Luiza Ribeiro

AULA 2

Comentários sobre os parágrafos de Táriky Meirelles Rocha e Júlio Pozzi

- Parágrafo de Júlio Pozzi:

"Entender a história evolutiva de um grupo pode ser vista como uma tarefa impossível de ser cumprida. A primeira entrave é olhar para o passado, uma vez que o tempo marcha inexoravelmente para frente e informações passíveis de interpretação ou decodificação são irreversivelmente perdidas; há coisas que podem ser de fato incognoscíveis. A segunda entrave é estipular o que vale a pena ser estudado; os hemimastigóforos são um grupo cuja informação associada é bastante limitada e a sua posição no galho dos eucariontes foi amplamente discutida, até ser sugerida a possibilidade, em 2018, que eles compõem um supergrupo basal que se divergiu no início da existência dos eucariontes. É importante considerar a existência dessas entraves e fazer um esforço honesto para contorná-las."

- Comentário:

Acredito que o termo "pode ser" na frase título passa uma sensação de incerteza sobre o assunto, tirando um pouco do Ethos da retórica, diminuindo a credibilidade do texto. Acredito que a segunda frase tenta passar a ideia de Ethos ao utilizar vocabulário complexo, mas quando se vai à raiz do que a frase quer dizer, é um conceito bem simples de que a passagem do tempo impede a coleta de informação do passado com precisão, o que impede a recuperação total da verdade. Não consegui compreender como o segundo "entrave" se conecta ao exemplo dado posteriormente. A utilização da palavra "galhos" no sentido figurativo sem a introdução da ideia de árvore da vida fica meio confusa para quem não possui esse repertório. A frase sobre os hemimastigóforos está muito longa, e acredito que não é um argumento forte o suficiente para sustentar porquê estipular o que vale a ser estudado é um entrave. Não entendi a introdução do advérbio "honesto" na última frase, que dá um caráter moral para a produção científica.

- Parágrafo de Táriky Meirelles Rocha

Antiquada e duvidosa, a classificação em 5 reinos, proposta em 1969, ainda está presente na realidade dos alunos de biologia no ensino básico. A proposta é baseada em uma divisão de acordo com três níveis de organização celular e dos diferentes mecanismos de obtenção de carbono. A ideia representou a diversidade em três níveis superiores, visto pelos eucariontes multicelulares, cujos grupos aparecem melhor definidos, e pelos outros dois níveis inferiores, com relações mais problemáticas e incertas. Foi inovador e revolucionário? Não. A proposta foi formulada em um período no qual a sistemática filogenética já era uma disciplina em ascensão e que as evidências da organização em três grandes reinos já começavam a se desenvolver. Portanto, a robustez do modelo ao longo de tanto tempo é, no mínimo, estranha, já que era incongruente com a ciência da própria época. Como justificar essa “popularidade”? Entre as muitas possíveis razões, eu diria que talvez haja um apelo ao definir superioridade na organização e uma falsa ordem em meio a desordem.

- Comentário:
Acredito que a frase título poderia ser reduzida ao retirar os adjetivos iniciais e a data da proposição da classificação em 5 reinos. A segunda frase é bem concisa e objetiva. "A ideia" se refere à classificação? Achei que ficou um pouco vago sobre a que se está referindo. Acredito que essa. frase poderia ser dividida em duas, já que existem muitas subordinações, ficando menos claro a que se referem os adjetivos. Como era incongruente com a ciência da época? Não foi mencionado nada sobre anteriormente, pareceu um pouco fora de contexto. Gostei da frase final, achei o questionamento interessante.

AULA 3 - CHAT IA

Criação de um parágrafo e utilização do chat GPT

Tema: A criação de árvores filogenéticas que representem a verdadeira relação filogenética dos organismos.

Rascunho:

Uma das grandes dificuldades da biologia evolutiva é a criação de uma árvore filogenética que represente a verdadeira relação de parentesco e ancestralidade entre os grupos taxonômicos vivos e extintos.

Quais as dificuldades?

A ideia inicial de reconstruir a história biológica de um ou mais organismos que se originaram à milhares ou milhões de anos, antes mesmo da existência da humanidade, é tida como algo extremamente difícil.

O que os biólogos hoje tentam fazer é chegar a um modelo mais próximo da realidade, que seja capaz de explicar padrões de distribuição, seleção de caracteres, das espécies do planeta terra, considerando as mudanças geológicas, atmosféricas, ecossistêmicas e ambientais com a passagem do tempo.

