Rodolfo Pereira Graciotti

Olahr, pessoar

Ensaio aula 1 - 19/02

A visão hierárquica da diversidade biológica e evolução - Tradicionalmente, os sistemas de classificação biológica se baseavam em estabelecer relações entre os organismos a partir de semelhanças morfológicas, geralmente fáceis de serem identificadas; e mais que isso, buscavam estabelecer uma "trajetória" evolutiva tendo como "final" a aparente complexidade morfológica, e como se organismos menos complexos tivessem sido "deixados para trás". A representação do sistema de 5 reinos de Whittaker é um reflexo claro desta visão (até pela forma do gráfico, lido na vertical de baixo para cima), onde há uma hierarquia de organismos baseada na complexidade celular. Essa representação sugere que o aparecimento da complexidade foi gradual e direcionado, tendo o reino Monera anucleado como base, seguida do surgimento do núcleo em Protista, e então a multicelularidade dos "3 reinos superiores" (Fungos, Animais e Plantas) como o objetivo final da evolução; o que ocorreu para definir a diferenciação entre estes foi apenas a determinação do modo de nutrição de seus ancestrais (supostamente protistas): plantas realizam fotossíntese assim como as euglenas, animais ingerem o alimento como amebas e fungos absorvem nutrientes.

Comentários por Gabriel Freitas (04/03)

A visão hierárquica da diversidade biológica e evolução(realmente não entendi o sentido dessa frase. É o "título"?) - Tradicionalmente, os sistemas de classificação biológica se baseavam em estabelecer relações entre os organismos a partir de semelhanças morfológicas, geralmente fáceis de serem identificadas; e mais que isso, buscavam estabelecer uma "trajetória" evolutiva tendo como "final" a aparente complexidade morfológica, e como se organismos menos complexos tivessem sido "deixados para trás" (Ficou uma frase bem grande. Acredito que poderia ter cortado entre o argumento morfológico e o argumento "direcionista" para ficar mais fácil de ler). A representação do sistema de 5 reinos de Whittaker é um reflexo claro desta visão (até pela forma do gráfico, lido na vertical de baixo para cima), onde há uma hierarquia de organismos baseada na complexidade celular. Essa representação sugere que o aparecimento da complexidade foi gradual e direcionado, tendo o reino Monera anucleado como base, seguida do surgimento do núcleo em Protista, e então a multicelularidade dos "3 reinos superiores" (Fungos, Animais e Plantas) como o objetivo final da evolução; o que ocorreu para definir a diferenciação entre estes foi apenas a determinação do modo de nutrição de seus ancestrais (supostamente protistas): plantas realizam fotossíntese assim como as euglenas, animais ingerem o alimento como amebas e fungos absorvem nutrientes (Acho que ficou grande essa parte também. Poderia ter sido separado em sentenças mais concisas, separando os argumentos "direcionistas" de evolução e a classificação por mode de obtenção de carbono) (Analisando o texto todo, há apenas 3 pontos finais. Logo, três períodos segundo Sr. Prof.° Dr. Daniel J.G. Lahr)

Ensaio aula 2 - 04/03

O desafio das 8 rainhas é um exemplo de como implementar a busca heurística, pois demonstra como este método reduz o espaço de probabilidades. O desafio consiste em posicionar 8 rainhas no tabuleiro de xadrez de forma que não seja possível uma comer a outra em um único movimento. A resolução deste desafio pode tornar-se extremamente difícil sem estabelecer critérios que otimizem o esforço necessário: é possível analisar uma a uma, todas as 4 bilhões de formas de posicionar as peças, análogo ao tipo de busca exaustiva. A heurística compreende a implementação dos critérios que visam reduzir este espaço de probabilidades. Conhecendo a natureza do movimento das peças, pode-se criar critérios como apenas uma peça por coluna, o que reduz o número de possibilidades de inserções das peças. Ao final, com todos os critérios estabelecidos, o número de resoluções para o desafio cai para 92, um universo de probabilidades bastante menor e consequentemente mais trabalhável. Este exemplo serve para ilustrar que a utilização da busca heurística pode reduzir o espaço final de probabilidades, reduzindo o esforço necessário para se encontrar as soluções para o problema.

