Stephanie Santos

Classificação da biodiversidade.

O que na escola está bem estabelecido na academia está em mutação constante.
Os sistemas de classificação passaram por diversas modificações, em decorrência dos caracteres utilizados como "padrão" para classificação, inicialmente esta baseava-se em caracteres mais abrangentes, mas atualmente utiliza-se a análise do sequenciamento de moléculas. Este avanço no campo da pesquisa não é verificado no ensino, uma vez que ainda é difundida a classificação a partir dos 5 reinos (se baseiam em níveis de organização). O conhecimento adquirido na escola parou no tempo e não acompanha o que é discutido no meio acadêmico, nem mesmo como meio para divulgação científica; e o que para professores e alunos está estabelecido está em discussão e modificação constante.

Classificação da biodiversidade. - Corrigido por Marina Marins

O que na escola está bem estabelecido, na academia está em mutação constante.
Os sistemas de classificação passaram por diversas modificações em decorrência dos caracteres utilizados como "padrão" para classificação: inicialmente, essa se baseava em caracteres mais abrangentes, como a morfologia ou a fisiologia aqui poderia ser inserido um exemplo de caracter mais abrangente, pra tornar um texto mais paupável, mas atualmente, utiliza-se a análise do sequenciamento de moléculas. Este avanço no campo da pesquisa não é verificado no ensino, uma vez que ainda é difundida a classificação a partir dos 5 reinos (se baseiam em níveis de organização). O conhecimento adquirido na escola parou no tempo e não acompanha o que é discutido no meio acadêmico, nem mesmo como meio para divulgação científica; e o que para professores e alunos está estabelecido, está em discussão e modificação constante na academia.
Acho que poderia ser comentado o que esse avanço no campo de pesquisa acarretou. Por exemplo, dizer que o sequenciamento genético permitiu as evidências que refutam os cinco reinos, acho que se houvessem mais exemplos de como essa mudança de padrão alterou o conhecimento científico, ficaria mais claro o porquê a escola pode ser considerada atrasada.

+Ensaio 2+
++Reconstrução histórica- driblar a incerteza para contar uma história++
O principal objetivo da reconstrução histórica é reconstruir as relações de parentesco, mas a determinação destas relações está muito longe de ser algo simples. Para que a reconstrução seja representativa ela deve possuir uma vasta quantidade de variáveis, o que vai dificultar o trabalho, pois as possibilidades aumentam em larga escala. Estes fatores levantam questionamentos: como levantar todas as possibilidades? como decidir qual é a melhor? As perguntas são inúmeras, mas os avanços tecnológicos são importantes aliados para desvendar esta história, pois permitem aumentar o "n" de variáveis e de possibilidades. Mesmo assim, estabelecer as relações de parentesco é lidar constantemente com princípio da incerteza, então procura-se e desenvolve-se métodos, princípios e ferramentas que permitam reduzir as possibilidades de errar, como por exemplo usar a heurística -para determinar as árvores possíveis- e a parcimônia, e assim contar a história evolutiva mesmo com os diversos obstáculos.

Ensaio 2+ Corrigido por Clarice Thomaz
++Reconstrução histórica- driblar a incerteza para contar uma história++
O principal objetivo da reconstrução histórica é reconstruir as relações de parentesco, mas a determinação destas relações está muito longe de ser algo simples. Para que a reconstrução seja representativa ela deve possuir uma vasta quantidade de variáveis, o que vai dificultar o trabalho, pois as possibilidades aumentam em larga escala. Estes fatores levantam questionamentos: como levantar todas as possibilidades? como decidir qual é a melhor? As perguntas são inúmeras, mas os avanços tecnológicos são importantes aliados para desvendar esta história, pois permitem aumentar o "n" de variáveis e de possibilidades. Mesmo assim, estabelecer as relações de parentesco é lidar constantemente com princípio da incerteza, então procura-se e desenvolve-se métodos, princípios e ferramentas que permitam reduzir as possibilidades de errar, como por exemplo usar a heurística -para determinar as árvores possíveis- e a parcimônia, e assim contar a história evolutiva mesmo com os diversos obstáculos.

