Guilherme de Ornellas Paschoalini

Ensaio Aula 1 - 19/02

A Descrição da Diversidade Biológica. Os métodos de descrever a diversidade biológica pela sistemática filogenética sustentam uma divisão das linhagens em 3 Domínios: Bacteria, Archaea e Eukarya. Os dois primeiros exclusivos de microrganismos. Em Eukarya - que apresentam núcleos verdadeiros - pelo menos 13 Reinos (dos 15) agrupam linhagens unicelulares. A configuração atual da árvore filogenética é sustentada pela análise molecular de genes e proteínas que resolvem problemas de distâncias evolutivas entre linhagens. As zonas adaptativas explicitas no paradigma dos 5 Reinos de Whittaker é uma forma alternativa de criar grupos com base no tipo de nutrição, porém ignora a noção de grupos atuais que compartilham um ancestral comum não servindo à inferências evolutivas e de relações filogenéticas.

Comentários - RPG

A Descrição da Diversidade Biológica. - (Frase título não é uma oração)
Os métodos de descrever a diversidade biológica pela sistemática filogenética sustentam uma divisão das linhagens em 3 Domínios: Bacteria, Archaea e Eukarya. Os dois primeiros exclusivos de microrganismos. - (Neste caso poderia ser um período, pois esta frase não é uma oração, e é diretamente ligada à anterior)
Em Eukarya - que apresentam núcleos verdadeiros - (o que apresenta núcleos verdadeiros? A ideia é clara, mas falta o substantivo) pelo menos 13 Reinos (dos 15) agrupam linhagens unicelulares. A configuração atual da árvore filogenética é sustentada pela análise molecular de genes e proteínas que resolvem problemas de distâncias evolutivas entre linhagens.
As zonas adaptativas explicitas no paradigma dos 5 Reinos de Whittaker é - (não tem concordância com plural) uma forma alternativa de criar grupos com base no tipo de nutrição, porém ignora a noção de grupos atuais que compartilham um ancestral comum não servindo à inferências evolutivas e de relações filogenéticas.

A frase final não fecha bem o texto, até pela construção que a tornou difícil de ler. Fica meio jogado, começando com uma visão geral da classificação atual, depois explica como esta é feita e por último retoma o método antigo. Seria mais interessante basear a argumentação em: discutir a reconstrução de Whittaker antes, apontando suas limitações, e depois contrapô-la com o paradigma molecular, e como os métodos e resultados diferem entre os dois.

Ensaio - Aula 2 - 04/03

N/A

Ensaio - Aula 3 - 11/03

Tecas de diferentes linhagens apontam Convergência Final. A construção de tecas está presente em Ciliates, Amoebozoa, Foraminiferans, Radiolaria e outros. Muitas compostas de sílica, calcário, outras são agregados de partículas inorgânicas. Diversos tecados secretam sua própria carapaça, enquanto outros agregam até outros organismos (diatomáceas, por exemplo). Os métodos de construção, portanto, variam de grupo para grupo. A análise filogenética dos eucariotos sugere grandes distâncias evolutivas entre os grupos tecados, ver BAUDAULF (2008). Consequentemente, a evolução independente do comportamento consistiria em convergência adaptativa. Poucos estudos são conduzidos na área e a questão não está elucidada.

Correção e comentários:

Tecas de diferentes linhagens apontam convergência final. A construção de tecas está presente em Ciliates, Amoebozoa, Foraminiferans, Radiolaria e outros. Muitas são compostas de sílica, calcário, enquanto outras são agregados de partículas inorgânicas. Diversos tecados secretam sua própria carapaça, enquanto outros agregam até outros organismos (diatomáceas, por exemplo). Portanto, os métodos de construção variam de grupo para grupo. A análise filogenética dos eucariotos sugere grandes distâncias evolutivas entre os grupos tecados, ver BALDAULF (2008). Consequentemente, a evolução independente do comportamento consistiria em convergência adaptativa. Poucos estudos são conduzidos na área e a questão não está elucidada.

