Ensaio dia 3/3/2020
A construção de árvores filogenéticas é possibilitada por diferentes métodos. Dois desses métodos são a parcimônia e o maximum likelihood. Por um lado, a parcimônia propõem a construção de árvores por meio de processos biológicos, que explicam a evolução e transformação dos estados de caracteres dos táxons. Por outro lado, a análise de maximum likelihood avalia a probabilidade de um modelo definido explicar os dados observados, táxons. Dessa forma, ambos os métodos permitem a construção de filogenias robustas, apesar de construírem a árvore por meio de conceitos biológicos ou probabilísticas, respectivamente. Atualmente, maximum likelihood é mais usado por permitir um processamento de dados maior em comparação a parcimônia e os demais métodos.
Comentários de Lucas: O que são esses processos biológicos e modelos defeinidos?
Ensaio dia 10/03
Os grupos taxonômicos dos Eucariotos foram modificados nos últimos anos. Essa mudança ocorreu pela incorporação de mais dados moleculares nas análises filogenéticas do grupo. Uma consequência dessa incorporação foi que o grupo antes constituído por cinco linhagens passou a ser formado por sete. Um exemplo disso foi a eliminação do nome Chromalveolates, em consequência dessa linhagem ter sido dividida em outras. Dessa forma, esses grupos tiveram que ter seus nomes modificados, para se adequar a essa nova hipótese filogenética.
Ensaio dia 17/03
Diversos estudos demonstram Chromalveolata como monofiléticos. Esses estudos testaram essa hipótese, a partir da análise de genes do plastídio. Esse resultado, monofilia, não se repete quando analisamos genes do núcleo. Dessa forma, podemos questionar se o primeiro resultado acontecia por conta da região seleciona, dado que somente os Chromalveolata e Viridiplantae apresentam plastídeos. Dessa forma, não era possível comparar regiões gênicas dos outros grupos, como Opisthokonta. Assim, essa hipótese sofreu diversas críticas ao longo do tempo. Hoje Chromalveolata não é considerado como monofilético.
Ensaio dia 31/03
A origem das células mitóticas é o título do artigo que postula a teoria da endossimbioses (Sagan 1967). À primeira vista é possível questioná-lo, entretanto a autora indica que só é possível a herança do organismo endossimbionte, com um sistema refinado de divisão celular. Por isso, ela postula que só a mitose conseguiria explicar a viabilidade desse processo, ou seja, ser mitótico seria uma inovação chave para a herança da endossimbiose. Para que seja possibilitada a mitose, ela teorizou que ocorreu um segundo evento de endossimbiose. Esse evento seria com alguma bacteria que produzisse estruturas "9+2", uma vez que essas são as responsáveis pelo refinamento da mitose. Entretanto, esse segundo evento não foi corroborado até hoje. De todo modo, esse é um evento central da teoria postulada pela pesquisadora, para que a célula com uma mitocôndria seja viável. Além disso, fica implícito que somente esses organismos, eucariotos, realizam mitose.
Sagan, Lynn. 1967. “On the Origin of Mitosing Cells.” Journal of Theoretical Biology 14 (3) (March): 225–IN6. doi:10.1016/0022-5193(67)90079-3.
Ensaio 14/04
Stem grups e crown grups são duas denominações comuns em estudos filogenéticos. Stem grups são aqueles organismos encontrados no registro fóssil, mas que não possuem descendentes modernos. Um exemplo desse grupo seria os Tappania. Esse são considerados os Eucariotos mais antigos, eles existiram a cerca de 1,6 bi de anos, mas não apresentam afinidade com nenhum grupo. Dessa forma, entende-se que toda essa linhagem foi extinta em algum momento da história. Crown grups são os organismos fósseis que por conta de uma morfologia característica é possível relacionar a um grupo moderno. Os Arcellinida são exemplos disso, esse é um grupo fóssil de teca amebas que viveu a cerca de 750 mi de anos.
Comentário de Arlúcio: Gostei muito do seu parágrafo, pois ficou bem simples e sucinto!! Dentre as sugestões que tenho, creio que seja melhor e mais creditável pra quem está lendo que tenham referências pra informações muito específicas, como as idades de Tappania e Arcellinida. É bom também observar a concordância entre alguns termos como na frase "[Esse (singular)] [são considerados os Eucariotos (plural)] …", bem como a ortografia (a cerca —> há cerca).
Ensaio 28/04 (Opicional)
O método mais utilizado em sistemática filogenética para o enraizamento das árvores é o grupo externo. Esse método consiste em escolher um grupo relacionado ao grupo de interesse para compor a análise. Isso ocorre, uma vez que, o enraizamento é feito depois que as relações entre os grupos são estabelecidas. Dessa forma, se a análise contém um grupo diferente do estudado é esperado que eles apareçam em lugares diferentes da árvore. Assim, é possível colocar uma raiz entre esses grupos sem modificar as relações do grupo de interesse. Entretanto, é necessário um conhecimento prévio sobre os grupos por duas razões. A primeira é para garantir que os grupos realmente saiam em posições diferentes na árvore. A segunda é para que os grupos apesar de diferentes, compartilhem características que permitam uma comparação entre eles, de modo a estabelecer uma história evolutiva. Portanto, o grupo escolhido para compor o grupo externo tem que ser proximamente relacionado ao grupo de interesse.
Comentário da Bruna (05/05): Eu gostei bastante do seu texto, mas achei o início do seu parágrafo um pouco confuso. Em especial a frase: "Isso ocorre, uma vez que, o enraizamento é feito depois que as relações entre os grupos são estabelecidas". Demorei a entender como ela dialogava com as frases anteriores e posteriores. Acho que a utilização de esquemas ajudaria a elucidar as informações que você apresentou.