Comentários
Observação: as palavras ou frases em vermelho na correção são comentadas na ordem ;)

-Entendi que não fosse adequado formular um título literalmente. Ele deveria aparecer como sua primeira sentença do texto. Porém, concordo que dependendo do objetivo do seu texto, ele é necessário. Como você me explicou que ele foi feito para divulgação científica para o público leigo, acho legal ter um título que chame a atenção do seu público (acho que ele está adequado, portanto).
-Você poderia trocar essa palavra por outra para não repetir "reconstrução" de novo
-Seria legal você explicar de quem é as relações de parentesco logo no começo: relação de parentesco dos organismos ou de um táxon específico?
-Não entendi o que você quis dizer nessa parte
-Talvez seu público leigo não entenda o princípio da incerteza, acredito que isso seja distante da realidade deles, seria legal explicar
-É ótimo poder utilizar esses termos no seu texto e tentar aproximar esses conceitos do seu público, mas eles não são explicados, o que pode confundir seu leitor
-Conclusão: Gostei do seu texto e acho que ele aproxima o seu leitor da realidade científica e biológica. Porém, a falta de explicação de alguns conceitos distancia (novamente) seu leitor. Fora isso, ele cumpre seu objetivo.

Ensaio 3 - eu estava ausente

+Ensaio 4 (18/03/16)+
++Opistokhonts- quando evidências moleculares vão de encontro com nosso zoocêntrismo++
O supergrupo opistokhonts compreende os fungos, os coanoflagelados e os animais. Ao inclusão dos fungos neste grupo, assume a existência de uma relação de parentesco entre animais e fungos. E isto parece absurdo. Para muitos já é um grande choque considerar relações de parentesco entre o homem e outros primatas. Imagina, ter um ancestral em comum com um champignon. Análises moleculares demonstram que diversos genes sustentam a monofilia deste grupo - ou seja, o grupo apresenta um único ancestral em comum. E por mais que se tente desviar o olhar desta questão. Estudando outros grupos como excavata e os cromoalveodados, ultilizando genes nucleares, se obtém dados que consolidam opstokhonts como um grupo monofilético.

+Ensaio 5 (08/04/16)+
Conclusão original
A reconstrução filogenética tem por objetivo contar uma história a partir de informações incompletas. Ou seja, contar a história da origem e da diversidade biológica, especialmente a dos eucariotos. Mas a determinação das relações de parentesco evolutivo está longe de ser algo simples. Para que a reconstrução seja a representativa ela deve possuir uma quantidade de variáveis. E esta quantidade de dados dificulta o trabalho dos sistemátas. Pois as possibilidades aumentam em larga escala. Os avanços tecnológicos e as abordagens para a inferência filogenética são importantes aliados para desvendar esta história. Pois otimiza a análise de todas as possibilidades. E reduz as possibilidades. E reduz as possibilidades de erro. Aumentando, assim, a representatividade das filogenias . Desse modo, conclui-se que não há abordagens ou filogenias "corretas". E o acúmulo de dados moleculares não resolve, por si só, todo este quebra-cabeça - a árvore filogenética.

Conclusão reescrita
A reconstrução filogenética tem por objetivo contar uma história a partir de informações incompletas. Ou seja, contar a história da origem e da diversidade biológica, especialmente a dos eucariotos. Mas a determinação das relações de parentesco evolutivo está longe de ser algo simples. Para que a reconstrução seja a representativa ela deve possuir uma quantidade de variáveis, sendo elas sequências de genes ou aminoácidos distintos. E esta quantidade de dados dificulta o trabalho dos sistemátas, pois as possibilidades aumentam em larga escala. E ao ser aumentada a quantidade de dados a dificuldade s sua análise aumenta exponencialmente, mas os avanços tecnológicos e as abordagens para a inferência filogenética são importantes aliados, pois otimiza a análise de todas as possibilidades e reduz as possibilidades de erro. Aumentando, assim, a representatividade das filogenias . Desse modo, conclui-se que não há abordagens ou filogenias "corretas". Desse modo o acúmulo de dados moleculares não resolve, por si só, todo este quebra-cabeça - a árvore filogenética.