Comentários por Guilherme de O. Paschoalini (11/03)

O desafio das 8 rainhas é um exemplo de como implementar a busca heurística. pois demonstra como este método reduz o espaço de probabilidades. (Frase título muito extensa. Poderia justificar no período seguinte) O desafio consiste em posicionar 8 rainhas no tabuleiro de xadrez de forma que não seja possível uma comer a outra em um único movimento. A resolução deste desafio pode tornar-se extremamente difícil sem estabelecer critérios que otimizem o esforço necessário: é possível analisar uma a uma, todas as 4 bilhões (pathos, hein…) de formas de posicionar as peças, análogo ao tipo de busca exaustiva (Você usou um período aqui também, prefira as sentenças). A heurística compreende a implementação dos critérios que visam reduzir este espaço de probabilidades. Conhecendo a natureza do movimento das peças, pode-se criar (usa a voz ativa aqui) critérios como apenas uma peça por coluna, o que reduz o número de possibilidades de inserções das peças. Ao final, com todos os critérios estabelecidos, o número de resoluções para o desafio cai para 92, um universo de probabilidades bastante menor e consequentemente mais trabalhável. Este exemplo serve para ilustrar que a utilização da busca heurística pode reduzir o espaço final de probabilidades, reduzindo o esforço necessário para se encontrar as soluções para o problema. (Este exemplo ilustra a utilidade da busca heurística na redução de probabilidades. Ficou melhor assim?)
Eu entendi seu texto, mas há muitos períodos, uso de voz passiva e frases muito longas. Precisei ler mais de uma vez para compreender a ideia. Tenta enxugar!

Ensaio aula 3 - 11/03

A multicelularidade agregativa surgiu diversas vezes em linhagens distintas. Essa característica compreende a capacidade de organismos unicelulares se "unirem", formando seres multicelulares temporariamente. Nesta junção não há compartilhamento de citoplasma, e sim a formação de conexões célula-célula. Há exemplos dessa habilidade em grupos como excavados, amebozoarios e alveolados. O surgimento desta característica em grupos tão diferentes pode ser um exemplo de convergência evolutiva, resultado de uma pressão seletiva semelhante. Esta hipótese foi corroborada por experimentos que induziram o rápido surgimento da multicelularidade em táxons diferentes1. Como este comportamento geralmente é associado a situações de estresse ambiental, o estudo desta habilidade pode fornecer evidências para o surgimento da multicelularidade em outros táxons, como animais e plantas.

1http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bies.201200143/full

Comentários por Juliana de Lemos (18/03)

A multicelularidade agregativa surgiu diversas vezes em linhagens distintas. sugestão: linhagens do que? organismos Essa característica compreende a capacidade de organismos unicelulares se "unirem", formando seres multicelulares temporariamente. sugestão: colocar "ela" no lugar de "essa característica", para evitar parecer que você está se referindo à característica da multicelularidade aparecer muitas vezes Nesta junção não há compartilhamento de citoplasma, não precisa dessa vírgula e sim a formação de conexões célula-célula. Há exemplos dessa habilidade em grupos como excavados, amebozoários e alveolados. O surgimento desta característica em grupos tão diferentes pode ser um exemplo de convergência evolutiva, resultado de uma pressão seletiva semelhante. Esta hipótese foi corroborada por experimentos que induziram o rápido surgimento sugestão: trocar "surgimento" por "desenvolvimento" para evitar repetição da multicelularidade em táxons diferentes. Como este comportamento geralmente é associado a situações de estresse ambiental, o estudo desta habilidade pode fornecer evidências para o surgimento da multicelularidade em outros táxons, como animais e plantas.Sugestão para quebrar este último trecho: "Este comportamento geralmente está associado a situações de estresse ambiental. Estudos desta habilidade podem fornecer evidências do surgimento de multicelularidade em outros táxons, como em animais e plantas"

> Comentários gerais: Frase título direta e não muito alongada. Gostei muito de você colocar a referência com o link, principalmente considerando que seu ensaio está numa plataforma virtual (o leitor interessado só precisa clicar para ler mais sobre). Dei algumas sugestões mais em relação à forma, mas não achei seu ensaio confuso com as ideias apresentadas em nenhum momento. Também gostei muito que você colocou uma descrição simples do que é "multicelularidade agregativa".