É uma tarefa que é baseada em evidências encontradas em espécies hoje viventes, como anatomia, fisiologia, metabolismo, bioquímica e dados moleculares, ou de informações fragmentadas do passado encontradas em fósseis.

As informações que conseguimos coletar a partir de fósseis são extremamente valiosas, mas elas nunca serão capazes de demonstrar os processos físico-químicos e biológicos pelos quais as espécies passaram ao longo de sua existência. Todas essas informações são retiradas a partir de inferências e nunca serão capazes de serem inquestionavelmente comprovadas. O que a sociedade humana adquiriu de dados e informações sobre o passado do planeta terra em grande parte são coletadas de forma fragmentada e adquiridas a partir de inferências, aumentando a incerteza sobre os acontecimentos.

Quanto mais dados, mais difícil é a criação de uma árvore de consenso, que abrigue corretamente as relações de ganho e perda de caracteres ao longo do tempo.

Os métodos de criação das árvores filogenéticas a partir da análise dos diversos tipos de dados utilizados dentro das ciências biológicas são filosófica e matematicamente diferentes, abordando a relação e a relevância dos dados de maneiras diferentes.

Como os métodos de criação de árvores são extremamente complexos e realizados quase que de ponta a ponta por programas de computador, é difícil para o cientista conseguir escolher qual é o melhor método a se utilizar a partir do tipo de dados que ele possui.

Muitas vezes o que o cientista acaba fazendo é utilizar todos os métodos para tentar comprovar a veracidade da sua árvore de consenso. O que muitas vezes na verdade acaba gerando a ideia de uma verdade incontestável sobre uma árvore que foi criada a partir de modelos matemáticos e estatísticos criados por humanos com base no que a sociedade atual possui de informação.

Ou seja, a escolha do método é, portanto, arbitrária e dependente do cientista que está manipulando os dados. Assim, o resultado encontrado provavelmente apresenta um viés do pesquisador e do método.

Acredito que pelas limitações humanas, da sociedade, da ciência e da capacidade de coletar informações do passado, nunca conseguiremos encontrar a verdadeira árvore da vida.

Juntando tudo…

Uma das grandes questões da biologia evolutiva é a criação de uma árvore filogenética que represente a verdadeira relação de parentesco e ancestralidade entre todos os grupos taxonômicos. O que os biólogos hoje tentam fazer é chegar a um modelo mais próximo da realidade, que seja capaz de explicar padrões de distribuição e a seleção de caracteres das espécies do planeta terra, considerando as mudanças geológicas, atmosféricas, ecossistêmicas, ou seja, ambientais com a passagem do tempo. Essa é uma tarefa que é baseada em evidências encontradas em espécies hoje viventes, como anatomia, fisiologia, metabolismo, bioquímica e dados moleculares e de informações fragmentadas e inferidas sobre o passado a partir de fósseis. Os métodos de criação das árvores filogenéticas a partir da análise desses dados são filosófica e matematicamente diferentes. Em todos eles, quanto mais dados, mais difícil é a criação de uma árvore. Por isso, a escolha do melhor método a se utilizar a partir do tipo e da quantidade de dados é difícil. Assim, o resultado encontrado provavelmente apresenta um viés do método e do pesquisador. Acredito que pelas limitações humanas, da sociedade, da matemática, da ciência e da capacidade de coletar informações do passado, nunca conseguiremos encontrar a verdadeira árvore da vida.

Colocando o rascunho no chat GPT e pedindo para criar um parágrafo com até 250 palavras:

A biologia evolutiva enfrenta uma grande dificuldade na criação de uma árvore filogenética precisa que represente as relações de parentesco e ancestralidade entre os grupos taxonômicos vivos e extintos. Reconstruir a história biológica de organismos que remontam a milhares ou milhões de anos atrás é um desafio considerável. Para lidar com isso, os biólogos atualmente tentam criar um modelo mais próximo da realidade, considerando fatores como mudanças geológicas, atmosféricas, ecológicas e ambientais ao longo do tempo. Esta tarefa é baseada em evidências encontradas em espécies atuais, tais como dados moleculares, bioquímica, fisiologia, metabolismo e anatomia, bem como informações fragmentadas do passado encontradas em fósseis.
A quantidade de dados disponíveis torna a criação de uma árvore de consenso mais complexa, pois diferentes métodos abordam a relação e a relevância dos dados de maneiras diferentes. O processo de criação das árvores é também muito complexo, e depende de programas de computador para ser realizado, o que dificulta a escolha do melhor método a ser utilizado pelo cientista. Muitas vezes, o cientista acaba utilizando vários métodos para tentar validar sua árvore de consenso, o que muitas vezes resulta em uma ideia de verdade incontestável sobre uma árvore que foi criada a partir de modelos matemáticos e estatísticos baseados na informação disponível na sociedade atual.
A escolha do método é, portanto, arbitrária e dependente do cientista que manipula os dados, resultando em um viés do pesquisador e do método utilizado. Devido às limitações humanas, da sociedade, da ciência e da capacidade de coletar informações do passado, provavelmente nunca conseguiremos encontrar a verdadeira árvore da vida.

Colocando o meu parágrafo e pedindo para o Chat GPT refinar

A biologia evolutiva tem como um dos seus desafios principais a construção de uma árvore filogenética precisa, que represente a verdadeira ancestralidade e relação de parentesco entre todos os grupos taxonômicos. Biólogos buscam hoje chegar a um modelo mais aproximado da realidade, explicando padrões de distribuição e seleção de caracteres de espécies ao longo do tempo, considerando mudanças ambientais como as geológicas, atmosféricas e ecossistêmicas. A tarefa é baseada em evidências encontradas em espécies atuais, como dados moleculares, fisiologia, anatomia, metabolismo e bioquímica, bem como informações fragmentadas e inferidas a partir de fósseis. A escolha do melhor método para criar as árvores filogenéticas a partir dos dados é complicada, já que quanto mais informações, mais difícil é construir uma árvore precisa. Assim, o resultado final pode apresentar viés do método e do pesquisador escolhido. Devido às limitações humanas, sociais, matemáticas, científicas e de coleta de informações sobre o passado, acreditamos que nunca será possível encontrar a verdadeira árvore da vida.

AULA 4 - REVISÃO E COMENTÁRIO DO PARÁGRAFO

Comentários (Táriky)

• O parágrafo ficou muito bom, mesmo sendo um assunto relativamente amplo, o assunto foi conduzido de uma forma bem delimitada;
• As frases ficaram relativamente grandes. Esse problema foi mais evidente na topic sentence, que poderia captar a atenção do leitor mais rapidamente caso fosse mais curta;
• O parágrafo foi persuasivo principalmente pelo método lógico

- Parágrafo de Táriky

Escolher um tema é difícil. Parece tão simples, mas é vender seu peixe com menos de 250 palavras. O recorte deve ser preciso. O leitor deve ser persuadido de alguma forma. Como encontrar o assunto certo para preencher esse parágrafo? Passei pelo menos 50 minutos nessa pergunta. Falo sobre algum tópico de biologia? Qual? Por quê? Não sei! No fim, meu tema será o próprio tema. É uma análise minuciosa sobre quanto pode e deve ser escrito. É sobre lidar com a própria ambição. O que é vida? Não há parágrafos suficientes para isso. E se for só 42? É simples e rápido, mas não convence. Ninguém está interessado no que vou escrever. Não é só persuadir, mas também conquistar. Na dinâmica de um Tinder, tem que dar match. Por fim, voltamos ao início. É desafiador escolher um tema, ainda mais um bom tema.

- Comentário

Gostei bastante da abordagem metafísica do tema e também do caráter crônico da escrita. Acredito que mesmo sem ter um tema inicial bem definido, o texto consegue engajar o leitor e também se aproximar dele, ao tirar o caráter de ETHOS do texto. É um ser humano igual qualquer um, com incertezas igual qualquer um, retratando a busca por algo a se falar. Entendi e gostei da brincadeira relacionada ao "Tinder", mas não sei exatamente a que a metáfora se refere quando dentro do contexto do parágrafo inteiro.

