Ensaio Opcional 02/03
A taxonomia biológica ainda é um paradoxo entre os cientistas, para se classificar os seres vivos são necessários critérios, formas arbitrárias que dependem exclusivamente do indivíduo que os cria, tornando-se favorável apenas ao seu criador. Portanto, para se estabelecer relações filogenéticas, o autor deverá adotar um critério e a partir dele, desenvolver uma árvore comparativa. Essa filogenia é correta quando levado em conta aqueles determinados critérios, dessa forma, pode-se haver conflitos de opiniões de acordo com o que se é considerado. Esse é o cenário da ciência, o estabelecimento de premissas para correlacionar grupos, já que a real relação entre os seres vivos e como estes se desenvolveram ao longo da evolução é incerta e depende totalmente de estudos filogenéticos e tentativas de se criar cladogramas da forma mais parcimoniosa e correta possível.
Revisado por: Rúbia Vanderlinde.
Seu texto apresenta algumas ideias rígidas e forçam uma "regra", como o professor falou. Porém, na segunda parte dele, você conseguiu colocar um pouco mais de flexibilidade e talvez seja uma linha melhor a ser seguida nos próximos textos. A palavra "paradoxo" talvez não tenha sido a melhor escolha, mas deu pra entender o que você quis dizer. No final você volta ao lado rígido e coloca a ideia de que parcimônia seria o único conceito correto. Então, cuidado com algumas colocações.
Ensaio 1 09/03
A likelihood é um dos possíveis modelos para se maximizar uma árvore filogenética. Trata-se de um critério de otimização que considera os processos mutacionais ao decorrer da evolução dos táxons. As árvores disponíveis estabelecem probabilidades de mudança da linhagem de acordo com o tempo. Portanto, a partir de parâmetros estabelecidos entre os terminais de uma filogenia, pode-se chegar a um número mínimo de árvores que seriam mais possíveis, por probabilidade.
Comentário de Stephanie Sibinelli
O texto está em um formato adequado e as frases estão bem construídas. Senti um pouco de dificuldade de associar alguns conceitos como "modelo", "critério de otimização", ou seja, não entendi se a likelihood é um ou outro. A última frase apresenta uma ideia nova não desenvolvida anteriormente, entretanto você usa "portanto".
Ensaio 2 16/03
O grupo Metazoa ocupa uma área pequena da diversidade dos eucariontes e o processo evolutivo que deve ter gerado esse clado já está, de certa forma, bem estabelecido nos dias atuais. O grupo dos Coanoflagelados (Choanoflagellata) encontra-se hoje como o mais provável grupo irmão de Metazoa. Esses organismos unicelulares se assemelham muito com coanócitos, células presentes exclusivamente no grupo Porifera, sendo este, o filo basal de Metazoa. A semelhança é vista por comparações morfológicas e moleculares, levando à teorias que colocam esses dois grupos próximos filogeneticamente. Pouco se sabe ainda sobre a evolução desses organismos e o possível ancestral comum de Metazoa e Choanoflagellata, entretanto a relação entre os dois grupos é bem aceita como "grupo-irmão" nos dias atuais.
Referências: M. Carr, B. S. C. Leadbeater, R. Hassan, M. Nelson and S. L. Baldauf PNAS -Molecular phylogeny of choanoflagellates, the sister group to Metazoa - October 28, 2008
Comentário de Maiumy Honda: seria útil colocar uma imagem de uma árvore filogenética indicando onde Metazoa está. Isso daria uma ideia mais concreta de que porção da biodiversidade ele representa, além de exibir seu grupo irmão, que você também cita posteriormente.
"O grupo dos Coanoflagelados (Choanoflagellata) encontra-se hoje como o mais provável grupo irmão de Metazoa." -> atualmente, consideramos os coanoflagelados o grupo-irmão(…)
"teorias que colocam esses dois grupos próximos filogeneticamente" -> grupos filogeneticamente próximos é mais claro.
Citar as principais características morfológicas e/ou moleculares usadas nos estudos de comparação entre os dois grupos.
"entretanto a relação entre os dois grupos é bem aceita como "grupo-irmão" nos dias atuais." -> "grupos-irmãos", ou reestruturar.
"Metazoa e Choanoflagellata, entretanto a relação" -> Metazoa e Choanoflagellata. Entretanto a relação (…)
"Pouco se sabe ainda sobre a evolução" -> citar/resumir o que se sabe.