+Ensaio 6 (15/04/16)+
A teoria de endossimbiose propõe que algumas organelas da célula eucarionte surgiram a partir da associação simbiótica entre organismos. Quando pensamos em endossimbiose em células eucariontes, intuitivamente lembramos de mitocôndria e cloroplastos. Porém, a proposta de Lynn Margulis apresenta três organelas que originalmente eram células procariontes de vida livre que . As três organelas são: cloroplastos, mitocôndrias e flagelos / corpúsculo basal. A origem dos cílios, centríolos e flagelos/ corpúsculos basais tem como hipótese a endossimbiose de um espiroqueta. Estas organelas possuem em comum com o espiroqueta a estrutura composta por microtúbulos na disposição 9 +2. Margulis assumiu que haveria DNA da célula que deu origem à organela no interior de sua estrutura. De fato, o DNA de origem procariótica foram encontrados em mitocôndrias e cloroplastos, mas o mesmo não aconteceu com os flagelos. A ausência de DNA no interior dos flagelos e outras organelas com a estrutura 9 + 2 pode ser explicada por uma possível perda, e que que da célula original o microtúbulo foi preferencialmente conservado devido as necessidades da célula hospedeira. Desse modo essa é uma história que não se pode comprovar ainda.

corrigido por Marina Marins
A teoria de endossimbiose propõe que algumas organelas da célula eucarionte surgiram a partir da associação simbiótica entre organismos. Quando pensamos em endossimbiose em células eucariontes, intuitivamente lembramos de mitocôndria e cloroplastos. Porém, a proposta de Lynn Margulis apresenta três organelas que originalmente eram células procariontes de vida livre que . Não há conclusão da ideia, período muito longo. As três organelas são: cloroplastos, mitocôndrias e flagelos / corpúsculo basal. A origem dos cílios, centríolos e flagelos/ corpúsculos basais tem como hipótese a endossimbiose de um espiroqueta. Essas organelas possuem em comum com o espiroqueta a estrutura composta por microtúbulos na disposição 9 +2. Margulis assumiu que haveria DNA da célula que deu origem à organela no interior de sua estrutura. De fato, o DNA de origem procariótica foram encontrados em mitocôndrias e cloroplastos, mas o mesmo não aconteceu com os flagelos. A ausência de DNA no interior dos flagelos e outras organelas com a estrutura 9 + 2 pode ser explicada por uma possível perda, e que que da célula original o microtúbulo foi preferencialmente conservado devido as necessidades da célula hospedeira. Desse modo essa é uma história que não se pode comprovar ainda.
Acho que o texto poderia ser um pouco mais coeso. No fim, os períodos ficaram soltos e não pude compreender bem a argumentação para essa conclusão.

+Ensaio 7 (29/04/2016)+
A reconstrução histórica não se baseia apenas nas grupos atuais. A reconstrução das relações de parentesco requer a inclusão de organismos fósseis. Assim como nos organismos vivos, os critérios para a classificação de organismos fósseis podem ser tanto morfológicos como moleculares. Na análise molecular são obtidos fragmentos do fóssil. Nas análises dos fragmentos fósseis são identificadas moléculas. A identificação de moléculas juntamente com a estimação da idade da rocha pode determinar a datar o surgimento de um determinado grupo. Atualmente, os resultados de análises moleculares de fósseis permitem calibrar filogenias e fazer árvores datadas.

corrigido por Davi Jardim
A reconstrução histórica não se baseia apenas nos grupos atuais. A reconstrução das relações de parentesco requer a inclusão de organismos fósseis. Assim como nos organismos vivos, os critérios para a classificação de organismos fósseis podem ser tanto morfológicos como moleculares. Na análise molecular são obtidos fragmentos do fóssil (voz passiva). Nas análises dos fragmentos fósseis são identificadas moléculas (aqui seria melhor: "Nesses fragmentos, são identificadas moléculas). A identificação de moléculas, juntamente com a estimação da idade da rocha, pode determinar a datar ?!?!?! o surgimento de um determinado grupo. Atualmente, os resultados de análises moleculares de fósseis permitem calibrar filogenias e fazer árvores datadas. (dois verbos, daria pra separar. Uma frase seria: "Atualmente…..filogenias" e a outra: "Quando calibradas, essas filogenias são mais robustas, pela presença tanto de grupos atuais, como de grupos extintos.")