Ensaio aula 4 - 18/03

"Chromoalveolata" é um agrupamento de organismos problemático. Ele foi proposto com base no sequenciamento do genoma plastidial, em 19991. Chromoalveolata agruparia "chromistas" e "alveolados", dois grupos que possuem alguns representantes com plastídios possivelmente derivados de endossimbiose secundária. Todos os chromistas possuem este tipo de plastídio reforçando sua monofilia. Nos alveolados, apenas dinoflagelados e apicomplexos possuem-no, ou uma estrutura derivada. O outro grupo, ciliados, não possui plastídio, e é aí que o problema começa. Genes provenientes de transferência lateral de plastídios existem em ciliados, porém esta presença não corrobora o evento da endossimbiose. Logo, não há suporte para o supergrupo "Chromoalveolata" com base na presença do plastídio. O surgimento pode ter ocorrido de forma independente na linhagem dos chromistas, e na linhagem dos dinoflagelados e apicomplexos. Não existe o ancestral hipotético exclusivo que agrupe chromistas e alveolados, embora a monofilia destes grupos isoladamente esteja bem estabelecida.2

1http://www.annualreviews.org/doi/full/10.1146/annurev-micro-090110-102808
2http://dx.doi.org/10.1017/S0031182010001708

Ensaio aula 5 - Reescrita de trecho da prova - 08/04

Trecho original: "[…]A multicelularidade não é característica exclusiva de animais, fungos e plantas. Diversos grupos de protistas são capazes de se unirem momentaneamente, habilidade conhecida como multicelularidade agregativa.[…]"

Trecho reescrito: A multicelularidade não é característica exclusiva de animais, fungos e plantas. Existem espécies de protistas que são capazes de se unirem, formando seres multicelulares momentaneamente. Dentre esses grupos, há, por exemplo a espécie de Amebozoa Dictyostelium discoideum. Quando há falta de alimento, indivíduos dessa espécie são capazes de se agregar e formar um organismo multicelular, a fim de buscar alimento (Marée, A. F. & Hogeweg, P. 2001). Esta habilidade conhecida como multicelularidade agregativa, pode servir de exemplo para compreender que a multicelularidade por si só não é característica exclusiva dos "reinos superiores".

Referência a ser incluída no final do texto: Marée, A. F., & Hogeweg, P. (2001). How amoeboids self-organize into a fruiting body: multicellular coordination in Dictyostelium discoideum. Proceedings of the National Academy of Sciences, 98(7), 3879-3883.

Por que este trecho foi reescrito? A menção à multicelularidade agregativa foi um argumento utilizado para rebater a "direcionalidade" da evolução para seres multicelulares do sistema de 5 reinos. Da forma como está, a informação é muito jogada. Dizer "diversos grupos de protistas" sem exemplificar nenhum não convence o leitor. Achei necessário incluir ao menos um exemplo de organismo que possui essa habilidade e como ela acontece, e de fato, argumentar que essa habilidade rebate a direcionalidade, como fiz na última frase.

Comentários por Guilherme O. Paschoalini (15/04)

Gostei muito que você justificou porque reescreveu este trecho! Não vi nenhum problema na sua escrita, ordem direta, explicou conceitos e tudo o mais. Uma sugestão para reforçar sua argumentação contra a direção errada de evolução (unicelular —-> multicelular) seria argumentar que mesmo dentro desses "taxa superiores" existem formas unicelulares. Em Inver, é comentado sobre espécies unicelulares em Metazoa…
Parabéns pelo texto e long life to Heavy Metal!!

