Nathália Galizio

Ensaios

Ensaio 1 (19 de fev de 2016)

O conceito de cinco reinos proposto por Whittaker é uma falácia científica que continua sobrevivendo na sociedade. Os cinco reinos – animal, vegetal, fungos, monera e protistas – publicados em 1969 foram baseados em dados morfológicos abstratos e sem possibilidade de reprodução científica, além de inferir uma definição de evolução direcional para melhor, o que atualmente é contestado, já que não há organismos mais ou menos evoluídos e sim adaptados ao seu ambiente. A utilização de dados moleculares representa um avanço no estudo da biologia, mostrando fatos que podem ser reproduzidos por qualquer cientista, dando mais credibilidade a ciência biológica. Apesar disso os cinco reinos continuam permeando a sociedade como verdade absoluta já que ressaltam a superioridade dos Chordata, grupo que inclui os humanos, justificando assim um conceito filosófico e teológico que há muito tempo é defendido. Até quando iremos depreciar a ciência em prol dos nossos próprios interesses?

Corrigido por Stephanie Arcos

  • Comentário: Na segunda oração está faltando pontuação de vírgula na parte onde cita o ano publicado. O parágrafo contém muitos períodos que poderiam ser simplificados. Além disso, os períodos tornam mais difícil o entendimento por deixar o texto confuso. A última frase não passa informação e deixa o texto um pouco sentimental por ser uma pergunta apelativa.
  • O conceito de cinco reinos proposto por Whittaker é uma falácia científica que continua sobrevivendo na sociedade. Os cinco reinos – animal, vegetal, fungos, monera e protistas – publicados em 1969 foram baseados em dados morfológicos abstratos e sem possibilidade de reprodução científica, além de inferir uma definição de evolução direcional para melhor, o que atualmente é contestado, já que não há organismos mais ou menos evoluídos e sim adaptados ao seu ambiente. A utilização de dados moleculares representa um avanço no estudo da biologia, mostrando fatos que podem ser reproduzidos por qualquer cientista, dando mais credibilidade a ciência biológica. Apesar disso os cinco reinos continuam permeando a sociedade como verdade absoluta já que ressaltam a superioridade dos Chordata, grupo que inclui os humanos, justificando assim um conceito filosófico e teológico que há muito tempo é defendido. Até quando iremos depreciar a ciência em prol dos nossos próprios interesses?

Ensaio 2 (04 de março de 2016)

O Maximum likelihood (ML) oferece diversas vantagens para realizar construções históricas. Construções históricas são complexas e precisam de uma escolha detalhada de diferentes métodos para se realizar de modo mais eficiente. O ML é um método que utiliza as probabilidades máximas de um evento mutacional acontecer e julga suas reconstruções a partir disso. O ML utiliza os dados obtidos para calcular probabilidades de diferentes reconstruções históricas, ou seja, ele mede o quanto os seus dados concordam com as árvores filogenéticas obtidas. Diferente de outros métodos como Neighbour joining, o ML oferece possibilidade de reconstruir relações separadas por um longo tempo ou aquelas que evoluem mais rapidamente. Porém, o ML é um método que exige muito tempo para ser concluído. Pode-se utilizar o ML em associação com o Bootstrap, que nada mais é do que uma repetição da análise em diferentes posições para observar quantas vezes aquele grupo é sustentado. Para fazer uma reconstrução histórica a escolha do método é importante e o ML oferece um bom suporte para a análise dos dados.