Redigindo meu parágrafo

Uma das grandes questões da biologia evolutiva é a criação de um cladograma que represente a real relação de parentesco e ancestralidade entre todos os grupos taxonômicos. O que os biólogos hoje tentam fazer é chegar a um modelo mais próximo da realidade, que seja capaz de explicar padrões de distribuição e a seleção de caracteres das espécies do planeta terra, considerando as mudanças ambientais com a passagem do tempo. Essa é uma tarefa que é baseada em evidências encontradas em espécies hoje viventes e de informações fragmentadas e inferidas sobre o passado a partir de fósseis. Os métodos de criação das árvores filogenéticas a partir da análise desses dados são filosófica e matematicamente diferentes. Em todos eles, quanto mais dados, mais difícil é a criação de uma árvore. Por isso, a escolha do melhor método a se utilizar a partir do tipo e da quantidade de dados é difícil. Assim, o resultado encontrado provavelmente apresenta um viés do método e do pesquisador. Acredito que pelas limitações humanas, da sociedade, da matemática, da ciência e da capacidade de coletar informações do passado, nunca conseguiremos encontrar a verdadeira árvore da vida.

AULA 5 - ENSAIO: Escolha do tema e topic sentence

Possíveis assuntos:

A limitação das técnicas atuais para identificar padrões que corroborem com hipóteses indutivas sobre a origem da vida (? DIFICIL)

Como o grupo basal dos eucariotos (excatava) provavelmente não é um bom representante do último ancestral comum

A fixação da ciência atual com processos hipotéticos-dedutivos em detrimento de outros modos de ciência.

A filosofia de manutenção do status-quo em detrimento da busca por mudanças de paradigma dentro da ciência e a época da Pós-verdade.

Como a produção científica é recebida pela população e como ela se contrapõe ao senso comum nesse momento pós-verdade.

A produção científica no momento atual da pós-verdade.

Principais problemáicas

- O que é esse momento sociológico de pós-verdade.
- Como a produção científica se torna válida e pública.
- Quem é o público que tem acesso à produção científica.
- Cresceu ou diminuiu o acesso à informação correta produzida por polos científicos.
- Qual é o grau de confiança da população na produção científica?
- Qual é o senso comum da população em relação à biologia.
- Como as fake news afetam o senso comum e a noção de ciência pela população.
- A qualidade da produção científica mudou no momento da pós-verdade?
- Surgimento de novas revistas científicas, validação e revisão de artigos hoje em dia.
- Como a população recebe as mudanças de paradigma nesse momento de pós-verdade.
- Relação entre autoridade e o fortalecimento do senso comum
- O papel da religião no fortalecimento do senso comum
- Quais são os obstáculos a se vencer para que a ciência seja melhor difundida.
- Estamos entrando em uma nova idade média?

Aula 6 - Ensaio

Pesquisa de algumas problemáticas a partir do ChatGPT

Referências bibliográfica sobre a percepção pública das produções científicas ao longo do tempo:

"Public Perceptions of Science and Technology" - This book provides an overview of public attitudes toward science and technology, including trust in scientific production.
"Science, Technology and Society" - This academic journal explores the social and cultural aspects of science and technology, including public attitudes and perceptions of scientific production.
"Public Understanding of Science" - This academic journal publishes research on public attitudes and perceptions of science, including trust in scientific production.
"Nature Climate Change" - This scientific journal published by Nature Publishing Group explores the impact of climate change on society, including public attitudes and perceptions of scientific production in this field.

One example of an event where a new knowledge went viral but was later discovered to be a methodological error.

Um exemplo de um evento em que um novo conhecimento se espalhou rapidamente, mas foi posteriormente descoberto como um erro metodológico é o "Estudos MMR da Lancet" publicado em 1998. O estudo, que foi realizado pelo Dr. Andrew Wakefield, afirmou ter encontrado uma ligação entre a vacina MMR (catapora, sarampo, rubéola) e o autismo em crianças.
O estudo gerou preocupação e atenção dos meios de comunicação em larga escala, e levou muitos pais a se recusarem a vacinar seus filhos contra MMR, resultando em uma queda na adesão à vacina e um aumento de surtos de sarampo.
No entanto, estudos subsequentes falharam em replicar os achados de Wakefield, e várias investigações revelaram erros graves na metodologia original, como relatórios seletivos de dados e conflitos de interesses. Em 2010, o estudo foi oficialmente retirado da Lancet, a revista que o publicou, e o Dr. Wakefield foi posteriormente excluído do registro médico no Reino Unido por conduta ética.
O "Estudos MMR da Lancet" serve como um exemplo de como as informações falsas podem se espalhar rapidamente e ter graves consequências para a saúde pública, especialmente quando se trata de questões sensíveis e importantes, como vacinas. Também destaca a importância da metodologia científica rigorosa e da transparência na pesquisa para garantir que o novo conhecimento seja preciso e confiável.

