MonteiroYF

Parágrafo 1 - 26/02
Não foi feito.

Parágrafo 2 - 04/03
A escolha do critério de otimização implica uma escolha filosófica.
A sistemática conta com uma sorte variada de critérios de otimização para a escolha da melhor árvore. Porém, se esses critérios são utilizados de forma pouco refletida, tem-se uma lacuna de embasamento filosófico. Por exemplo, a Parcimônia possui diferentes pressupostos para inferir árvores do que o critério de Maximum Likelihood. Deve-se ter em mente que, mais do que uma ferramenta obrigatória, o critério de otimização reflete uma interpretação de como se comporta o mundo natural. Uma árvore de relações apresentada em um estudo qualquer é uma hipótese para a história evolutiva daqueles organismos envolvidos. Não se deve negligenciar as premissas dessa hipótese, e se em última análise ela se justifica em bases filosóficas pelos seus autores.

"Correção" e comentário do Ensaio 2 por Gabriel Freitas
A escolha do critério de otimização implica uma escolha filosófica.
A sistemática conta com uma sorte variada de critérios de otimização para a escolha da melhor árvore. Porém, se esses critérios são utilizados de forma pouco refletida, tem-se uma lacuna de embasamento filosófico. Por exemplo, a Parcimônia possui diferentes pressupostos para inferir árvores do que o critério de Maximum Likelihood(Acho que teria sido importante explicitar que esses, parcimônia e verossimilhança, são critérios de otimizacão. Para um leitor não familiarizado isso talvez não seja evidente). Deve-se ter em mente que, mais do que uma ferramenta obrigatória, o critério de otimização reflete uma interpretação de como se comporta o mundo natural (Não necessariamente. Pode ser uma premissa científica/pragmática). Uma árvore de relações apresentada em um estudo qualquer é uma hipótese para a história evolutiva daqueles organismos envolvidos. Não se deve negligenciar as premissas dessa hipótese, e se em última análise ela se justifica em bases filosóficas pelos seus autores (acredito que compreendi o significado dessa última frase, mas acho que poderia ter sido escrita de forma mais direta. Também ficou um pouco argumento de autoridade: tipo, qual é o problema de negligenciar?)

Comentário geral: Gostei. Liga bastante com o meu próprio texto!

Parágrafo 3 - 11/03
Não foi feito.

Parágrafo 4 - 18/03
"Hipóteses Chupa Cabra" são perigosas dentro da ciência.
O Chupa Cabra é uma figura popular do folclore latino americano. Imagine que um fazendeiro, convencido de que o monstro realmente exista, encontre algumas de suas cabras mortas. Basta algumas marcas de dentes nos pescoços dos animais ou mesmo um rastro irreconhecível e o fazendeiro é rápido em seu julgamento. Suas cabras foram vítimas do Chupa Cabra! O fazendeiro então enviesa seu pensamento e apenas considera explicações que confirmem que o assassino de suas cabras foi a criatura mitológica. Colocado dessa forma, o erro pode parecer evitável. Porém, é uma característica humana comum criar explicações para fatos e conformar observações à luz dessas explicações. Uma vez tomado esse caminho, evidências contrárias às explicação criadas podem ser facilmente negligenciadas. "Hipóteses Chupa Cabra" podem ser identificadas na história da ciência. Por exemplo, no estudo de relações evolutivas entre seres vivos. Um cientista hipotetiza um ancestral comum para um conjunto de espécies. São então direcionados esforços para por a prova se essas espécies realmente formam um grupo natural. Essa é uma abordagem comum em ciência, mas se torna um problema quando a hipótese é transformada numa "Hipótese Chupa Cabra". A busca por evidências passa a ser enviesada e abalos à hipótese original são ignorados. Evitar as armadilhas das "Hipóteses Chupa Cabra" é um desafio no fazer ciência.

Reescrita de um parágrafo da prova (parágrafo 5) - 08/04
Original
A história da sistemática é antiga e teve diversas contribuições. Da classificação da vida de forma hierárquica criada por Lineu e de influencias aristotélicas, aos grandes cinco Reinos propostos por Whittaker, para enfim o atual paradigma que agrupa a vida em três grandes domínios, sugerido inicialmente por Woese. Parece desafiador o ensino em escolas de uma ciência sob constante discussão e mudança. Pode ser por isso que a abordagem do tema ainda se dá na perspectiva dos Reinos de Whittaker. Ainda que o paradigma evolutivo esteja ali, o ensino permanece confortavelmente cristalizado no final dos anos setenta.
Reescrito
A história da sistemática é antiga e teve diversas contribuições. Da classificação da vida de forma hierárquica criada por Lineu e de influencias aristotélicas, aos grandes cinco Reinos propostos por Whittaker, para enfim o atual paradigma que agrupa a vida em três grandes domínios, sugerido inicialmente por Woese. Parece desafiador o ensino em escolas de uma ciência sob constante discussão e mudança. Talvez seja por isso que ensino do tema é geralmente dado sob a perspectiva dos Reinos de Whittaker. Por exemplo, uma rápida consulta sobre classificação biológica na internet revela um foco desproporcional nessa abordagem.

Parágrafo 6 - 15/05
Não foi feito.

Parágrafo 7 - 29/05
Não foi feito.

Parágrafo 8 - 06/05
Inferir a posição da raiz de eucariontes tem se mostrado um grande desafio. Grande parte da dificuldade advém da escolha do grupo externo utilizado. Uma vez que Archea é mais relacionado com Eucarya, a escolha desse domínio como grupo externo é intuitiva. Porém, já que a separação dessas linhagens ocorreu há mais de 2 bilhões de anos atrás, acumularam-se grandes divergências entre suas sequencias ortólogas. Um problema disso é que o sinal filogenético obtido a partir dessas sequencias é fraco, e a posição da raiz pouco confiável. Outro problema é o favorecimento da atração por ramos longos, levando as linhagens que evoluíram mais rapidamente a aparecem na base do grupo. Para contornar o problema podemos inferir a raiz de Eucarya a partir de algum outro evento ocorrido no surgimento desse domínio. Uma abordagem elegante é a utilização de sequencias de origem mitocondrial. Tendo em vista que um evento de simbiose aconteceu entre o ancestral comum dos eucariontes e uma alfa-bacteria, é possível encontrar sequencias comparáveis entre eles.

Ensaio: Tema - 13/05
Qual o tema?
Uso da morfologia em reconstruções históricas em protistas
Por que?
Com o avanço de técnicas de biologia molecular, o uso de dados morfológicos para reconstruções históricas se viu readequado. Em protistas, existe grande dificuldade em utilizar esse tipo de informação (morfológica), devido a um número reduzido de caracteres evidentes, grande convergência e plasticidade morfológica etc.
Duas possíveis abordagens:
1) Grupos protistas em que hipóteses de relação baseadas em morfologia possuem peso e importância ainda atualmente. Ex: Ciliados.
2) Diferenças em estudos de reconstrução histórica em protistas e metazoa quanto a morfologia. Hipóteses a priori ou a posteriori?

Unless otherwise stated, the content of this page is licensed under Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License