Modificado por Gabriella Hsia

O Maximum likelihood (ML) oferece diversas vantagens para realizar construções históricas. Construções históricas são complexas e precisam de uma escolha detalhada de diferentes métodos para se realizar de modo mais eficiente (Na minha opinião, esse trecho ficou um pouco confuso. Não sei se ficaria melhor assim, mas vou deixar a sugestão: "para serem eficientes exigem uma escolha detalhada e uma consulta entre os diferentes métodos existentes). O ML é um método que utiliza as probabilidades máximas de um evento mutacional acontecer e julga suas reconstruções a partir disso. O ML Além disso, utiliza os dados obtidos para calcular as probabilidades de diferentes reconstruções históricas, o Ou seja, ele mede o quanto os seus dados concordam com as árvores filogenéticas obtidas. Diferente de outros métodos como Neighbour joining, o ML oferece possibilidade de reconstruir relações filogenéticas separadas por um longo tempo ou aquelas que evoluem mais rapidamente (Na minha opinião, esse trechinho ficou um pouco confuso). Porém, o ML é um método que exige muito tempo para ser concluído. (Na minha opinião, essa frase poderia ser tirada) Pode-se Outra vantagem é utilizar o ML em associação com o Bootstrap, que nada mais é do que uma repetição da análise em diferentes posições para observar quantas vezes aquele grupo é sustentado. Para fazer uma reconstrução histórica a escolha do método é importante e o ML oferece um bom suporte para a análise dos dados.

Comentários
Na minha opinião o seu ensaio ficou muito bom. Ele abordou o ML de forma pertinente e correta. Você conseguiu usar frases na ordem direta, como a sua frase-título. Deixei algumas sugestões do que eu faria. :)

Ensaio 3 (11 de março de 2016)

Não compareci!

Ensaio 4 (18 de março de 2016)

O grupo Chromoalveolata não é considerado monofilético dentro dos eucariontes. Os Chromoalveolata são formados por dois grupos bem definidos, os Alveolados e os “Cromistas”. A endossimbiose secundária é o critério de classificação usado para unir esses dois grupos. Porém, quando se analisa a monofilia do grupo usando outros critérios, como genes nucleares, isso não se sustenta. Observa-se, portanto, um fenômeno de hipótese “chupacabra”. Um único evento, considerado muito importante na evolução, é usado para manter um grupo e todas as pesquisas tentam comprovar esse resultado. Tendo em vista esse evento, o único momento em que o grupo se sustenta é quando usamos os genes plastidiais na pesquisa molecular. Atualmente, utilizando-se todos os critérios disponíveis na pesquisa molecular e ultraestrutural, o grupo foi considerado não monofilético. Devemos, portanto, sempre analisar os dados em busca de uma resposta e não tentar ajustar nossos dados a resposta se busca.

Ensaio 5 (08 de abril de 2015)

O conceito de cinco reinos de Whittaker (Monera, Protista, Plantae, Fungi e Animalia) ainda é muito prevalente na população atual. Atualmente, com o advento da biologia molecular e de novas pesquisas científicas, o conceito dos três domínios, que divide os grupos de seres vivos em Archaea, Eubacteria e eucariotos, é o mais aceito pela comunidade científica. Dentro dos Eucariotos, temos os seis super grupos: Archaeplastids, Excavates, Opisthokonts, Chromoalveolates e Rhizaria. Todos esses super grupos apresentam uma grande diversidade, muitas vezes ignorada pela maioria da população. Um dos motivos para que essa diversidade não seja notada é a falta de divulgação científica que consiga atingir os leigos. A divulgação cientifíca para os cientistas é a publicação científica em revistas científicas. Porém, essa revistas não possuem alcance popular. Há diversos motivos para isso. As revistas científicas possuem uma linguagem específica, muitas vezes de difícil entendimento. Muitas dessas revistas possuem acesso restrito, são pagas e caras. A língua predominante na divulgação científica é o inglês e grande parte da população brasileira não tem domínio dessa língua. A divulgação científica popular consiste em colocar as pesquisas científicas em uma linguagem mais simples e clara. Permitir acesso barato e fácil a essa informação.

Corrigido por Clarice Thomaz

Ensaio 5 (08 de abril de 2015)