Na primeira oração eu não colocaria "Convergência Final" com letras maiúsculas, já que não caracteriza nenhum tipo de nome próprio. Além disso, acho que poderia ser escrito apenas "convergência", já que convergir significa ir em direção a um mesmo ponto, não sendo necessário colocar que é final. Senti falta de um verbo na oração em azul, e deixei sugestões escritas em negrito que eu acho que deixaria o texto mais fluído. Eu colocaria a palavra portanto no começo da oração, pois fica mais conclusivo e não "quebra" a frase no meio. Achei que a referência sobre Baldauf (que é com L) ficou um pouco jogada, seria menos impactante (pelo menos para mim) se estivesse escrito "como mostra a árvore filogenética do Baldauf (2008)".

- Corrigido por Stephanie Arcos.

Ensaio Aula 4 - 18/03

A árvore filogenética dos eucariotos está sujeita à mudanças constantes. O Domínio Eukarya é subdividido em uma série de supergrupos caracterizados por possuírem núcleo verdadeiro. Opisthokonta (fungos, animais, coanoflagelados e outros) constitui-se como um dos grupos bem sustentados das filogenias eucariontes atuais. Sequenciamentos de múltiplos genes e da subunidade S dos ribossomos dos opisthocontes dão suporte à monofilia do grupo. Evidências adicionais provém de reconstruções de supergrupos próximos. Tais resultados refletem a ênfase histórica dada a entidades biológicas macroscópicas para as quais há vasta literatura sobre sua biologia. Por exemplo, existem poucas evidências que resolvem grupos como "Rhizaria" e Alveolata. Entretanto, há grupos de "protistas" bem corroborados como os Amoebozoa para o qual ainda há poucos dados biológicos. Hipóteses de monofiletismo estão em constante testabilidade.

Aula 5 - Parágrafo da Prova reescrito - 08/04

Historicamente o estudo de microrganismos tem sido dificultoso. Novas tecnologias como a microscopia eletrônica e da biologia molecular permitiram desenvolver as áreas da microbiologia. Descrever a rica biodiversidade do mundo microbiano, portanto, torna-se possível. Como divulgar este conhecimento entre o meio científico e a comunidade? O mundo biológico visível aos olhos humanos é apenas uma fração da diversidade que normalmente encontramos em uma unidade de espaço amostral. É possível que a divulgação científica e o diálogo entre especialistas e leigos facilite a compreensão das relações filogenéticas - proximidade e parentesco entre espécies. Conceitos como de Evolução por Seleção Natural são abordados durante a vida estudantil do indivíduo, especialmente descritos nos 3 livros mais vendidos de Biologia para o Ensino Médio no Brasil. Aparentemente, no entanto, não aplicamos este conhecimento prévio no entendimento da biodiversidade. O motivo pelo qual a sociedade, de modo geral, descredibiliza esta teoria, é complexo e pouco entendido.

Comentários Rodolfo Pereira Graciotti - 15/04

Historicamente o estudo de microrganismos tem sido dificultoso. Voz passiva, não está objetivo. Quem acha e por que é dificultoso?
Novas tecnologias como a microscopia eletrônica e da biologia molecular permitiram desenvolver as áreas da microbiologia. (Na verdade não, a área da microbiologia é anterior ao desenvolvimento da biologia molecular. Talvez, se entendi direito, você deveria dizer que a biologia molecular aprimorou ou complementou o conhecimento microbiologico.)
Descrever a rica biodiversidade do mundo microbiano, portanto, torna-se possível. Como divulgar este conhecimento entre o meio científico e a comunidade? O mundo biológico visível aos olhos humanos é apenas uma fração da diversidade que normalmente encontramos em uma unidade de espaço amostral. É possível que a divulgação científica e o diálogo entre especialistas e leigos (nisso posso estar enganado, mas a palavra "leigo" pode ter conotação pejorativa. Prefira "público em geral" ou algo assim.) facilite a compreensão das relações filogenéticas - proximidade e parentesco entre espécies. (gostei de você definir o conceito, mas a filogenia não diz respeito apenas à espécie)
Conceitos como de Evolução por Seleção Natural são abordados durante a vida estudantil do indivíduo, especialmente descritos nos 3 livros mais vendidos de Biologia para o Ensino Médio no Brasil. (referência?)
Aparentemente, no entanto, não aplicamos este conhecimento prévio no entendimento da biodiversidade. O motivo pelo qual a sociedade, de modo geral, descredibiliza esta teoria, é complexo e pouco entendido. (cuidado com "este(as)", principalmente se o que você se refere ficou muito atrás no texto. No seu caso, "este" acho fica claro, mas o "esta" se perde, se refere ao que? Pode-se inferir "evolução" pelo contexto, mas não fica claro)