Ensaio aula 6 - 15/04

Para Lynn Sagan, o surgimento de organismos eucariontes esteve atrelado a eventos de endossimbiose. Em um artigo da década de 601, a autora propõe hipóteses para o surgimento da célula eucarionte. O corpo teórico da argumentação de Lynn baseia-se na ocorrência de eventos de endossimbiose entre células procarióticas e mudanças climáticas ocorridas há bilhões de anos. Para a autora, um evento de contaminação da atmosfera por oxigênio foi a pressão seletiva que possibilitou a fagocitose de uma bactéria aeróbia por uma bactéria heterotrófica. Sendo esse o primeiro passo para a evolução e estabelecimento da mitocôndria, a autora também argumenta que outros eventos de endossimbiose ocorreram depois. Por exemplo, outro evento teria dado origem ao flagelo e estruturas associadas ao centríolo. Estabelecendo este cenário evolutivo de sucessivos eventos de endossimbiose, Lynn discute também quais as condições que teriam levado ao surgimento da célula eucariótica. Desta forma, a autora também prevê consequências de suas hipóteses que futuramente descobriram-se corretas, como a existência de DNA mitocondrial, por exemplo.

1 http://web.gps.caltech.edu/classes/ge246/endosymbiotictheory_marguli.pdf

Comentários e Correção por Edgar Blois Crispino (29/04)

O texto é claro e direto, respondendo ao questionamento colocado na frase título. Os conceitos abordados no texto são todos explicados e apresentam referência no texto original de Lynn Sagan. A única mudança que poderia ser feita no texto, em relação a foma de escrita, seria o uso de frases mais curtas para dar mais fluidez.

Ensaio aula 7 (29/04)

A paleontologia fornece ferramentas que podem elucidar a diversificação da vida. Análises filogenéticas moleculares estabelecem relações bastante precisas entre os organismos. Somente com este novo paradigma de sistemática molecular foram resolvidas algumas relações antes desconhecidas. Por exemplo, a relação de grupo-irmão de eucariontes e arqueas. Porém, a informação utilizada pela sistemática molecular é por vezes limitada pela resolução temporal. O surgimento dos super-grupos possivelmente data de bilhões de anos. Muita informação genética pode ter sido perdida devido às substituições de bases ao longo do tempo geológico. Essa perda de informação pode gerar ruídos ou vieses nas análises. O registro fóssil fornece uma complementação a análise molecular. A presença do fóssil de um organismo com dadas características sugere que o ancestral deste organismo já estava presente anteriormente. Logo, é possível determinar a data do surgimento de grupos de organismos com o registro fóssil. Existem casos em que a natureza dos dados moleculares utilizados para a construção da filogenia não permite datar o surgimento de grandes grupos. Para estes casos, a idade do fóssil pode servir para determinar a idade de origem do grupo. Este processo de incluir a idade do fóssil aos nós da filogenia é conhecido como calibração da filogenia. A calibração permite ancorar a filogenia no tempo, quando anteriormente não se sabia as idades de surgimentos dos grupos.

Comentado por Gabriel Freitas [again] (06/05)