Outro exemplo:

The replication crisis in psychology is a phenomenon in which many studies in the field of psychology are found to be unreliable or difficult to reproduce. This means that when other researchers attempt to repeat the studies, they often get different results or are unable to obtain the same findings.
The replication crisis in psychology is a result of a number of factors, including small sample sizes, selective reporting of results, and practices such as p-hacking, which is the manipulation of data or analysis to achieve statistically significant results. These practices were driven by a cultural emphasis in psychology on publication and novelty, which placed pressure on researchers to produce new and surprising results.
The replication crisis in psychology has led to a renewed focus on the importance of conducting high-quality research and on the need to critically evaluate new knowledge claims before accepting them as fact. This has led to a greater emphasis on transparency and replication in research, and on the need for researchers to use sound and rigorous research methods.
In summary, the replication crisis in psychology highlights the importance of conducting research that is based on sound methods, and of critically evaluating new knowledge claims to ensure that they are reliable and accurate. It serves as a reminder of the need for caution when interpreting and communicating scientific findings, and of the importance of conducting research in a way that is transparent, rigorous, and reliable.

One famous example of the replication crisis in psychology is the case of the marshmallow test. The marshmallow test was a study that was originally conducted in the late 1960s and early 1970s, which claimed to have found a strong relationship between the ability of children to delay gratification and their later success in life.
In the original study, children were given a marshmallow and told that they could eat it immediately, or wait and receive two marshmallows later. The children who were able to wait and receive the two marshmallows were said to have higher levels of self-control, and to be more likely to be successful in life.
However, in the following years, a number of studies attempted to replicate the results of the original marshmallow test, with mixed results. Some studies found a strong relationship between self-control and later success, while others found weaker or no relationships at all.
The replication crisis in the marshmallow test highlights the importance of conducting research in a way that is transparent, rigorous, and reliable, and of critically evaluating new knowledge claims before accepting them as fact. It also serves as a reminder of the need for caution when interpreting and communicating scientific findings, and of the importance of conducting research in a way that is based on sound methods and that takes into account the limitations of the data.

The post truth moment

The post-truth moment refers to a cultural and political phenomenon in which emotions and personal beliefs increasingly shape public opinion and decision-making, rather than evidence and facts. This phenomenon is often characterized by the spread of misinformation, the erosion of trust in experts and traditional sources of information, and the increasing polarization of public discourse.
The term "post-truth" was popularized in the aftermath of the 2016 US Presidential Election and the Brexit vote in the United Kingdom, and it has been used to describe a broader shift in public opinion and decision-making in many countries around the world.
In the post-truth moment, facts and evidence are often dismissed or disregarded, and emotions and personal beliefs play a greater role in shaping public opinion and decision-making. This can lead to a situation in which misinformation and false claims can spread quickly and have a significant impact on public opinion and policy decisions, even in the face of overwhelming evidence to the contrary.
Overall, the post-truth moment is a challenge for democracy and for the role of evidence and facts in shaping public opinion and decision-making. It highlights the need for improved critical thinking skills and media literacy, and for the development of trusted sources of information and a robust public discourse that is based on evidence and facts.

SOURVEYS

https://www.pewresearch.org/search/scientific+beliefs

AULA 7 - ENSAIO

Hoje eu decidi mudar o tema, por não dominar o assunto o suficiente para ser sucinta e correta nas minhas afirmações dentro do ensaio.
Decidi retornar ao Tema do parágrafo que realizei durante a aula 3, um tema que eu tenho interesse e também tenho maior domínio.

Tema: Os problemas enfrentados pelos cientistas na criação de uma única árvore da vida que representa a verdadeira relação filogenética de todos organismos.

Parágrafo inicial Uma das grandes questões da biologia evolutiva é a criação de uma árvore filogenética que represente a verdadeira relação de parentesco e ancestralidade entre todos os grupos taxonômicos. O que os biólogos hoje tentam fazer é chegar a um modelo mais próximo da realidade, que seja capaz de explicar padrões de distribuição e a seleção de caracteres das espécies do planeta terra, considerando as mudanças geológicas, atmosféricas, ecossistêmicas, ou seja, ambientais com a passagem do tempo. Essa é uma tarefa que é baseada em evidências encontradas em espécies hoje viventes, como anatomia, fisiologia, metabolismo, bioquímica e dados moleculares e de informações fragmentadas e inferidas sobre o passado a partir de fósseis. Os métodos de criação das árvores filogenéticas a partir da análise desses dados são filosófica e matematicamente diferentes. Em todos eles, quanto mais dados, mais difícil é a criação de uma árvore. Por isso, a escolha do melhor método a se utilizar a partir do tipo e da quantidade de dados é difícil. Assim, o resultado encontrado provavelmente apresenta um viés do método e do pesquisador. Acredito que pelas limitações humanas, da sociedade, da matemática, da ciência e da capacidade de coletar informações do passado, nunca conseguiremos encontrar a verdadeira árvore da vida.