Ensaio Aula 6 - 15/04

Discussão sobre a hipótese tradicional de origem dos eucariotos e hipóteses recentes. Endossimbiose pode ser entendida como uma associação entre dois organismos, na qual um vive dentro do outro e mutualmente benéfica. Lynn Margulis propôs a Teoria da Endossimbiose Sequencial – vários eventos de edossimbiose na base da filogenia dos eucariontes. Essa é a hipótese tradicional que diz que um procarioto anaeróbico, amitótico e ameboide fagocitou em sequência um procarioto aeróbio (originando a mitocôndria), um autotrófico (origem do cloroplasto) e um procarioto espiroqueta (microtúbulos). Tais eventos endossimbióticos ocorreram concomitantemente a mudanças ambientais drásticas na geologia do planeta e estas, possivelmente, foram pressões seletivas na evolução das organelas. A mudança gradual de uma atmosfera redutora para uma oxigenada, por exemplo, ocorre em tempos geológicos em que surgem as primeiras cianobactérias. Alguns postulados dessa hipótese foram corroborados por trabalhos subsequentes. A mitocôndria possui DNA fundamentalmente procariótico e maquinaria para produção de suas próprias proteínas. Entretanto, jamais encontramos material genético em organelas microtubulares (a citar: flagelos, cílios e centríolos). Hoje, acreditamos que o ancestral de todos os eucariontes já possuía mitocôndria, fazia mitose e produzia microtúbulos. O que ocorre durante a divergência de procariotos e eucariotos constitui uma limitação do método filogenético e permanece no âmbito da especulação.

Comentários por Davi Jardim - 29/04

Discussão sobre a hipótese tradicional de origem dos eucariotos e hipóteses recentes (essa oração não possui verbo). Endossimbiose pode ser entendida como uma associação entre dois organismos, na qual um vive dentro do outro e mutualmente benéfica Essa parte poderia ser uma nova frase: Além disso, ambos os organismos se beneficiam mutualmente; (muito grande, daria para transformar em duas orações: //A primeira, antes da vírgula, poderia ser sua oração título; A segunda poderia ser Nesse tipo de associação, um organismo vive no interior de outro). Lynn Margulis propôs a Teoria da Endossimbiose Sequencial – vários eventos de endossimbiose na base da filogenia dos eucariontes. Essa é a hipótese tradicional que diz que um procarioto anaeróbico, amitótico e ameboide fagocitou em sequência um procarioto aeróbio (originando a mitocôndria), um autotrófico (origem do cloroplasto) e um procarioto espiroqueta (microtúbulos) (muitos verbos). Tais eventos endossimbióticos ocorreram concomitantemente a mudanças ambientais drásticas na geologia do planeta e estas, possivelmente, foram pressões seletivas na evolução das organelas. A mudança gradual de uma atmosfera redutora para uma oxigenada, por exemplo, ocorre em tempos geológicos em que surgem as primeiras cianobactérias (período muito grande). Alguns postulados dessa hipótese foram corroborados por trabalhos subsequentes (precisa citar quais). A mitocôndria possui DNA fundamentalmente procariótico e maquinaria para produção de suas próprias proteínas essa oração está boa. Entretanto, jamais (evitar esse tipo de palavra) encontramos material genético em organelas microtubulares (a citar: flagelos, cílios e centríolos). Hoje, acreditamos que o ancestral de todos os eucariontes já possuía mitocôndria, fazia mitose e produzia microtúbulos (referência). O que ocorre d Durante a divergência de procariotos e eucariotos constituiu-se uma limitação do método filogenético, permanecendo no âmbito da especulação.