O conceito de cinco reinos de Whittaker (Monera, Protista, Plantae, Fungi e Animalia) ainda é muito prevalente na população atual. Atualmente, com o advento da biologia molecular e de novas pesquisas científicas, o conceito dos três domínios, que divide os grupos de seres vivos em Archaea, Eubacteria e eucariotos, é o mais aceito pela comunidade científica. Dentro dos Eucariotos, temos os seis super grupos: Archaeplastids, Excavates, Opisthokonts, Chromoalveolates e Rhizaria. Todos esses super grupos apresentam uma grande diversidade, muitas vezes ignorada pela maioria da população. Um dos motivos para que essa diversidade não seja notada é a falta de divulgação científica que consiga atingir os leigos. A divulgação cientifíca para os cientistas é a publicação científica em revistas científicas. Porém, essa revistas não possuem alcance popular. Há diversos motivos para isso. As revistas científicas possuem uma linguagem específica, muitas vezes de difícil entendimento. Muitas dessas revistas possuem acesso restrito, são pagas e caras. A língua predominante na divulgação científica é o inglês e grande parte da população brasileira não tem domínio dessa língua. A divulgação científica popular consiste em colocar as pesquisas científicas em uma linguagem mais simples e clara. Permitir acesso barato e fácil a essa informação.

Comentários:

Observação: cada comentário do ensaio acima corresponde, em ordem, a frase em vermelho.

1- Entendo que o ensaio é uma reescrita de apenas um parágrafo de um ensaio completo. Mas, por exemplo, se apenas esse parágrafo fosse seu ensaio, escrever "ainda é muito prevalente" sem explicar porque é muito prevalente ou qual o problema de ser muito prevalente na população atual deixa dúvidas ao seu leitor (claro que isso depende do seu público alvo, mas seria legal explicar a frase).

2-Novamente, seria legal explicar isso. Porque é o mais aceito na comunidade atualmente? Inclusive, o Daniel apontou algo assim no meu texto, eu disse que era o mais aceito mas não expliquei porque era o mais aceito sabe? É como se a gente dissesse para o leitor: é o mais aceito, aceite isso.

3-A grafia está errada, seria "científica", errinho de digitação :)

4-Aqui eu estou sendo chata hahaha Mas, achei que ao ler a frase ficou repetitiva: três vezes a palavra "científica" aparece.

*Gostei bastante da parte que você escreve sobre os problemas da divulgação científica e as soluções para esse problema (uma divulgação científica popular, com língua e jeito de escrever mais acessíveis).
*E o ensaio inteiro está bem escrito, você apresenta dois sistemas de classificação diferentes e sua relação atual com a ciência e o ensino), e revela um problema para a falta de conhecimento de toda a diversidade que conhecemos: falhas na divulgação científica. Depois disso, você explica porque a divulgação é falha e o que se pode fazer sobre isso. Acho que seu ensaio segue uma linha de pensamento e desenvolve alguns pontos dessa linha.

Ensaio 6 (15 de abril de 2016)

A endossimbiose primária foi um evento único na evolução dos organismos eucariontes. A teoria de endossimbiose primária foi publicada por Lynn Sagan em 1966. Ela propôs um cenário evolutivo composto não só de teorias biológicas, mas também de elementos geológicos e atmosféricos. A fotossíntese surgiu em três linhagens de bactérias, em especial as cianobactérias. Segundo Sagan, as cianobactérias foram engolfadas por um ancestral dos eucariotos. Esse evento, chamado de endossimbiose, gerou o primeiro eucarioto fotossintetizante. Atualmente podemos concluir que os endossimbiontes geraram as mitocôndrias e os plastídios na célula eucariótica. Com o auxílio de pesquisas moleculares, conseguimos encontrar DNA do endossimbionte. Assim, foi possível encontrar os grupos irmãos desse endossimbionte: do cloroplasto são as cianobactérias e da mitocôndria as alphaprotobacterias. O evento de endossimbiose pode ser considerado único na história da evolução, já que, segundo a Lei de Dolla, uma aquisição de um segundo endossimbionte semelhante é implausível e uma perda e reaquisição é extremamente implausível.