A paleontologia fornece ferramentas que podem elucidar a diversificação da vida. Análises filogenéticas moleculares estabelecem relações bastante precisas entre os organismos. Somente com este novo paradigma de sistemática molecular foram resolvidas algumas relações antes desconhecidas. Por exemplo, a relação de grupo-irmão de eucariontes e arqueas.(Sua frase está perfeitamente entendível e faz sentido no texto. Mas pra mim ela soa meio estranho. Parece que falta um pedaço. Talvez se fosse uma frase com verbo, tipo "e arqueas foi evidenciada apenas com esse paradigma" soasse menos estranho) Porém, a informação utilizada pela sistemática molecular é por vezes limitada pela resolução temporal// (Não sei se "resolução temporal" é um termo válido. Talvez apenas "pelo tempo" funcionasse melhor"). O surgimento dos super-grupos possivelmente data de bilhões de anos. Muita informação genética pode ter sido perdida devido às substituições(deleção e adição tbm)// de bases ao longo do tempo geológico. Essa perda de informação pode gerar ruídos ou vieses nas análises. O registro fóssil fornece uma complementação a análise molecular. A presença do fóssil de um organismo com dadas características sugere que o ancestral deste organismo já estava presente anteriormente. Logo, é possível determinar a data(mínima) do surgimento de grupos de organismos com o registro fóssil. Existem casos em que a natureza dos dados moleculares utilizados para a construção da filogenia não permite datar o surgimento de grandes grupos. Para estes casos, a idade do fóssil pode servir para determinar a idade de origem do grupo. Este processo de incluir a idade do fóssil aos nós da filogenia é conhecido como calibração da filogenia. A calibração permite ancorar a filogenia no tempo, quando anteriormente não se sabia as idades de surgimentos dos grupos.(essa última oração ficou estranha. Se tivesse colocado um ponto e começado uma frase nova ficaria mais fácil compreender (e.g. "Uma filogenia não calibrada não permite saber a idade de grupos")

Comentário geral: Ficou legal! Há pouco o que se comentar, na minha opinião.

Ensaio aula 8 (06/05)

Hipóteses recentes sobre a origem de eucarya propõem dois domínios da vida. Com o advento de técnicas moleculares na sistemática, novos grupos foram descobertos e novas relações estabelecidas. Carl Woese propôs que os organismos podem ser classificados em 3 domínios: Archaea, Bacteria e Eucarya.1 Essa proposta de Woese revolucionou os estudos sobre a origem dos eucariontes, agrupando-os próximos das Archaeas. Porém, estudos recentes apontam que a relação entre esses dois grupos é mais próxima do que se imaginava. Como discutido por Williams et al. 20132, filogenias mais recentes, com técnicas mais modernas e maior quantidade de dados, incluem Eucarya dentro de Archaea. Logo, segundo essa hipótese existem apenas dois domínios, Archaea e Bacteria. Desde a época de Woese existe o debate de qual seria o ancestral dos eucariontes. A célula que realizou os eventos de endossimbiose seria pertencente a uma linhagem de Archaea, ou seria o ancestral em comum entre Archaea e Eucarya? Finalmente foi colocado um fim nesse debate: as hipóteses de dois domínios corroboram a primeira suposição.2 Portanto, Archaea seria um grupo parafilético, e Eucarya uma linhagem derivada de Archaea.

1 http://www.pnas.org/content/87/12/4576.full.pdf
2 http://www.nature.com/nature/journal/v504/n7479/pdf/nature12779.pdf

Comentado por Nathália Caldeira

Hipóteses recentes sobre a origem de Eukarya propõem dois domínios da vida. Com o advento de técnicas moleculares na sistemática, novos grupos foram descobertos e novas relações foram estabelecidas. Carl Woese propôs que os organismos podem ser classificados em 3 domínios: Archaea, Bacteria e Eukarya.1 Essa proposta de Woese revolucionou os estudos sobre a origem dos eucariontes, agrupando-os próximos das Archaea, e estudos recentes apontam que a relação entre esses dois grupos é mais próxima do que se imaginava. Como discutido por Williams et al. 20132,Filogenias mais recentes, com técnicas mais modernas e maior quantidade de dados, incluem Eukarya dentro de Archaea². Logo, segundo essa hipótese existem apenas dois domínios, Archaea e Bacteria. Desde a época de Woese, existe o debate de qual seria o ancestral dos eucariontes. A célula que realizou os eventos de endossimbiose seria pertencente a uma linhagem de Archaea, ou seria o ancestral em comum entre Archaea e Eukarya? Finalmente quando? foi colocado um fim nesse debate: as hipóteses de dois domínios corroboram a primeira suposição.2 Portanto, Archaea seria um grupo parafilético, e Eukarya, uma linhagem derivada de Archaea.

