biologia evolutiva é uma área complexa, pois tenta descrever as relações de parentesco entre os seres vivos numa escala de tempo muito grande, o tempo evolutivo. O problema de se trabalhar com a evolução é que não possuímos uma máquina do tempo, para observar linhagens ancestrais se diferenciando, deste modo, muita informação é omitida pelo decorrer da própria história evolutiva, deste modo o que nos resta como uma alternativa para entender as relações entre os organismos é olhar para o presente e a partir disso obter ferramentas para inferir de maneira mais confiável possível uma possibilidade aceitável sobre como os seres vivos atuais estão relacionados historicamente. Uma das dificuldades que ficam evidentes na reconstrução de relações filogenética é a diminuição da subjetividade, o que é uma tarefa difícil quando estamos enviesados pelo mundo percebido pelos nossos sentidos, porém, uma filogenia subjetiva não é necessariamente ruim, contanto que ela cumpra sua função de descrever as relações entre os seres e que convença a comunidade a hipótese levantada, até que uma melhor seja apresentada. Entretanto a diminuição da subjetividade continua sendo importante para que o método científico continue sendo bastante confiável e, atualmente, isso é feito utilizando características biomoleculares dos organismos que geram boas filogenias mais objetivas para se trabalhar.

Comentário de Rafael Viana

O tema que foi colocado na oração título ficou desconexo com o conteúdo do texto. Muitas frases foram encadeadas numa só, e o assunto tratado muda dentro do corpo do texto (primeiro fala do problema de se trabalhar com evolução e depois da subjetividade nas relações filogenéticas). A conclusão do título começou com uma adversidade, o que deu a impressão de que você contradiz tudo o que foi falado.

Ensaio 1 dia 09/03

O método de maximum likelihood é muito bom para se trabalhar com diferentes parâmetros/modelos. Este método leva em consideração um conjunto de modelos possíveis para explicar os dados observados. Assim, é possível identificar qual o melhor modelo para se trabalhar, ou seja, o parâmetro que melhor explica os meus dados. Isso é possível pois a própria função de likelihood, quando maximizada, me mostra qual o parâmetro que melhor explica meu conjunto de dados.

Comentario dia 16/03/2018, por Thiago Giove

Texto convoluto.Mas claro, e sem erros ortográficos.Não muito didático para alguém que não conhece o método de likelihood

Ensaio 2 dia 16/03

Evolução convergente é um fenômeno bastante recorrente quando observamos a natureza. Tal fenômeno é muitas vezes evitado por reconstruções filogenéticas dicotômicas e parcimoniosas. Entretanto ele pode ser muito importante para a compreensão da realidade. Isto é, a evolução convergente de caracteres nos dá uma visão importante sobre o quão bem-sucedido foram as características X nos cenários Y. Uma vez que características aparentemente semelhantes surgem diversas vezes em cenários aparentemente diferentes. Em outras palavras possibilita a identificação de tendências evolutivas.

Comentário de Daniel Castro Pereira (23.III.2018)
O texto é sucinto e de fácil compreensão. As observações são: 1. a frase "Uma vez que características aparentemente semelhantes surgem diversas vezes em cenários aparentemente diferentes" está colocada de forma estranha, pois ela devia ser precedida por vírgula e não por ponto. Mas como a oração ficaria extensa, o ideal seria reconstruir a estrutura dessa frase; 2. a frase de conclusão é vaga e poderia ser mais desenvolvida. Como sugestão, algumas orações poderiam ser reforçadas por meio de citações bibliográficas.

Ensaio 3 dia 23/03

A lesma Elysia chlorotica é um animal fotossintetizante. Ela adquire esta habilidade através de um fenômeno denominado cleptoplastia. Este fenômeno consiste em “roubar” o cloroplasto de uma espécie de alga, a Voucheria litorea. A lesma rouba os cloroplastos através da ingestão do material citoplasmático da alga. Estes cloroplastos ficam no citoplasma das células do trato digestivo da lesma. Os mecanismos que ela utiliza para manutenção do cloroplasto ainda são desconhecidos. O que sabemos através da literatura é que esses cloroplastos não são herdados pela prole da lesma, mas para completar seu ciclo de vida, ela precisa, necessariamente, ingerir os cloroplastos da V. litorea.