Comentários por Gabriela Santos

A endossimbiose primária foi um evento único na evolução dos organismos eucariontes. A teoria de endossimbiose primária foi publicada por Lynn Sagan em 1966. Ela propôs um cenário evolutivo composto não só de teorias biológicas, mas também de elementos geológicos e atmosféricos (Acho que essa frase está meio desconectada do ensaio, poderia retira-la sem prejuízos ao tema). A fotossíntese surgiu em três linhagens de bactérias, em especial as cianobactérias. Segundo Sagan, as cianobactérias foram engolfadas por um ancestral dos eucariotos. Esse evento, chamado de endossimbiose, gerou o primeiro eucarioto fotossintetizante. Atualmente podemos concluir que os endossimbiontes geraram as mitocôndrias e os plastídios na célula eucariótica. Com o auxílio de pesquisas moleculares, conseguimos encontrar DNA do endossimbionte (onde encontraram DNA do endossimbionte?). Assim, foi possível encontrar os grupos irmãos desse endossimbionte: do cloroplasto são as cianobactérias e da mitocôndria as alphaprotobacterias. O evento de endossimbiose pode ser considerado único na história da evolução, já que, segundo a Lei de Dolla, uma aquisição de um segundo endossimbionte semelhante é implausível e uma perda e reaquisição é extremamente implausível (Gostei que retomou a frase título no final! Mas o período está longo ~três verbos~ Acho que daria para dividi-lo)

Obs: Na minha opinião o ensaio está bom, mas trata de uma assunto amplo. Talvez fosse melhor focar um pouco mais ou fazer dois parágrafos, como o professor sugeriu.

Ensaio 7 (não compareci pq meu tio faleceu! ];)

Ensaio 8

A raiz dos eucariotos foi inserida no meio do grupo dos Excavata. O grupo dos Excavata possui uma característica morfológica marcante: o sulco alimentar. Porém é um grupo muito diverso e com características morfológicas muito variadas. Alguns organismos incluídos no grupo excavata são diferentes e apresentam características bizarras como a perda da mitocôndria (como as Giardias) e fotossíntese (como a Euglena). Atualmente, com o uso de dados moleculares, o grupo excavata raramente se reconstitui. Isso é uma evidencia de que o grupo não é monofilético. As pesquisas de Derelle e colaboradores, com o uso de 39 genes mitocondriais (AlphaProt), definiu uma raiz para a árvore dos eucariotos. Essa raiz está localizada bem no meio do grupo dos Excavata, separando-o. Os organismos amitocondriais ainda são de difícil classificação, mas evidencias mostram que são mais próximos dos opisthokonta e amebozoa. Já os outros foram unidos num grupo denominado Discoba. O enraizamento da árvore dos eucariotos é mais uma forte evidência de que os Excavata não constituem um grupo monofilético.

Modificado por Fernanda Thomaz

A raiz dos eucariotos foi inserida no meio do grupo dos Excavata (Achei a frase título bem adequada, curta e objetiva. Por outro lado, achei que na próxima frase você já trataria do tema, só que você escreveu sobre a característica morfológica do grupo Excavata, me dando uma sensação de quebra ou ausência de continuidade). O grupo dos Excavata possui uma característica morfológica marcante: o sulco alimentar (Achei legal colocar de forma simples e direta a característica morfológica que define o grupo. Seria legal também dar exemplos de integrantes desse grupo para relembrar um público alvo que já domine o tema, ou para apresentar o grupo para um público alvo que o desconheça). Porém é um grupo muito diverso e com características morfológicas muito variadas. Alguns organismos incluídos no grupo excavata são diferentes e apresentam características bizarras como a perda da mitocôndria (como as Giardias) e fotossíntese (como a Euglena). Atualmente, com o uso de dados moleculares, o grupo excavata raramente se reconstitui. Isso é uma evidencia de que o grupo não é monofilético. As pesquisas de Derelle (Talvez seria interessante colocar o ano da pesquisa) e colaboradores, com o uso de 39 genes mitocondriais (AlphaProt), definiu (Só uma questão de concordância: se quem definiu uma raiz para a árvore dos eucariotos foram as pesquisas de Derelle, acredito que em vez de "definiu", o certo seria "definiram") uma raiz para a árvore dos eucariotos. Essa raiz está localizada bem no meio do grupo dos Excavata, separando-o. Os organismos amitocondriais ainda são de difícil classificação, mas evidencias mostram que são mais próximos dos opisthokonta e amebozoa. Já os outros foram unidos num grupo denominado Discoba. O enraizamento da árvore dos eucariotos é mais uma forte evidência de que os Excavata não constituem um grupo monofilético (Achei muito bom que você retoma na conclusão do parágrafo a frase título).