+Ensaio 8 (06/05/2016)
A reconstrução histórica não se baseia apenas nos grupos atuais. A reconstrução das relações de parentesco requer a inclusão de organismos fósseis. Os critérios para a classificação de organismos fósseis, assim como nos organismos vivos, podem ser tanto morfológicos como moleculares. Na análise molecular são obtidos fragmentos do fóssil. Nestes fragmentos são identificadas moléculas. A identificação de moléculas juntamente com a estimação da idade da rocha permite datar o surgimento de um determinado grupo. Atualmente, os resultados dessas análises são utilizadas para a construção de árvores datadas. Permitindo a calibragem de filogenias. Desse modo, tanto os grupos atuais quanto os já extintos são essenciais para interpretação da história evolutiva.

PS: reescrevi o meu último ensaio, na intenção de melhorar a minha forma e escrever.

corrigido por Mariana Polesso
A reconstrução histórica não se baseia apenas nos grupos atuais. A reconstrução das relações de parentesco requer a inclusão de organismos fósseis. Os critérios para a classificação de organismos fósseis, assim como nos organismos vivos, podem ser tanto morfológicos como moleculares. Na análise molecular são obtidos fragmentos do fóssil. Nestes fragmentos são identificadas moléculas. A identificação de moléculas juntamente com a estimação da idade da rocha permite datar o surgimento de um determinado grupo. Atualmente, os resultados dessas análises são utilizadas para a construção de árvores datadas. __Permitindo a calibragem de filogenias.("permitindo a calibragem de filogenias" não é uma frase com sentido, acredito que faria parte da frase anterior.Desse modo, tanto os grupos atuais quanto os já extintos são essenciais para interpretação da história evolutiva. (Na frase de conclusão seria bom retomar a frase título, talvez mudar história evoltuiva por reconstrução histórica.)
-Considerações finais: O texto melhorou muito em comparação ao primeiro ensaio. Está conciso e de fácil compreensão.

+Ensaio 9 (tema para a prova)+
O papel da aneuploidia na evolução de eucariotos. Aneuploidia é a alteração na quantidade do conteúdo de DNA. De modo, que as células aneuplóides apresentam perda ou ganho de cromossomos ou de parte deles. A manutenção do número de cromossomos nas células-filhas é muito importante, tanto na mitose quanto na meiose. As linhagens eucarióticas variam quanto ao tipo de mitose. Ou seja, se há desintegração da carioteca e duplicação dos centrossomos. Porém, a presença centrossomos e a organização de microtúbulos no fuso mitótico/ meiotico é uma característica comum nas linhagem. Os centrossomos e os fusos exercem papel essencial na divisão celular. Pois, promovem a distribuição equitativa dos cromossomos entre as células-filhas. Logo, se mostra necessária a compreensão da aneuploidia dentro de uma abordagem evolutiva em grupos e eucariontes.

Ensaio 10 (temas abordados e referências)+

Tema: O papel da aneuploidia na evolução de eucariotos

- Importância da manutenção da quantidade de material genético nas células filhas
- como isto é assegurado
-Exemplos de erros

- Aneuploidia
- O que é?
- tipos
- mecanismo/ origem
- consequências em algumas linhagens de eucariotos (vantagens e desvantagens)

- Meiotic Drive
- o que é?
- mecanismo/ origem
- consequências

- O papel de mecanismos de modificação da quantidade de material genético na evolução/diversidade de eucariotos.

Referências:
Parfrey, L. W. Lahr, D. J. G. Katz L, A. The Dynamic Nature of Eukaryotic Genomes. Mol Biol Evol. 2008 April ; 25(4): 787–794. doi:10.1093/molbev/msn032.

Elde, N. C.Roach. K. C. Yao, M. Malik, H. S. Absence of Positive Selection on Centromeric Histones in Tetrahymena Suggests Unsuppressed Centromere-Drive
in Lineages Lacking Male Meiosis. J Mol Evol (2011) 72:510–520
DOI 10.1007/s00239-011-9449-0

Z!MMEIUNG, S. SANDLER, L. NICOLETTI, B. MECHANISMS OF MEIOTIC DRIVE. Annu. Rev. Genet. 1970.4:409-436

Storchova, Z. The Causes and Consequences of Aneuploidy in Eukaryotic Cells, Aneuploidy in Health and Disease (2012), Dr Zuzana Storchova (Ed.), ISBN: 978-953-51-0608-1

+Ensaio 11 (Ordem em que os assuntos serão tratados)+

Tema: O papel da aneuploidia na evolução de eucariotos.