Comentário por bruna rezende

Achei o parágrafo bem redigido. No início, achei que algumas sentenças poderiam ser mais longas e com mais conectivos para que a leitura fosse mais fluida. No geral, as informações mais importantes foram colocadas e acho que conseguiu resumir bem.

Ensaio 4 dia 20/04

A primeira grande extinção em massa ocorreu por volta de 3 bilhões de anos atrás. A vida na terra primitiva era composta de organismos anaeróbios. A atmosfera era completamente redutora. Quando surgiu um organismo capaz de produzir oxigênio, este elemento intoxicou a atmosfera, tornando-a oxidante. A grande diversidade de seres vivos da época era intolerante ao poder oxidante dessa molécula, e por isso foram extintos. Devido à magnitude desse evento, pode ser considerado como a primeira grande extinção em massa do planeta terra.

Comentário por Pedro Mariano
As frases estão um pouco desconexas, então acho que algumas expressões podem ser modificadas para que a ligação entre elas fique mais fluida. No entanto, as informações de cada frase são claras e objetivas, então o texto é compreensível.

Ensaio 5 dia 27/04

Ciências que divergiram de uma área em comum, podem se tornar incomensuráveis. Um exemplo disso é a paleontologia e a biologia. Ambas eram estudadas dentro de uma área chamada história natural. Com o passar dos anos, tanto a paleontologia quanto a biologia foram adquirindo características próprias que permitiam uma grande distinção entre elas, tornando-as campos de estudos separados. Entretanto, embora distintas, essas duas áreas ainda conversam muito entre si, porém, nem sempre tal conversa é compreensiva para ambas as áreas. Isso ocorre pois existem termos idênticos e bem estabelecidos dentro de cada área, que possuem significado contrastante. Uma situação em que isso ocorre é com relação ao conceito de “grupo tronco”, que diz respeito a um grupo fóssil que não tem como ser bem resolvido em uma árvore filogenética. O conceito de “grupo tronco” para os biólogos, diz respeito a uma linhagem basal fóssil, relacionada a um determinado grupo (como uma linhagem posicionada antes do ancestral hipotético eucarionte, por exemplo). Já para os paleontólogos, o conceito de “grupo tronco” diz respeito a linhagem ancestral de determinado grupo (como a pertencente a própria linhagem da qual o ancestral hipotético dos eucariontes é derivado, por exemplo). Essa divergência dificulta a comunicação entre pesquisadores da área. Ela ocorre, pois, os paleontólogos têm uma visão de ancestralidade e descendência na árvore filogenética. Enquanto que os biólogos constroem a árvore com base em ancestralidade comum, sem relações de estrita hereditariedade.

Comentário por Stephanie Sibinelli

O texto está muito claro com sentenças curtas. Há uma lógica na ordem das ideias. Os parenteses talvez não sejam necessários já que referem-se a explicações, elas poderiam fazer parte do texto

Ensaio 6 dia 04/05

Métodos mais modernos para realizar o enraizamento consistem em olhar os genes que foram transferidos na endossimbiose da mitocôndria ancestral para núcleo de eucariontes. A observação desses genes é uma espécie de registro fóssil genético. Uma vez que na mitocôndria não ocorrem paralogias, assim podemos confiar que os genes não mudaram. Outro importante fator é a origem desses genes, que por serem bacterianos, tornam possíveis a comparação entre os domínios de bactéria e eucaria. A imagem a seguir mostra a reconstrução obtida por pesquisadores utilizando genes mitocondriais presentes no núcleo:

Eles utilizaram 37 genes para tal reconstrução. Alguns autores podem argumentar que este número é insuficiente para uma reconstrução confiável. Nessa reconstrução eles chegaram à conclusão de que a raiz dos eucariontes encontra-se em excavados, que eles estão chamando de discoba.

Comentário por William

Você começou o ensaio explicando uma metodologia para o enraizamento, porém esqueceu de mencionar que esse método se refere a arvore de eucariotos. Quando tratar de paralogia, não é uma questão de haver ou não mudanças, mas sim que apenas ortologos são comparaveis.
De maneira geral, o texto está muito claro e bem escrito.