Delineando assuntos a se tratar

Resumo da teoria da evolução → tatear a ideia de que todos os organismos vieram de um único ancestral comum.
Como surgiu a ideia da construção de uma árvore da vida e quais foram as evidências utilizadas para criá-las desde a sua origem até hoje
Como as mudanças geológicas do planeta influenciaram a evolução dos organismos até hoje
Concatenar quais evidências são utilizadas para determinar a relação de parentesco entre espécies e grupos maiores
Quais são os principais problemas em cada tipo de evidência
O problema da amostragem dentro do contexto filogenético e sistemático
Introduzir os métodos de criação de árvores filogenéticas e em que se baseiam filosoficamente para criar uma árvore consenso
Introdução sobre problemas metodológicos e o viés do pesquisador
O problema da necessidade da criação de premissas dentro dos métodos, para que seja possível encontrar uma árvore consenso
A manipulação dos dados para gerar uma árvore de consenso com a maior quantidade de grupos monofiléticos possível
O que é consenso dentro da comunidade científica e o que não é
Como as ferramentas, a amostragem, as áreas de estudo, o viés do pesquisador e a perda de informação com o passar do tempo tornam o trabalho de criar uma árvore filogenética de toda a vida impossível.

Essa foi a minha conversa com o Chat GPT:

- I want to write an essay with 1000 words. I have a list of subjects that need to be on then essay, but i dont know how to organize it. Can you help me?

Of course, I can help you organize your essay! Here's a simple structure you can follow to ensure that your essay is well-organized and easy to read:

Introduction: Start with a hook to grab your reader's attention and a brief explanation of the subject. End the introduction with a clear and concise thesis statement that summarizes the main argument of your essay.

Background information: Provide some context and background information on the subject to help the reader understand the importance of the topic.

Body Paragraphs: Divide your essay into several body paragraphs, each of which addresses one aspect of the subject. Start each paragraph with a clear topic sentence that states the main point of the paragraph. Use evidence, examples, and explanations to support your argument.

Counterargument: Consider any potential counterarguments and address them in a separate paragraph. Explain why you disagree with these arguments and provide evidence to support your position.

Conclusion: Summarize the main points of your essay and restate your thesis in a new and interesting way. End with a final thought that ties everything together and leaves a lasting impression on your reader.
Remember to use clear and concise language, proper grammar and spelling, and transition words to help the reader follow the flow of your argument.

- Can you organize my subjects inside this parameter?

Sure, here's a suggested outline for your essay:

I. Introduction
A. Brief overview of the theory of evolution
B. Explanation of the idea behind creating a single tree of life
C. Thesis statement: Despite the efforts of scientists, creating a single tree of life that represents the true phylogenetic relationship of all organisms remains a challenging task due to various problems faced by scientists.

II. The history of the creation of a tree of life
A. Origin of the idea
B. Evidence used in the creation of the tree of life over time
C. Impact of geological changes on the evolution of organisms

III. Evidence used to determine the relationship between species and larger groups
A. Explanation of the different types of evidence used
B. Main problems faced in each type of evidence
C. The issue of sampling in the phylogenetic and systematic context

IV. Methods of creating phylogenetic trees
A. Introduction to methods used to create phylogenetic trees
B. Philosophical basis for creating a consensus tree
C. Methodological problems and researcher bias

V. The role of assumptions in creating a consensus tree
A. Explanation of the need for assumptions in methods
B. Data manipulation to create a consensus tree with the highest number of monophyletic groups
C. Definition of consensus within the scientific community and what is not considered consensus

VI. Challenges in creating a tree of life for all organisms
A. Explanation of how tools, sampling, study areas, researcher bias, and loss of information over time make it impossible to create a phylogenetic tree of life

VII. Conclusion
A. Restatement of thesis
B. Summary of main points
C. Final thoughts on the challenges faced by scientists in creating a single tree of life.
I hope this helps you structure your essay and good luck with your writing!