Ensaio 4 20/04
Público alvo: 3° ano do Ensino Médio
O aumento da concentração de oxigênio na atmosfera teria sido primordial para o estabelecimento da mitocôndria como organela. Hoje acredita-se que as organelas mitocôndria e cloroplasto seriam produtos de endossimbioses bem sucedidas que ocorreram no período Pré-Cambriano. Os primeiros organismos procariontes viviam em um cenário anóxico, possuindo adaptações e mecanismos para um sucesso evolutivo nessas condições. As teorias atuais indicam que a presença de procariontes capazes de fazer fotossíntese, que possui oxigênio como produto, teriam sido os responsáveis pela elevação do gás na atmosfera, sendo hoje 21% do total. O oxigênio é um gás altamente oxidante, se tornando tóxico para boa parte dos organismos viventes na época. Este gás pode adquirir formas de radicais livres e oxidar moléculas da célula danificando sua funcionalidade. Portanto, para se respirar oxigênio é necessário possuir mecanismos para reduzir esses radicais livres que inevitavelmente se formarão na célula. A liberação de oxigênio por esses organismos deve ter gerado uma extinção em massa dos organismos que não conseguiam sobreviver na presença desse gás. O endossimbionte, que hoje conhecemos como mitocôndria, possibilitou aos seus hospedeiros um sucesso evolutivo nesse novo cenário, favorecendo a prevalência dessa associação durante a evolução.
Comentário Beatriz: Acredito que colocar título seria importante, principalmente para informar ao leitor sobre o que ele lerá a seguir. Com a primeira frase eu fiquei na expectativa de ler sore como as mitocôndrias se tornaram organelas, mas o texto traz todo um histórico antes de voltar a falar das mitocôndrias. Isso me desanimou um pouco, já que o assunto principal do texto acaba sendo a "poluição" de oxigênio e o que ela acarretou para os seres vivos da época.
Como o 3º ano foi escolhido como público alvo eu acho que seria necessário algumas explicações ao longo do texto, sobre termos mais específicos que talvez eles não conheçam. E repetir é sempre melhor, para evitar confundir o leitor.
Brock 14 edição
Ensaio 5 27/04
Fósseis na Filogenia
A datação de fósseis para fins filogenéticos é um desafio diário. Construir relações que abranjam todas as espécies existentes é uma procura impossível de se consolidar. Hoje, a busca é mais voltada para tentar entender as relações entre os grupos ainda viventes e também relações desses grupos com linhagens já extintas. Mesmo com uma abordagem mais bem estabelecida, essa vertente depende muito do grau de conservação do fóssil ou ainda da possibilidade de fossilização. Inúmeros eventos estão relacionados para a consolidação de um fóssil, como condições ambientais, estratigrafia, característica do organismo, entre outras.
Tais fatos levam a acreditar que existem muitas espécies extintas que jamais serão descobertas. Esse ponto dificulta muito a construção de uma filogenia que consiga relacionar de forma completa organismos viventes com organismos já extintos. Os fósseis já encontrados conseguem trazer informações que agregam no entendimento dos filos e domínios da vida, mas há muita falta de informação para se consolidar uma filogenia. Quanto mais fósseis se encontra, maior a chance de se ter se entender um determinado grupo, mas uma árvore da vida desde sua origem, não é mais uma realidade para a comunidade científica atual.
Comentário de Donovan Humphrey Franco:
No geral está muito bem escrito, com sentenças curtas (como recomendado pelo professor) e razoável foco no assunto proposto na primeira frase (porém a última frase não responde e nem confirma exatamente a primeira frase, o que geralmente é o indicado). Para sugestões gerais de melhoria posso recomendar algumas mudanças como em "estratigrafia" (não é um evento e nem uma condição, é um ramo da geologia de estudo), portanto sugiro substituir este termo por "camadas ou estratos geológicos" ficando mais correto e coerente. Quais "fatos levam a acreditar"? (Citar um exemplo concreto). Escrita confusa no trecho "maior a chance de se ter se entender um determinado grupo". O último trecho ficou com muitas quebras na leitura, podendo ser melhor separado (em diferentes sentenças) por pontos. Citar um argumento de autoridade para defender a ideia de "árvore da vida desde sua origem" não ser mais possível e lembrar que a "comunidade científica" nem sempre compartilha de uma mesma ideia entre todos os seus grupos, antes de citar ela como uma entidade com ideias comuns (em suposta completa harmonia e concordância).
