Expectativas para o curso 30.01.23
Em geral, eu tenho como expectativa retomar alguns conceitos já abordados na graduação, mas também aprofundar de uma forma que não conseguiria sem o apoio da disciplina. Também espero participar de discussões e desenvolver meu pensamento crítico sobre o estudo de evolução e filogenia. Espero ter contato com as discussões acadêmicas mais recentes sobre evolução e filogenia, inclusive em tópicos em que ainda não há consenso científico. Gostei de como a disciplina foi organizada para todo o trabalho ser efetuado dentro do tempo previsto, espero que seja possível. Espero sair da disciplina com um entendimento mais aprofundado e embasado dos temas que serão abordados, como a reconstrução filogenética, a endossimbiose e origem dos eucariontes, a evolução da reprodução sexual e multicelularidade.
Parágrafo 1 31.01.23
Nesta aula discutimos o comportamento da comunidade científica frente a novas evidências e incertezas na quebra de paradigmas. Para isso, analisamos a história das reconstruções filogenéticas e classificações dos organismos. Whitaker publicou na revista Science a proposta dos cinco reinos em 1969. Nesta época, já era uma prática na filogenia o uso do método dedutivo em reconstruções históricas. Além disso, já era discutida a hipótese alternativa dos 3 domínios. Mesmo assim, foi publicada, e amplamente aceita uma filogenia que não foi produzida com base no método dedutivo. Nos questionamos sobre as motivações por trás de aceitar hipóteses com argumentação fraca, ou antiquada. O argumento de autoridade pode ser uma explicação. A estética, de aceitar uma hipótese que não contradiz o senso comum, pode ser outra. Além disso, as hipóteses alternativas, na época, apesar de apresentarem evidências fortes, também levantavam novas incertezas. E é mais confortável manter explicações que não surgem com novas incertezas. Por exemplo, a hipótese dos 3 domínios foi formalmente proposta por Woese em 1973, com dados moleculares do ribossomo. O método de sequenciar a subunidade 16-like era muito novo. E a filogenia apresentava alguns artefatos, e destacava a existência de grupos que antes não eram muito reconhecidos. A novidade dos métodos, as incertezas levantadas, e o desconforto da quebra do senso comum impediu por muito tempo que a comunidade científica geral compreendesse e aceitasse essa nova hipótese. Com o tempo, mais dados moleculares foram analisados, e a hipótese dos 3 domínios permanecia sendo sustentada pelas evidências. Em 2000, foi publicado na Science o paper de Baldauf, que sustenta a hipótese dos 3 domínios usando dados moleculares de 3 novas proteínas. Esta filogenia apresenta conclusões muito similares às filogenias anteriores sustentadas a partir do 16S. E também resolveu o posicionamento de algumas linhagens antes incertas. Assim, o acúmulo de evidências mitigou as incertezas frente a nova hipótese. Provavelmente foi isso que permitiu que a quebra de paradigma fosse aceita pela comunidade científica geral. A nova hipótese não mais quebrava o novo senso comum.
Parágrafo 2 02.02.23
Mudanças de paradigma são dificilmente absorvidos pela comunidade científica. Eles geram desconforto, desnudam incertezas, apontam incongruências no pensamento vigente e se utilizam de técnicas cujo conhecimento é restrito a um grupo de especialistas. Por estes e outros motivos que as mudanças de paradigma também não são assimiladas pelo senso comum. Um exemplo interessante deste fenômeno está em como a classificação dos organismos vivos em 3 domínios demorou para ser aceita pela comunidade científica, e assimilada pelo público geral. A hipótese anterior é a dos 5 reinos: Monera, Protista, Plantae, Funghi, Animalia. Apesar de ser construída ignorando os métodos dedutivos de sistemática, a hipótese de Whittaker foi publicada na Science em 1963, e é a imagem que se tem até hoje, dentro do senso comum, de como a vida está organizada. Porque essa visão antiquada permanece no pensamento? Ela é confortável. A nova, e mais acurada classificação da vida é a hipótese dos três domínios: Archea, Bacteria e Eukarya. Ela foi construída pelo método dedutivo e apresenta um embasamento molecular com o conhecimento que estava senso construído na época. Mesmo assim, esta hipótese demorou para ser assimilada pela comunidade científica fora deste campo de conhecimento. Porque ela gerava uma quebra de paradigma desconfortável. A maior parte da diversidade presente na nova filogenia não pertencia aos grupos já bem descritos e facilmente reconhecidos. Algumas linhagens apresentavam um posicionamento dúbio, e ao desnudar incertezas, toda a hipótese estava em xeque. E os métodos utilizados eram muito recentes para serem facilmente compreendidos, assim, o embasamento não era convincente. Com a evolução da biologia molecular estes desconfortos se amenizaram. Vários grupos foram descritos, o posicionamento de várias linhagens ficou mais claro na árvore filogenética, e o embasamento molecular se tornou mais robusto e convincente. Mas esta é a natureza das revoluções científicas. No início elas geram desconforto, mas com o avanço do conhecimento, se torna desconfortável ignorá-las.
Comentário Felipe Kenji: Gostei do seu texto! Acho que você conseguiu expressar os seus pensamentos de forma clara e precisa, com um bom uso de vocabulário. Porém, acho que você pode melhorar seu texto diminuindo seus períodos. Por exemplo, sua frase "Apesar de ser construída ignorando … de como a vida está organizada" poderia ser refinada. Minha sugestão seria "Em 1963, Whittaker publicou sua hipótese que ainda é observada no senso comum atualmente. Ele ignorou os métodos dedutivos de sistemática para classificar a vida".