Ensaio aula 7 - 29/04

Nosso planeta tem cerca de 4,6 bilhões de anos. Para facilitar os estudos da história natural da Terra, os geólogos dividem seu tempo de existência em Éons (Hadeano, Arqueano, Proterozóico, Paleozóico, Mesozóico e Cenozóico). Os primeiros três éons dizem respeito a aproximadamente 4,0 bilhões de anos. Entretanto pouco sabemos sobre este período. De acordo com as evidências fósseis, os vertebrados terrestres surgem no Paleozóico (380 m.a.) e os dinossauros somente no Mesozóico (230 m.a.). É a partir desse período que a história da vida é bem documentada. Por quais motivos a ciência pouco sabe sobre a Terra primitiva e seus habitantes? De fato, os motivos podem ser diversos. Porém, um é o problema do registro fóssil incompleto. Um fóssil é uma impressão mineralizada de atividade biológica. Alguns seres vivos são mais susceptíveis a se fossilizarem do que outros. Isso depende, entre outros, da sua composição química. Moluscos de concha calcária são mais preservados do que protistas unicelulares (uma célula), e até mesmo do que animais multicelulares de corpo mole. Além da questão química, outro fator que influencia na preservação do fóssil é o tempo em que ele foi formado: quanto mais recente o tempo geológico, mais abundantes são os fósseis. Impressões biológicas dos primeiros organismos vivos, são raras e mesmo inexistentes.

Ensaio aula 8 - 06/05

Protistas fazem sexo. Meiose é um tipo de divisão celular que leva à produção de células haplóides (1 pacote de cromossomos). Por exemplo, uma célula diplóide (2n) possui um conjunto de 46 cromossomos (cada cromossomo repete-se uma vez, constituindo 1 par), uma célula haplóide (n), portanto, tem 23. Acreditávamos que somente plantas, fungos e animais multicelulares evoluíram a capacidade de fazer meiose. Nesses grupos, a meiose forma gametas - células sexuais. Alternativamente à uniformidade com que ocorre a meiose em plantas, fungos e animais, nos protistas há diversidade no processo. Classificamos os protistas em uma das três categorias possíveis:(1) Haplontes submetidos à meiose zigótica; (2) Diplonte com meiose gamética; (3) e formas héterofasicas com meiose intermediária¹². A meiose em haplontes gera os adultos "n" a partir de esporo "2n". Os gametas que espécies diplontes fundem-se em um zigoto. As primeiras evidências de meiose em protistas datam dos anos 80, com estudo em diatomáceas³. Hoje sabemos que a maior parte dos grandes grupos protistas apresentam linhagens com meiose.

ENSAIO FINAL (13/05 até 24/06)

Tema - 13/05

Qual? A Origem dos Eucariontes - perspectivas geológicas, paleontológicas e moleculares;

Por quê? Tratamos de vários aspectos dos eucariontes durante o curso, desde Endossimbiose até Diversidade. Tivemos uma aula sobre o assunto que proponho, aula em que não consegui me aprofundar. Por isso acredito que é uma boa oportunidade para entender melhor o tema, que particularmente acho muito interessante.

Assuntos Registro fóssil dos primeiros eucariontes; Importância e Sucesso Evolutivo; Evidências morfológicas e moleculares da origem do grupo; métodos utilizados no problema sobre a origem dos eucariontes

Obs: obviamente esses pontos vão se expandir, o suficiente para entendê-los e para não exagerar em conceitos.

Referências - 20/05

Inicialmente o ensaio focará nos trabalhos de Andrew H. Knoll¹²³. Para fins de comparação, porém, pesquisarei outros trabalhos.

Perguntas a serem debatidas Ambas abordagens geológica e molecular são utilizadas para inferir a história natural dos eucariotos. A análise conjunta desses métodos poderia elucidar problemas sobre a origem dos Eucariontes? Como funcionam tais abordagens? O que sabemos hoje sobre o problema da origem dos eucariontes?

¹Knoll, A. H. (1992). The early evolution of eukaryotes: a geological perspective. Science, 256(5057), 622-627.
²Knoll, A. H., Javaux, E. J., Hewitt, D., & Cohen, P. (2006). Eukaryotic organisms in Proterozoic oceans. Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 361(1470), 1023-1038.
³Knoll, A. H. (2014). Paleobiological perspectives on early eukaryotic evolution. Cold Spring Harbor perspectives in biology, 6(1), a016121.

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