Comentário: o texto é bom, mas você precisa tomar cuidado para não deixar as frases vazias, como aconteceu naquela em que você disse "finalmente" mas não explicou quando. Isso faz o leitor se sentir inseguro em relação à informação que está sendo passada. Também tome cuidado para não tratar as referências como pessoas. Tirando isso, eu acho que o texto está muito bom e que você evoluiu bastante em relação ao seu primeiro ensaio.

Elaboração do ensaio final (13/05 - 24/06)

Nesta seção, o objetivo é elaborar o ensaio final. A cada aula, um tópico da estruturação do ensaio é definida.

Aula 9 (13/05) - Tema

Tema geral: Fósseis eucariontes em grandes formações geológicas (e uso em construções humanas[?])

Ideias a partir do tema (o que dá para abordar):
- Tratar dos tipos de formações geológicas derivadas de fósseis de eucariontes unicelulares, e quais esses organismos. ex: rochas carbonáticas de testas de foraminíferos e haptophytas; rochas de sílica das carapaças de diatomáceas e radiolários.
- Discutir que a formação dessas rochas só é possível em ambiente marinho, devido à alta quantidade dos organismos. A produtividade dos oceanos é maior, possibilitando esse grande número.
- Tratar da formação das carapaças: é uma forma de fixar o carbono, o que também lida com a produtividade dos oceanos.
- Discutir a tendência de formação das carapaças: ocorre em organismos próximos? ocorre em organismos distantes, por convergências? São organismos fotossintetizantes ou possuem simbiontes?
- Exemplos de construções humanas que utilizam esses tipos de rochas (talvez elongue demais o texto, é uma ideia mais descritiva).

Comentário por Juliana Lemos (20/05)

Curti muito o tema que você escolheu! As ideias que você colocou relacionadas ao tema me parecem adequadas para se discutir acerca dele. Não vejo como "muito ambicioso" por hora: acho que cabe num ensaio de 1200 palavras tudo o que você propôs acima. Mas, ainda assim, é interessante fazer os outlines de cada parágrafo e revisitar esse ponto (será que estou querendo abraçar muito conteúdo? - essa é uma pergunta que eu mesma me ando fazendo MUITAS vezes e tento melhorar os meus textos). Acho interessantíssimo você tocar no ponto "tendência" na ideia do seu ensaio, isso foi algo que eu também quero fazer no meu. A ideia descritiva sobre exemplos de construções humanas que utilizem estas conchas é bem legal! Acho que ao menos citar algumas (sem enfocar em todos os processos físico-químicos específicos de formação de cada uma delas) pode ser legal para aproximar o leitor do seu texto. Enfim, achei o seu tema interessante e direto. Acredito que o planejamento das próximas semanas pode resultar num texto muito legal mesmo!

Estrutura do texto (03/06)

Introdução:
1) Divisão em dois tipos de formações: calcárias e silicáticas. Quais os organismos de cada tipo. Exemplos das formações geológicas, e uso humano (construções e diversos).
2) Discutir que a formação das rochas só é possível no ambiente marinho. Quantidade de organismos e facilidade de deposição. Esses tópicos são gerais e podem ser abordados indiscriminadamente para todos os grupos.

Desenvolvimento:
1) Referenciando o parágrafo anterior, compreender o porque desses organismos formarem esses minerais. Iniciar a análise dos processos de formação dos minerais separadamente pelos grupos, enfocando seus aspectos bioquímicos, eg, se são produtos da fotossíntese e se conferem alguma vantagem a esse processo (coccolithophora, por exemplo).
2) Continuar com a análise dos processos de formação dos minerais, pois acredito que demande mais que um único parágrafo.
3) A partir dos processos de formação dos minerais em cada grupo, discutir brevemente se pode-se configurar como uma tendência, uma evolução por convergência, dado que estes grupos não são aparentados.

Conclusão:
1) Retomar a discussão de convergência. Focar na importância da formação dos minerais para o metabolismo dos organismos. Comentários finais acerca da magnitude dos depósitos desses minerais, e seus usos humanos.

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