Comentário geral: O ensaio está bom, gostei bastante do seu modo de escrever e achei que você fez um bom balanço entre verbos e pontos finais.

Ensaio 9 (Escolha do tema para o ensaio - 13/05)

Pensei em 2 temas:
1- Comparação entre os trabalhos de Derelle e Cavalier-Smith sobre a raiz da árvore dos eucariotos.
Por que? É importante uma discussão e comparação entre dois trabalhos tão significativos, focando nas diferenças em metodologia e resultados.
Adequação: Por ser um tema bem restrito e comparativo, não será um problema com o tamanho do ensaio.

OU

2- Fósseis misteriosos
Por que? Entender melhor o motivo de alguns fosseis não serem reconhecidos em grupos atuais. Trazer discussão sobre a falta de amostragem fósseis e sobre a preservação. Discussao e comparação sobre Steam x crown groups.
Adequação: o tema ainda precisa ser trabalhado melhor e formulado, mas pode se adequar ao tamanho.

Comentários gerais por Gabriella Hsia

Eu vi no seu ensaio de baixo que você optou pelo tema 1. :) Acho que com esse tema, você vai conseguir ter um foco bem definido no seu ensaio, já que se trata da comparação de dois trabalhos. Além disso, é um assunto bastante relevante e acho que vai dar para escrever um ótimo ensaio. Na minha opinião, acho que o maior cuidado seria não deixar o seu ensaio ficar redundante ou repetitivo pelo tema ser bastante restrito, mas de resto, acho que vai dar para desenvolver bem.

Ensaio 10 (Esboço da estrutura geral do ensaio - 20/05)

Tema: Comparação entre os trabalhos:

  • Derelle et al: Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root
  • Cavalier-Smith: Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. Biol Lett 6(3):342–345.

Estrutura geral:

  1. Introdução e explicação sobre filogenia
  2. Raiz: por que é importante estabelecer o local da raiz dos eucariotos? Por que fazer isso é tão difícil?
  3. Explicitar a proposta dos dois artigos.
  4. Explicar as diferenças entre eles
  5. Conclusão baseada em "quem está ganhando atualmente?"

Ensaio 11 (Organização em parágrafos - 03/06)

Introdução: 2 parágrafos
1- Filogenia: o que é?, para que serve?, como se faz uma árvore filogenética?
2- Raiz: por que é importante estabelecer a raiz? o que muda na árvore filogenética com e sem raiz? por que não é tão simples estabelecer a raiz?

Desenvolvimento: 3 parágrafos
1- Explicitar a proposta e métodos de Derelle e seus resultados
2- Explicitar a proposta e métodos de Cavalier-Smith e seus resultados
3- Explicar as diferenças entre os trabalhos

Conclusão: 1 parágrafo
1- Quem está ganhando no mundo científico atualmente? Onde é a provável localização da raiz dos eucariotos.

Ensaio 12 (Frases - 10/06)

Parágrafo 1:
A evolução é um processo de mudança ao longo do tempo. Os seres vivos possuem ancestral comum. Filogenia para estudar evolução. Arvore filogenética é a ferramenta utilizada para isso. Os componentes da árvore são táxons, nós e raiz. Os táxons são as unidades ou grupos a serem estudados. Os nós representam o último ancestral comum. A raiz é o principio da árvore e mostra o ancestral comum mais antigo de todos os grupos. Muito difícil estabelecer a raiz dos eucariotos.

Paragrafo 2:
A raiz permite inferir uma ideia temporal para a árvore filogenética. Essa é a maior importância da raiz. Isso também nos permite saber como era o último ancestral comum do grupo. Para estabelecer uma raiz é preciso encontrar um grupo externo apropriado. O grupo externo não pode pertencer a linhagem estudada. Para os eucariotos o problema é maior. O grupo externo pode ser Archaea ou Eubacteria. Porém é muito difícil estabelecer semelhanças entre eles. Isso acontece porque a separação entre os grupos já ocorreu há muito tempo. Muitos trabalhos já foram feitos.