- Can you give me some bibliographic references that underline these subjects? Please link wich subject each reference talks about

Sure, here are some bibliographic references that touch upon the subjects you mentioned:

Brief overview of the theory of evolution
Dawkins, R. (2004). The Ancestor's Tale: A Pilgrimage to the Dawn of Evolution. Houghton Mifflin Harcourt.

Origin of the idea behind creating a single tree of life
Hennig, W. (1950). Phylogenetic Systematics. University of Illinois Press.

Evidence used in the creation of the tree of life over time
Hedges, S. B., & Kumar, S. (2009). The Timetree of Life. Oxford University Press.

Impact of geological changes on the evolution of organisms
Sepkoski, J. J. (2002). A compendium of fossil marine animal genera. Bulletins of American Paleontology, 363, 1-560.

Explanation of the different types of evidence used to determine the relationship between species and larger groups
Harvey, P. H., & Pagel, M. D. (1991). The Comparative Method in Evolutionary Biology. Oxford University Press.

Main problems faced in each type of evidence
Maddison, W. P. (1997). Gene trees in species trees. Systematic Biology, 46(3), 523-536.

The issue of sampling in the phylogenetic and systematic context
Wiens, J. J. (2003). Missing data and the performance of phylogenetic methods. Systematic Biology, 52(4), 528-538.

Philosophical basis for creating a consensus tree
Kluge, A. G. (1989). A concern for evidence and a phylogenetic hypothesis of relationships among Epicrates (Boidae, Serpentes). Systematic Zoology, 38(4), 7-25.

Methodological problems and researcher bias
Felsenstein, J. (2004). Inferring Phylogenies. Sinauer Associates.

Explanation of the need for assumptions in methods
Farris, J. S. (1970). Methods for computing Wagner trees. Systematic Zoology, 19(2), 83-92.

Data manipulation to create a consensus tree with the highest number of monophyletic groups
Rokas, A., & Carroll, S. B. (2006). Bushes in the tree of life. PLoS Biology, 4(11), e352.

Definition of consensus within the scientific community and what is not considered consensus
Felsenstein, J. (1981). Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach. Journal of Molecular Evolution, 17(6), 368-376.

Explanation of how tools, sampling, study areas, researcher bias, and loss of information over time make it impossible to create a phylogenetic tree of life
Hillis, D. M., & Bull, J. J. (1993). An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis. Systematic Biology, 42(2), 182-192.

- Do you believe I have enough topics to talk about? Would you include or exclude something?

The topics you listed seem adequate for addressing the theme of the challenges faced by scientists in creating a single tree of life that represents the true phylogenetic relationship of all organisms. However, you might consider adding a section on the limitations of molecular phylogenetics and the use of molecular data in reconstructing the tree of life, as well as the role of convergences and homoplasies in confusing phylogenetic relationships. Additionally, you could also consider discussing the use of supermatrix and supertree approaches to overcome some of the difficulties in building a comprehensive tree of life.

- How would you add this sections in the outline you just did above?

Here's an updated outline with the suggested sections added:

I. Introduction
A. Summary of evolution theory
B. Overview of the idea of creating a tree of life

II. The Evolution of the Tree of Life Concept
A. Origin of the idea of creating a tree of life
B. Evidence used to build trees of life through history
C. How geological changes influenced the evolution of organisms

III. Evidence Used to Determine Phylogenetic Relationships
A. Concatenating evidence used to determine relationships between species and larger groups
B. Main problems with each type of evidence
C. The problem of sampling in the phylogenetic and systematic context

IV. Methods of Phylogenetic Tree Construction
A. Introduction to methods of creating phylogenetic trees
B. Philosophical basis for creating a consensus tree
C. Methodological problems and researcher bias
D. The problem of premise-making within methods to find a consensus tree
E. Manipulation of data to generate a consensus tree with the highest number of monophyletic groups possible

V. Scientific Consensus and Limitations
A. What is consensus within the scientific community and what is not
B. Limitations of tools, sampling, study areas, researcher bias, and loss of information over time
C. The impossibility of creating a phylogenetic tree of all life

VI. Limitations of Molecular Phylogenetics
A. Overview of the limitations of using molecular data in reconstructing the tree of life
B. Role of convergences and homoplasies in confusing phylogenetic relationships

VII. Supermatrix and Supertree Approaches
A. Introduction to supermatrix and supertree approaches
B. Benefits of using these approaches in overcoming difficulties in building a comprehensive tree of life

VIII. Conclusion
A. Recap of the challenges faced by scientists in creating a single tree of life
B. Final thoughts on the future of phylogenetic research and tree of life construction.