Ensaio 7 dia 11/05

Os eucariontes possuem um ciclo básico quando diz respeito às divisões nucleares. Estes organismos têm um processo chamado mitose, que corresponde a uma divisão reducional do material genético. Essa divisão dá início à fase de vida haploide, ou seja, o organismo possui um único conjunto cromossômico. Um outro processo que é importante para que o ciclo seja completo é a fusão do conjunto cromossômico. Por conta de tal junção do conteúdo genético de células haploide, temos um indivíduo diploide, que possui dois conjuntos cromossômicos. As variações que observamos neste ciclo ocorrem basicamente pela perda de alguma etapa. Um organismo exclusivamente haploide perdeu a etapa de fusão do material genético, por exemplo. Para esclarecer os conceitos descritos anteriormente, segue a imagem:

Comentário por Pedro Mariano
Na segunda frase, houve uma troca da palavra "meiose" por "mitose". O padrão geral ficou claro, mas acho que ele poderia ser melhor aprofundado e que as variações desse padrão não foram bem introduzidas. Acho que, primeiro, seria interessante comentar a existência delas e, depois, explicar de onde elas vêm. E há uma confusão de conceitos. na verdade, uma espécie haploide não perdeu a etapa de fusão. Há união de núcleos, porém a meiose ocorre logo depois. Se não fosse assim, seria seguido o padrão de bactérias e arqueias e não o padrão geral de eucariontes.

Ensaio 8 dia 18/05

Nós, Caio Felipe, Pedro Mariano e Thiago Giove, utilizamos a seguinte definição para fotossíntese, definida por Gest (2002):

A fotossíntese é uma série de processos no qual energia eletromagnética é convertida em energia química para a biossíntese de materiais celulares orgânicos; um organismo fotossintetizante é aquele cuja maior parte da energia adquirida para sínteses celulares é suprida por luz.

Utilizamos tal definição pois é àquela que julgamos ser a mais ampla, pois permite incluir uma grande gama de organismos e não somente plantas, algas e cianobactérias, como era feito antigamente. Como não é comentado na definição de Gest a produção de oxigênio molecular podemos incluir grupos como as bactérias púrpuras. E por não definir dióxido de carbono como fonte de C, permite a inclusão de bactérias que são capazes de utilizar acetato para sua biossíntese. Outro ponto importante é que, como tal definição não pressupõem a produção de poder redutor, ela permite considerar os processos cíclicos como fotossíntese cíclica. Por fim, há o fato de que a energia para fotossíntese não é necessariamente solar, e sim radiação eletromagnética, uma vez que as plantas podem realizar fotossíntese utilizando radiação eletromagnética de outras fontes, como lâmpadas, por exemplo.

Referências:
Gest, H. 2002. History of the word photosynthesis and evolution of its definition. Photosynthesis Research, 73: 7-10.

Ensaio 9 dia 25/05

Linhagens assexuadas não seriam viáveis durante grandes períodos de tempo. Isso ocorre por conta de um fenômeno conhecido como catraca de Müller. Tal fenômeno consiste em mutações que fazem mais mal do que bem e se acumulam mais rapidamente em espécies que se reproduzem apenas de modo assexuado, num caminho sem volta1. Os indivíduos assexuados possuem uma curva de distribuição de frequências de mutações prejudiciais indicada na figura 1. A tendência desta distribuição está no aumento da quantidade dessas mudanças fracamente deletérias no DNA. Uma vez que não há mecanismo para recombinar o genoma e recompor outros genótipos menos danificados, a linhagem atinge um limiar no qual a quantidade de mutações não permite sua sobrevivência, o que a leva, inevitavelmente à extinção.

Figura 1

Referências
1 Disponível em :< http://revistapesquisa.fapesp.br/2003/05/01/a-genese-do-dna/> dia 25/05/2018 às 16:30.

Auto-avaliação

Acredito que aproveitei ao máximo a disciplina. Li uma parte da bibliografia antes de ir às aulas, o que propiciou um aproveitamento ainda maior, mas mesmo nas aulas que não li estes artigos acredito que aproveitei muito mesmo. Fui muito mais participativo do que achei que seria. Por conta do meu bom aproveitamento da disciplina como um todo eu me dou nota 1.0 (apesar de não ter lido a literatura recomendada toda semana)