1° parágrafo- Divisão celular e a importância da manutenção do número de cromossomos; o que é aneuploidia? Descoberta da aneuploidia.

2° parágrafo- mecanismos de geração de células aneuplóides; tipos de aneuploidia.

3°, 4° e 5° parágrafos- Consequências - como a aneuploidia pode atuar na em diversas linhagens de eucariotos

positivas- organismos patogênicos, variação genômica e câncer.
resistência à drogas, a condições desfavoráveis, adaptação ao ambiente hospedeiro (relação parasita-hospedeiro),regulação da expressão gênica sem envolver transcrição, devido ao número de cópias de determinado cromossomo.

negativas- defeitos de desenvolvimento e letalidade

6° Conclusão

PS. ao consultar a literatura de "genomic drive" e elementos egoístas, considerei que eles estão fora do que pretendia tratar, desse modo só abordarei aneuploidia. Para adequar o tema à proposta da disciplina, discutirei as consequências da aneuploidia em alguns grupos de eucariotos representados por: plantas, leishmania, células humanas, leveduras e fungos patogênicos, C. albicans.

+Ensaio 12 (organizar cada parágrafo em frase)+

Tema: O papel da aneuploidia na evolução de eucariotos.
1º Parágrafo:
Estabilidade genômica e a manutenção do número de cromossomos são essenciais para o desenvolvimento de eucariotos.
O que é aneuploidia?
Diferença entre aneuploidia e outros tipos de mudanças no cariótipo, por exemplo, poliploidia.
Síndromes humanas causadas por triassomias, sindrome de Down.

2° Parágrafo
Mecanismos de formação de células aneuplóides
Tipos de aneuploidia: de cromossomos inteiros e estrutural; mecanismos de formação.

3° Parágrafo
Consequências gerais das aneuploidias, negativas e positivas sobre o fitness do indivíduos.

4° Parágrafo
Consequências - casos de aneuploidia em eucariotos.
Resistência a antibióticos em C. Albicans e em Leishmania.
Variação fenotípica.

5° Parágrafo
Consequências - casos de aneuploidia em eucariotos.
Redução de crescimento em Datura.
Desvantagem proliferativa em S. Cerevisae.

6° Parágrafo
Conclusão - aneuploidia tem importante papel na evolução de alguns eucariotos, através da redução de fitness e aumento da resistência em condições de estresse.

Ensaio 12 (Gerar primeira versão) +

O papel da aneuploidia na evolução de eucariotos

A estabilidade genômica e a manutenção do número de cromossomos são essenciais para o desenvolvimento em eucariotos (Mannaert et al, 2012). Pois a transferência correta da informação para as células filhas é essencial para a perpetuação das espécies. A replicação do DNA, reparo ao dano no DNA e a segregação cromossômica são processos envolvidos na manutenção e propagação da informação genéticas. Erros em alguns destes processos podem resultar em morte celular, ou sobrevivência de células com mutações (inserção/deleção) ou alterações na estrutura e número de cromossomos (aneuploidia) (Storchova). Alterações no cariótipo de uma espécie que envolve mudanças no número de cromossomos são classificadas como aneuploidia e poliploidia (Torres et al, 2008). Aneuploidia é definida pelo desbalanço no número de cromossomos que se refere tanto a cromossomos inteiros quanto seguimentos (Storchova, Bennet et al, 2014), porém este número não é exatamente múltiplo do número haplóide, já a poliploidia é múltipla e maior que duas vezes o número haplóide (Torres et al, 2008). A poliploidia é frequentemente encontrada na natureza em plantas e animais incluindo alguns tipos celulares humanos. Em contraste, há poucos tipos de aneuploidia que são compatíveis com a sobrevivência e está associada a formação de tumor, doenças e síndromes, por exemplo, as trissomias autossômicas humanas nos cromossomos 13, 18 e 21, que resultam, respectivamente, nas síndromes de Edwards Pateu e Down (Storchova), os portadores dessas síndromes são viáveis, enquanto que as outras trissomias são letais durante o desenvolvimento embrionário. Os cromossomos 13, 18 e 21 são os menores, talvez por isso o desbalanço cromossômico apesar de promover o desenvolvimento anormal do sistema nervoso e retardar o crescimento, ainda é compatível com a sobrevivência (Torres et al, 2008).