Parágrafo 3:
O trabalho discutido é de Derelle (ano e titulo). Utiliza dados moleculares de proteínas mitocondriais. São dois datasets diferentes que são comparados. Esses datasets são usados como grupo externo. A base para a escolha dos genes foi a endossimbiose primaria de uma alfa-protobacteria. Escolheu os táxons de todas as linhagens de eucariotos conhecidas. Ambos os datasets convergiam na posição da raiz. Permitiu concluir que o grupo excavata não é monofilético. Inferiu que o último ancestral comum dos eucariotos era biflagelado.

Parágrafo 4:
Segundo trabalho é de Cavalier-Smith (ano e título). Um trabalho que discute diferentes métodos para verificar a raiz. Um deles é a utilização do citocromo c e c1 da mitocôndria. CVS já inferiu que talvez a raiz estivesse no meio dos excavata. Para ele, porém, a raiz estava ligada ao grupo Euglenozoa.

Parágrafo 5:
Os trabalhos trazem conclusões diferentes. CVS utilizou menos dados moleculares e algumas características enzimáticas ou morfológicas. Derelle pareceu trazer uma ideia boa e interessante utilizando a mitocôndria como base. Apesar disso, ambos trazem o grupo excavata como não monofilético. Derelle parece mais próximo da localização real da raiz.

Paragrafo 6:
Estabelecer o local exato da raiz é difícil. Encontrar o grupo externo apropriado é crucial. Escolher táxons bem representativos também pode fazer muita diferença. Derelle fez tudo isso de maneira exemplar. Podemos concluir que ele está mais próximo de encontrar o lugar mais correto da raiz.

Ensaio 13 (Prévia - 17/06)

Parágrafo 1: Filogenia
Todos os seres vivos descendem de um ancestral comum. Assim como todos os seres vivos sofrem mudança ao longo do tempo. Esses conceitos são primordiais para o estudo da evolução dos seres vivos. Para estudar a história evolutiva dos seres vivos e seus ancestrais comuns usamos a filogenia. A filogenia é o estudo da relação evolutiva (parentesco) entre os grupos de seres vivos. O principal meio de se observar essas relações é a partir da construção de uma árvore filogenética. Os componentes básicos de uma arvore filogenética são os táxons, os nós e a raiz. Os nós representam um ancestral hipotético comum compartilhado. Para conseguir montar uma árvore filogenética podem-se utilizar características morfológicas ou moleculares. Esses dados nem sempre estão presentes, já que muitos organismos já foram extintos ou não foram descritos ainda. Quanto mais dados são usados e conhecidos, mais fiéis serão as relações de parentesco mostradas na árvore. Uma árvore pode ser enraizada ou não-enraizada. A raiz representa o ancestral mais antigo conhecido do grupo (ponto de início). Porém, nem sempre é possível estabelecer com tanta certeza a localização exata da raíz.

Parágrafo 2:
Uma árvore filogenética não enraizada mostra as relações entre os grupos observados. Isso permite que saibamos que grupo está mais próximo ou mais distante de outro. Porém, uma árvore sem raiz não permite que tenhamos uma ideia temporal da árvore. Sem a raiz, não conseguimos inferir qual grupo é mais basal (mais parecido com o ancestral) ou mais derivado. Por isso a raiz é tão importante na arvore. Mas a inclusão da raiz não é uma tarefa simples. Para isso é preciso estabelecer um grupo externo. O grupo externo é um grupo pertencente a uma linhagem que não faça parte da linhagem de interesse (grupos internos). Geralmente é um grupo que apresenta parentesco com um ou dois grupos de estudo e que surgiu antes na história evolutiva. E esse é o maior problema. Escolher o grupo externo pertinente a sua árvore é difícil. Quando tratamos dos eucariotos a complicação aumenta. Isso porque o grupo é representado por seis super grupos (Archaeplastids, Excavates, Opisthokonts, Chromoalveolates e Rhizaria). Os grupos externos que podem ser usados são Archaea e Eubacteria. Porém, com o uso apenas de dados morfológicos é muito difícil observar semelhanças entre bactérias e eucariotos. Atualmente, com o uso de dados moleculares, a procura de genes em comum é possível. A raiz da árvore filogenética dos eucariotos é uma discussão de muito tempo já. Muitos trabalhos foram feitos sobre isso. Escolhemos dois para comparar e discutir os métodos utilizados entre eles e as conclusões a que chegaram.