Ensaio 6 04/05
O enraizamento dos Eucariotos
Público Alvo: estudantes de Ciências Biológicas
O enraizamento dos eucariontes é um desafio para os pesquisadores, o uso de "grupo externo" é um dos métodos possíveis. Os métodos de construção de um árvore filogenética, em sua maioria, formam filogenias não enraizadas. A raiz dessas árvores é adicionada posteriormente, possibilitando ações arbitrárias do pesquisador. O interesse de pesquisa deste, influencia onde será o enraizamento, pois a árvore formada terá um viés para a resolução dos terminais que o pesquisador está interessado. Outro fator que dificulta o enraizamento é a grande distância evolutiva que separa os eucariontes do seu grupo mais próximo (Derelle et al, 2012). O estabelecimento de uma raiz a partir de um "grupo externo"¹ proporciona a resolução do grupo interno à esse ramo. Esses dois grupos passam a ter um ancestral em comum que será a raiz da árvore. Esse método possui falhas, abordando a árvore da vida como exemplo, seria impossível um grupo externo. Tratando de uma filogenia de todos os organismos vivos, não haveria um grupo "externo aos vivos" para se enraizar essa árvore. É por isso que a hipótese da árvore da vida atual não apresenta uma raiz. Desse modo, o grupo externo pode ser útil, mas implica em visões arbitrárias da árvore formada e pode não ser o ideal como mostrado no exemplo da árvore da vida.
¹ https://en.wikipedia.org/wiki/Outgroup_(cladistics)
Referências:
Derelle, R., and B.F. Lang. 2012. “Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins.” Molecular Biology and Evolution 29: 1277–89.
Comentário por: João Oliveira
O seu parágrafo está muito bem e escrito e no geral, quanto a organização, estrutura e clareza de argumentos, não tenho muitas críticas a apresentar. Algo que me incomodou, no entanto, foi a frase introdutória. Quando você diz que o enraizamento é um problema e que o uso de um grupo externo é um dos métodos possíveis, tive a impressão de que o parágrafo trataria dos problemas do enraizamento em si, e o uso de grupos externos como uma solução para alguns casos. Ao ler seu texto todo no entanto, fiquei com a impressão de que o tema central consiste nos problemas do uso de grupo externos no enraizamento de cladogramas.
Ensaio 7 11/05
Conceito de "grupo-basal"
Público alvo: graduandos de Biolgia
O conceito de grupo basal é, muitas vezes, erroneamente interpretado em uma filogenia. Uma análise filogenética sem o conceito de grupo basal bem estabelecido pode acarretar em interpretações equivocadas. Uma filogenia enraizada acaba gerando um grupo irmão de todo o clado restante. O fato de esse grupo se aproximar mais da raiz não significa que seria um terminal mais ancestral ou menos complexo¹. O grupo colocado como basal apenas possui menos linhagens relevantes amostradas. Tratar como primitivo seria inferir que o grupo não sofreu modificação de caráter, sendo que não é o que ocorre nos grupos basais. O terminal mais próximo da raiz não indica ancestralidade, grupos basais podem se diversificar tanto quanto os demais clados da filogenia.
¹Disponível em: <https://en.wikipedia.org/wiki/Basal_(phylogenetics)>. Acesso em 05 de Maio de 2018
Comentário por: Caio Rosa
O assunto tratado foi abordado de forma correta, e os argumentos usados são adequados. Para melhorar a fluidez do texto é preciso, primeiro, definir o grupo basal e como ele é formado, e depois tratar dos problemas que isso gera.
Ensaio 9 25/05
Titulo
Público alvo:
A meiose dos eucariontes é sinônimo de sexo, sendo um caráter ancestral no grupo.
- oq é meiose
- meiose como sexo
- crossing over como ponto crucial
- diferentes meios de trocar informação genética, todas convergindo em um processo
Autoavaliação
Visando o decorrer da disciplina e a minha performance, sinto que mereço a nota 0.8. Me sinto confortável com essa nota, porque participei de uma forma positiva nas aulas, levei conceitos e pensamentos comigo praticamente de todas as discussões, aprendi muito a escrever de forma objetiva e menos cansativa e me senti empolgada e estimulada pelas aulas. Entretanto, visto alguns textos não lidos e ensaios não completos não acredito que mereça a pontuação máxima.