Há dois tipos de aneuploidia, a de cromossomos inteiros e a estrutural. A perda ou ganho de cromossomos inteiros devido a má segregação dos cromossomos ocorre esporadicamente durante a divisão celular, na frequência de 1:1000 a 1:10000 pra células humanas e 1:100000 em levedura, mas esta taxa pode aumentar quando as células são submetidas a condição de estresse (Sterkers, 2012; Storchova) . Durante a divisão celular para que sejam formadas células filhas idênticas, os microtúbulos são organizados a partir do fuso mitótico, ligando-se à uma estrutura proteica chamada de cinetocoro, que se forma na região centromérica de cada cromossomo que então é puxado para pólos opostos para geração de duas células filhas. A má segregação pode ser consequência de defeitos na integridade estrutural do microtúbulo do aparato do fuso, na organização do microtúbulo nos pólos, na integridade dos cinetocoros, na ligação do microtúbulo ao cinetocoro, falhas nas vias de sinalização do checkpoint e no processo de citocinese. Estas falhas levam a aneuploidia de cromossomos inteiros. Já a aneuploidia estrutural é gerada a partir de cromossomos acompanhados de inserção e deleção. Em geral, há dois tipos de mudanças no número de cópias: na primeira, as CNV (variação no número de cópias) que normalmente afeta cromossomos individuais e alterações no número de cópias somáticas (SCNA) que reflete a viabilidade dentro de células somáticas de um único indivíduo (Storchova).
A aneuploidia estrutural é geralmente vista como consequência de quebras no DNA e as CNVs são comumente geradas através de crossing over meiótico desigual ou recombinação homóloga não alélica. Já os SCNA podem ser formados no ciclo quebra - fusão - ponte em que pode ocorrer a junção dos cromossomos quebrados, formando cromossomos dicêntricos, outro mecanismo é a fusão de extremidades teloméricas.

Mudanças de ploidia podem afetar propriedades celulares básicas, tais como crescimento, instabilidade genômica e potência transcricional. A aneuploidia é pouco tolerada, frequentemente causa letalidade, e reduz o fitness celular (Mannaert et al, 2012), e em alguns organismos ela fornece aptidão sob condição de estresse, porém nestes casos a aneuploidia é transiente, em que os cromossomos extras podem ser perdidos dentro de uma única divisão mitótica (Bennet et al, 2014). Desse modo, a aneuploidia apresenta consequências positivas e negativas em relação ao fitness e sobrevivência.

A aneuploidia promove variação fenotípica e pode ser considerada como uma meio não-mendeliano de criar varição genômica, quando a recombinação é mínima ou ausente. E pode regular a dosagem do gene, como em tripanossomatideos, levando a regulação da expressão gênica antes da transcrição. Leishmania é um gênero parasita intracelular transmitida para hospedeiros humanos. Várias linguagens de leishmania são naturalmente aneuplóides. Foi observado cromossomos extras em cepas de leishmania, que apresentaram resistência induzida e na ausência da pressão seletiva da droga os cromossomos voltavam a diploidia, o que indica que a aneuploidia não é estável e auxilia na resistência a drogas. O fungo patogêncio C. albicans apresenta um alto nível de plasticidade genômica, incluindo aneuploidia, que afeta normalmente os cromossomos 1, 2, 3 e 8, dependendo da cepa e leva ao fenótipo de resistência a fungicidas, ou influencia na virulência e na adaptação no hospedeiro humano.

A aneuploidia de cromossomos inteiros tem efeitos prejudiciais em quase todos os mecanismos analisados, que frequentemente manifestam crescimento lento e morte celular. Vários organismos apresentam diversas anormalidades no desenvolvimento e defeitos no crescimento de C. pombe, S.cerevisae Drosophila e C.elegans. As cepas de S.cerevisae aneuplóides tem desvantagem proliferativa e metabolismo alterado em relação às células normais. Em Datura aneuplóide (2n+1) cresce mais vagarosamente que plantas euplóides. Outro fator que contribui para o fitness defeituoso é associado a problemas na replicação do DNA e dificuldade na segregação dos cromossomos aneuplóides.

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