Parágrafo 3:
O primeiro trabalho discutido é do autor Derelle e seus colaboradores. Publicado em 2015 com o título Bacterial proteins pinpoint a single eucaryotic root. Esse artigo compara dois grupos externos formados a partir de genes de alpha-protobactérias. Essa linhagem foi escolhida já que houve transferência lateral de genes pela endossimbiose primária (mitocôndria) de uma alpha-protobactéria. Então foram utilizadas 39 proteínas eucarióticas com função mitocondrial (codificadas tanto na mitocôndria quanto no núcleo) como marcadores moleculares. Isso gerou um grupo externo nomeado “ALPHA-PROT dataset” (APd). O outro grupo externo chamado “EUBACT dataset” (EBd) possui 37 proteínas, sendo 15 iguais aquelas do APd (He et al). Para compor a árvore foram utilizados táxons representando a maioria das linhagens de eucariotos conhecidas. Depois das analises de ambos os grupos externos, observou-se que ambos convergiam na mesma posição da raiz. A raiz dos eucariotos foi posicionada no meio do grupo Excavata. Isso indica, portanto, que o grupo Excavata não é monofilético. Além disso, os resultados também indicam que o último ancestral comum dos eucariotos era biflagelado.

Parágrafo 4:
O segundo trabalho discutido é do autor Cavalier-Smith. Publicado em 2009 intitulado Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. Esse artigo traz informações de diferentes autores para propor uma localização da raiz dos eucariotos. Foram discutidas análise dos citocromos c e c1 (presentes na mitocôndria) e de sistemas Ccm. Com essas informações, Cavalier-Smith propôs, já em 2009, que a raiz dos eucariotos podia estar no grupo dos Excavatos (por causa do Ccms ancestral) ou entre neozoa e Euglenozoa. A hipótese de que a raiz esteja entre o grupo Euglenozoa e os outros eucariontes ou no meio do grupo Euglenozoa é a mais provável para Cavalier-Smith. A evidência mais convincente disso é a ausência da proteína mitocondrial Translocadora de membrana externa (TOM).

Parágrafo 5:
Ambos os trabalhos trazem novas informações e conclusões divergentes. O trabalho de Cavalier-Smith possui menos analises molecular em comparação com Derelle. Apesar disso, ambos os artigos mostram que o grupo excavata é um grupo chave no posicionamento da raiz dos eucariotos. Pesquisar a monofilia do grupo excavata. A utilização de dados moleculares permitiu a Derelle comparar eucariotos com eubactérias. Podemos considerar que o evento de endossimbiose primaria foi ancestral na historia evolutiva dos eucariotos. Portanto, a utilização de proteínas mitocondriais permite uma comparação entre esses dois grupos. Atualmente Derelle parece estar mais correto em posicionar a raiz dos eucariotos separando de vez o grupo Excavata.

Parágrafo 6:
Estabelecer a raiz de uma arvore filogenética não é tarefa fácil. A escolha dos dados, morfológicos ou moleculares, deve ser precisa. Além disso, os táxons escolhidos também devem representar, da melhor maneira possível, o grupo a ser estudado. No caso dos eucariotos a escolha do grupo externo é muito difícil. A ideia de Derelle e outros pesquisadores em usar dados moleculares de mitocôndria é muito interessante. Isso permite uma comparação entre eucariotos e bactérias que, usando dados morfológicos, seria quase impossível. Derelle apresenta a localização mais provável da raiz da árvore dos eucariotos. Propondo também a separação do grupo Excavata que não é monofilético. Completando nos da uma imagem bem plausível do provável ancestral comum mais antigo dos eucariotos: biflagelado. Atualmente, Derelle está em vantagem na construção da árvore enraizada dos eucariotos. Porém mais pesquisas estão em andamento e novidades podem aparecer a qualquer momento.

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