Comentário Thomas Filgueiras Filho: Texto bem escrito. Parágrafo com um tópico frasal bem claro. Algumas frases ainda estão um pouco longas. Por exemplo:
"Apesar de ser construída ignorando os métodos dedutivos de sistemática, a hipótese de Whittaker foi publicada na Science em 1963, e é a imagem que se tem até hoje, dentro do senso comum, de como a vida está organizada."
Poderia ser escrita como, por exemplo: A hipótese de Whittaker foi construída ignorando os métodos dedutivos da sistemática. Fato que não a impediu de ser publicada na Science em 1963. Esta classificação se consolidou, dentro do senso comum, como a forma em que a vida está organizada.
Na segunda frase trocar "Eles" por "Elas", pois são as mudanças que causam desconforto, não os paradigmas.
Parágrafo 3 03.02.23
Mudanças de paradigma são dificilmente absorvidas. Eles geram desconforto, desnudam incertezas e apontam incongruências no pensamento vigente. Por conta destes motivos, e outros, a classificação dos organismos vivos em 3 domínios demorou a ser aceita. A hipótese anterior, dos 5 reinos, foi construída ignorando os métodos dedutivos de sistemática. Mesmo assim, ela é reproduzida até hoje. Por que essa visão antiquada permanece no pensamento? Ela é confortável. A nova hipótese dos três domínios é mais mais acurada, embasada e construída pelo método dedutivo. Mesmo assim, demorou a ser aceita. Porque ela gerava uma quebra de paradigma desconfortável. A nova filogenia apresentou que a maior parte da diversidade não são grupos já bem descritos e facilmente reconhecidos. Algumas linhagens apresentavam um posicionamento dúbio. Os métodos moleculares eram recente e difíceis de serem compreendidos. Com a evolução da biologia molecular estes desconfortos se amenizaram. Vários grupos foram descritos, o posicionamento de várias linhagens ficou mais claro. O embasamento molecular se tornou mais robusto e convincente. Esta é a natureza das revoluções científicas. No início elas geram desconforto, mas com o avanço do conhecimento, se torna desconfortável ignorá-las.
Outline rascunho 08.02.23
New Tree of Life
a beleza da biologia molecular: ver o invisível
e o que antes era invisível agora se desencortina. a vasta maioria da diversidade é desconhecida
falar do histórico da ciência natural de estudar oq é visível - aristóteles, lineu, woese
até mesmo o microscópio - olha microrganismos, reconhece estruturas
microbiologia - cultivo caracterização
bioquímica tb é muito visual
genômica - isso mudou - estudamos sequências
genômica ambiental - sequenciar seq ambiente que vem de organismos q nós não conhcecemos e nao cultuvamos em laboratório
quando pensamos em nós - os animais, as plantas, ps fungos, os parasitas do nosso intestino - nada disso passa de um fiozinho da história natural deste planeta
se organizamos isso em uma árvore filogenética algo muito bonito acontece - descrever a árvore
e mesmo tão revolucionária esta nova árvore não passa de um rascunho perto de todo o conhecimento da diversidade de formas de vida do planeta
com o tempo esta árvore vai ser ampliada e novas relações filogenéticas vao se clarificar
mas a conclusão permanece a mesma: esta vida que conhecemos não passa de um fiozinho da história do planeta.
Primeiro rascunho ensaio 09/02/23
TÍTULO
Até pouco tempo atrás, as ciências biológicas se restringiam ao estudo do que é visível.
Linnaeus Systema Naturae - falar oq é, oq ele fez, seu impacto até hoje.
Como ele excluiu microrganismos, mesmo tendo conhecimento de sua existência, mas por não serem dados a sua relevância
Microscopia - ampliou a gama de organismos que somos capazes de ver. Mas ainda assim o estudo dos microrganismos foi restrito ao o que é visivel e cultivável. os microscópios são nossos aliados à um bom tempo (ver a data) – mas basicamente a descrição da diversidade de formas de vida é feita a partir da caracterização de estruturas visíveis. Mesmo no campo da microbiologia, o conhecimento da diversidade bacteriana se restringiu por muito tempo a bactérias que podem ser isoladas e cultivadas em colônias visíveis em meios de cultura sólidos em laboratório.
Tudo mudou com o desenvolvimento da biologia molecular. Oq é: estudo das sequências genéticas - e da informação que ela carrega. Quando foi desenvolvida. Falar como que ela permite conhecer o que vai além da morfologia.
Biologia molecular é mto usada na reconstrução de relações de parentesco entre organismos. Explicar filogenia for dummies
falar do artigo - ele recolhe dna ambiental e usa essa info pra reconstruir uma filogenia. explicar como ele recolhe dna ambiental e como isso ajuda a conhecer oq não é cultivável
algo mágico acontece - desenhada a árvore da vida - descrever como ela é. falar da grande radiação de bactérias não cultiváveis. falar como os eukarya multicelulares são apenas um fiozinho no meio deste mundo de microorganismos. quando pensamos em nós - os animais, as plantas, ps fungos, os parasitas do nosso intestino - nada disso passa de um fiozinho da história natural deste planeta
e mesmo tão revolucionária esta nova árvore não passa de um rascunho perto de todo o conhecimento da diversidade de formas de vida do planeta. com o tempo esta árvore vai ser ampliada e novas relações filogenéticas vao se clarificar mas a conclusão permanece a mesma: esta vida que conhecemos não passa de um fiozinho da história do planeta. retomar a metáfora
