Ensaio Opcional dia 18/02
Ensaio dia 03/03
É necessário boa amostragem para reconstruir filogenias confiáveis. Má amostragem pode levar a erros como 'long branch atraction', que diminuem nossa capacidade de explicar a evolução das linhagens. A falta de amostragem confiável também cria grupos que não são reais. Uma boa amostragem é o essencial para uma boa filogenia, apesar de nem sempre ser possível.
Comentários de Fabíola
A informação “Uma boa amostragem é o essencial para uma boa filogenia", contida na última frase, já foi explicitada na frase título, portanto, pode ser retirada. É interessante encaixar o trecho "apesar de nem sempre ser possível" em outra parte do parágrafo.
Ensaio 10/03
O grupo dos Cromoalveolados atualmente não é considerado monofilético. A única característica desse grupo era a endossimbiose secundária. Porém, outros dados eram opostos ao monofiletismo do grupo. Esses dados eram ignorados por irem contra o monofiletismo da endossimbiose secundária. Com a construção de cada vez mais árvores filogenéticas, a hipótese do grupo Cromoalveolado ficou cada vez mais fraca. Atualmente esse grupo foi desmontado em vários grupos diferentes.
Ensaio 17/03
Características morfológicas podem indicar similaridades entre dois ou mais grupos. É tentador assumir que essas características são resultado de ancestralidade em comum, ou seja, os grupos compartilham a história que levou a essas características. Porém, a similaridade também pode surgir por outros meios, em um processo chamado convergência evolutiva. Para evitar que grupos sejam formados por similaridade, é importante diminuir as pré-concepções do pesquisador. Isso evita que o pesquisador enviese inconscientemente seus resultados. Na história recente, dois casos de agrupamento por similaridade são os Excavta e os Cromoalveolados. Ainda não é certo o monofiletismo dos Excavata, devido a dificuldades intrínsecas do grupo, i.e. altas taxas de mutação, mas já se tem provas suficientes que os Cromoalveolados não são um grupo monofilético.
Ensaio 31/03
Limitações tecnológicas muitas vezes impedem que hipóteses sejam testadas corretamente. Mas isso não deve impedir que essas hipóteses sejam lançadas. Apesar da ausência de teste no presente, a discussão dessa hipótese pode contribuir para avanços na ciência. E a hipótese também pode acelerar o desenvolvimento de métodos que possam testar a hipótese. Hipóteses como a da endossimbiose, por exemplo, só puderam ser satisfatoriamente testadas anos após sua criação, quando a tecnologia de sequenciamento de DNA se popularizou. Porém, ao propor hipóteses que não podem ser testadas no presente, deve-se ter cuidado. Não se pode propor algo que seja impossível de ser testado por ser imunes a refutações, como o dragão invisível do livro "O mundo assombrado por demônios", de Carl Sagan.
Ensaio 14/04
A datação absoluta de uma filogenia depende de dois tipos de dados diferentes, os moleculares e os fósseis. Porém, é interessante notar que a criação de fósseis depende de condições que tornam a fossilização um evento raro (i.e. sedimentos presentes no ambiente, presença de partes duras no organismo, ausência de ação de necrófagos). Isso gera uma incerteza nas datas presentes na filogenia, pois sabe-se apenas que na época que o organismo fossilizado viva, o grupo que ele representa já estava presente.
Comentário por Gloria: Oi, Giovanni! Gostei da sua frase-título. Achei as demais frases longas. Acho que quebrar essas duas frases em frases menores facilitaria a leitura. De resto, gostei do seu tema.
Ensaio 28/04 (opcional)
Grupo externo é um grupo adicionado na análise filogenética com o propósito de ser o ramo onde a raiz é adicionada. Isso é necessário pois os computadores criam árvores não enraizadas, e a raiz é inserida posteriormente. O grupo externo permite indicar ao computador onde a raiz se encontra, após a criação da árvore não enraizada. Apesar do grupo externo ser um grupo fora do grupo sendo estudado na análise filogenética, ele não pode ser distante demais do grupo estudado. Isso é altamente problemático porque o grupo externo estará muito distante do grupo em estudo, deixando o suporte da raiz fraco, e também porque isso cria artefatos na taxa de evolução do grupo estudado, aumentando-a artificalmente (Derelle et al., 2015). Além disso, caso o grupo externo seja muito diferente do grupo sendo estudado, começa a surgir dificuldade em encontrar sinapomorfias.
Bibliografia:
DERELLE, Romain et al. Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root. Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 112, n. 7, p. E693-E699, 2015.
Comentário (Mariah, 12/05): Oi! Gostei muito do seu ensaio e tive bastante dificuldade para encontrar algo que pudesse melhorar, achei muito bom. Acredito que a utilização de imagens ajudaria bastante a visualizar o que você escreveu.