- Do you think its possible to underline all these subjects in 1000 words?

It might be challenging to cover all these subjects thoroughly in only 1000 words. Depending on the level of detail and complexity, 1000 words might not be enough to fully discuss the evolution of the tree of life concept, the evidence used to determine phylogenetic relationships, the limitations of molecular phylogenetics, and the supermatrix and supertree approaches, while also discussing the various challenges and limitations faced by scientists in creating a single tree of life. However, it is possible to provide an overview of these topics and touch on the main points within the word limit. The goal would be to present an overview that gives the reader an understanding of the challenges faced in creating a comprehensive tree of life, rather than a comprehensive analysis of each subject.

- How would you separate this outlines in paragraphs? Remember that this essay can only be a 1000 words?

Here's an outline of how the topics you listed could be organized into paragraphs in a 1000-word essay:

Introduction:
Briefly summarize the theory of evolution and the idea that all organisms share a common ancestor
Introduce the idea of creating a tree of life that represents the true phylogenetic relationship of all organisms

Section 1: The history of the tree of life concept
Discuss how the idea of creating a tree of life emerged and the evidence used to create it over time
Mention the impact of geological changes on the evolution of organisms

Section 2: Evidence used to determine phylogenetic relationships
Discuss the various types of evidence used to determine the relationship between species and larger groups (e.g. molecular, morphological, etc.)
Mention the challenges associated with each type of evidence

Section 3: Sampling bias in phylogenetics and systematics
Discuss the problem of sampling bias and its impact on the creation of a tree of life

Section 4: Methods used to create phylogenetic trees
Introduce the methods used to create phylogenetic trees and their philosophical basis
Mention the problem of researcher bias in these methods and the need for assumptions to find a consensus tree
Discuss the manipulation of data to create a consensus tree with the largest number of monophyletic groups

Section 5: Limitations of creating a comprehensive tree of life
Discuss what is considered consensus in the scientific community and what is not
Mention the limitations posed by tools, sampling, study areas, researcher bias, and loss of information over time
Conclude that creating a comprehensive tree of life is not possible

Conclusion:
Summarize the main points discussed in the essay
Reinforce the idea that creating a comprehensive tree of life is a challenging task, but an important one for understanding the evolutionary relationships of all organisms.

Criando meu próprio delineamento de ideia a partir do que foi criado pelo Chat GPT:

I. Introduction
A. Brief overview of the theory of evolution
B. Explanation of the idea behind creating a single tree of life
C. Thesis statement: Despite the efforts of scientists, creating a single tree of life that represents the true phylogenetic relationship of all organisms remains a challenging task due to various problems faced by scientists.

II. The history of the creation of a tree of life
A. Origin of the idea
B. Evidence used in the creation of the tree of life over time
C. Impact of geological changes on the evolution of organisms

III. Evidence used to determine the relationship between species and larger groups
A. Explanation of the different types of evidence used
B. Main problems faced in each type of evidence
C. The issue of sampling in the phylogenetic and systematic context
D. Role of convergences and homoplasies in confusing phylogenetic relationships

IV. Methods of creating phylogenetic trees
A. Introduction to methods used to create phylogenetic trees
B. Philosophical basis for creating a consensus tree
C. Methodological problems and researcher bias
D. Supermatrix and Supertree Approaches (?)
A. Introduction to supermatrix and supertree approaches
B. Benefits of using these approaches in overcoming difficulties in building a comprehensive tree of life

V. The role of assumptions in creating a consensus tree
A. Explanation of the need for assumptions in methods
B. Data manipulation to create a consensus tree with the highest number of monophyletic groups
C. Definition of consensus within the scientific community and what is not considered consensus

VI. Challenges in creating a tree of life for all organisms
A. Explanation of how tools, sampling, study areas, researcher bias, and loss of information over time make it impossible to create a phylogenetic tree of life

VII. Conclusion
A. Restatement of thesis
B. Summary of main points
C. Final thoughts on the challenges faced by scientists in creating a single tree of life.
I hope this helps you structure your essay and good luck with your writing!

AULA * - ENSAIO

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