Laís Ramalho

Ensaio 1 - 19/02/2016

O sistema de cinco reinos baseado em três níveis de organização pode ser muito impreciso. Os três níveis de organização (organismos unicelulares procariontes, unicelulares eucariontes e multicelulares eucariontes) não são características específicas o suficiente para organizar os diferentes organismos em uma linhagem que mostre a evolução dos mesmos da forma mais próxima possível daquilo que realmente aconteceu. Um sistema de reinos que fosse baseado na análise de aminoácidos (unidades que formam as proteínas), por sua vez, seria muito mais preciso. A seleção natural age sobre as características externas dos indivíduos (como olhos, dentes, etc.) e, por consequência, nas proteínas que originam essas características, eliminando aquelas que não tornam os indivíduos aptos ao ambiente onde vive (ou seja, que o impeçam de se reproduzir ou permanecer vivo até atingir a maturidade sexual). Assim, analisando-se os aminoácidos e proteínas presentes em cada indivíduo e comparando-os, seria possível recuperar a história evolutiva dos seres vivos, identificando ancestrais comuns e divergências que originaram diversos subgrupos dentro de cada reino.

O sistema de cinco reinos baseado em três níveis de organização pode ser muito impreciso. Os três níveis de organização (organismos unicelulares procariontes, unicelulares eucariontes e multicelulares eucariontes) não são características específicas o suficiente para organizar os diferentes organismos em uma linhagem que mostre a evolução dos mesmos da forma mais próxima possível daquilo que realmente aconteceu. o período aqui pode ter ficado um pouco longa, por isso talvez seja melhor "picotá-lo" Um sistema de reinos que fosse baseado na análise de aminoácidos (unidades que formam as proteínas), por sua vez, seria muito mais preciso. A seleção natural age sobre as características externas dos indivíduos (como olhos, dentes, etc.) e, por consequência, nas proteínas que originam essas características, eliminando aquelas que não tornam os indivíduos aptos ao ambiente onde vive (ou seja, que o impeçam de se reproduzir ou permanecer vivo até atingir a maturidade sexual). Assim, analisando-se os aminoácidos e proteínas presentes em cada indivíduo e comparando-os, seria possível recuperar a história evolutiva dos seres vivos, identificando ancestrais comuns e divergências que originaram diversos subgrupos dentro de cada reino. a retórica está bem lógica, houve uma preocupação com a sequência de ideias para a construção do argumento. Recuperar a ideia de três níveis de organização tornaria a conclusão mais completa por contraposição.
Modificado por Carolina Tieko

Ensaio 2 - 04/03/2016

A heurística é um método muito melhor de encontrar a árvore correta do que a busca exaustiva. A busca exaustiva requer que cada árvore possível seja construída e analisada, e, com quanto mais terminais você trabalha, mais probabilidades você terá. (Para se ter um parâmetro, 50 terminais resultam em aproximadamente 3x10^76 árvores possíveis). A busca heurística, por sua vez, utiliza um critério de optimalidade (um conjunto de regras) que reduz muito a quantidade de árvores que têm a possibilidade de estarem corretas. A partir daí, pode-se usar diversos métodos para escolher a melhor árvore a partir desse conjunto reduzido. Um deles é a parcimônia, que assume que o relacionamento correto entre dois terminais é aquele que requer o menor número de passos evolutivos intermediários. Outro método é o likelihood, que avalia a probabilidade de o modelo proposto (em conjunto com a história hipotetizada) dê origem aos dados observados (ou seja, escolhe a árvore que tem a maior probabilidade de ser a correta).

Correção de Edgard Lopes

Ensaio 3 - 11/03/2016

Os dados moleculares são muito mais precisos na elaboração de hipóteses sobre a origem e a diversificação dos eucariontes. Pelo fato de os eucariontes formarem um grupo muito diverso, a montagem de sua árvore filogenética com base em dados morfológicos pode ser falha, levando à formação de grupos que talvez não tenham paralelo com a realidade (a análise de dados morfológicos podem por exemplo desconsiderar a convergência adaptativa). Ainda assim, mesmo com base em dados moleculares a elaboração da árvore filogenética pode se tornar difícil, já que, devido aos múltiplos eventos de endossimbiose, muitos eucariontes apresentam genomas quiméricos.

Ensaio 4 - 18/03/2016

Montar a árvore filogenética de alguns grupos eucariontes pode ser uma tarefa bastante complexa. Isso pode levar à abordagem Chupacabra, em que clados são nomeados e posicionados tendo como base dados muito limitados. Além disso, são observados apenas os dados que corroboram a hipótese que está sendo testada, enquanto aqueles que poderiam contestá-la são ignorados. Um exemplo onde isso ocorre é no grupo dos Ciliados. Apesar de não existir nenhuma evidência forte de que tenha passado por eventos de endossimbiose, encontra-se dentro do grupo dos Cromoalveolados, que possui um ancestral comum endossimbionte. A análise de dados obtidos a partir do sequenciamento dos genomas dos Ciliados pode revelar genes obtidos lateralmente de plastídios, no entanto, isso pode indicar eventos de simbiose, e não necessariamente endossimbiose.

Reescrita de um parágrafo da prova

Mesmo a abordagem dos supergrupos pode não refletir a história evolutiva dos eucariontes. A análise de dados moleculares pode ser muito mais precisa do que a baseada nos três níveis de organização. A seleção natural age sobre características externas do indivíduo (como olhos ou dentes, por exemplo). Assim, são eliminadas as características que não permitiram adaptação ao ambiente e, por consequência, as proteínas e aminoácidos que originam essas características. Por isso, é possível recuperar a história evolutiva dos organismos através da análise dos dados moleculares (como aminoácidos e proteínas). Entretanto, mesmo essa análise pode gerar dificuldades na montagem da árvore filogenética (a árvore que mostra as relações e ancestrais comuns entre cada um dos grupos de seres vivos). O genoma quimérico dos eucariontes é uma dificuldade adicional. Eles compartilham genes com muitas linhagens de bactérias e arqueas devido a eventos como endossimbiose (origem das organelas celulares através da fagocitose de organismos procariontes) e simbiose, em que pode haver transferência lateral de genes entre os organismos. Embora isso muitas vezes não se constitua em um grande problema, pode gerar dificuldades de interpretação durante a montagem da filogenia. Desse modo, embora os dados moleculares sejam mais confiáveis que do que os dados morfológicos, ainda há muitos grupos e subgrupos que não estão devidamente sustentados. (O trecho alterado está em itálico).

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