Stephanie Arcos

Ensaios

Ensaio 1 (19/02)

A classificação de organismos de Whittaker em cinco reinos é baseada em caracteres morfológicos que são insuficientes para agrupar todos os seres em apenas cinco grupos, sendo eles Monera, Protista, Fungi, Plantae e Animalia. Uma classificação mais adequada para esses organismos é aquela baseada em dados moleculares, onde são comparados genes ou proteínas essenciais e conservadas das linhagens evolutivas. Antigamente, a análise através de dados morfológicos para construção de filogenias era a mais comum, no entanto, com o surgimento de novas técnicas, principalmente aquelas do âmbito molecular, os parentescos filogenéticos ficaram cada vez menos visíveis a olho nu, levando a uma relutância em "acreditar" em novas formulações de reinos. Talvez seja por isto que a árvore de Whittaker ainda esteja enraizada na sociedade.

Corrigido por Nathália Galizio
A classificação de organismos de Whittaker em cinco reinos é baseada em caracteres morfológicos que são insuficientes para agrupar todos os seres em apenas cinco grupos (já falou que são divididos em cinco reinos, não tem necessidade de repetir), sendo eles Monera, Protista, Fungi, Plantae e Animalia (Período título, muito grande, faltou objetividade para expressar a ideia a ser discutida). Uma classificação mais adequada para esses organismos é aquela baseada em dados moleculares, onde são comparados genes ou proteínas essenciais e conservadas das linhagens evolutivas. Antigamente, a análise através de dados morfológicos para construção de filogenias era a mais comum, no entanto, com o surgimento de novas técnicas, principalmente aquelas do âmbito molecular, os parentescos filogenéticos ficaram cada vez menos visíveis a olho nu, levando a uma relutância em "acreditar" em novas formulações de reinos. (Esse período ficou muito grande, o que gera confusão na leitura). Talvez seja por isto que a árvore de Whittaker ainda esteja enraizada na sociedade.

Sugestão:
A classificação de organismos de Whittaker em cinco reinos é baseada em caracteres morfológicos insuficientes para agrupar todos os seres nesses grupos. Uma classificação mais adequada para esses organismos é aquela baseada em dados moleculares, onde são comparados genes ou proteínas essenciais e conservadas das linhagens evolutivas. Antigamente, a análise através de dados morfológicos para construção de filogenias era a mais comum. Com o surgimento de novas técnicas, principalmente aquelas do âmbito molecular, os parentescos filogenéticos ficaram cada vez menos visíveis a olho nu. Isso leva a uma relutância em "acreditar" em novas formulações de reinos. Talvez seja por isto que a árvore de Whittaker ainda esteja enraizada na sociedade.

Ensaio 2 (04/03)

As possibilidades de árvores filogenéticas geradas a partir de um conjunto de dados podem ser buscadas exaustivamente ou heuristicamente. A busca exaustiva é feita assumindo todas as possibilidades possíveis de se construir uma árvore. Obviamente, a busca exaustiva é extremamente exaustiva e demorada. Portanto, a maneira mais razoável de gerar possibilidades de árvores filogenéticas é a busca heurística. Na busca heurística existem formas de reduzir o espaço de possibilidades criando regras para a metodologia aplicada. Desta forma, ao final da busca você consegue o menor número de possibilidades possíveis que seguem os critérios aplicados à busca. Isso facilita infinitamente a procura da "melhor" árvore filogenética.

Correção:
O texto está bom, bastante direto e com foco. Entretanto, ficou incômoda a repetição de palavras (pessoal). As frases estão curtas e objetivas, contendo verbos em boa quantidade.
-Corrigido por Amanda R. Chiaramonte

Ensaio 3 (11/03)

A classificação em supergrupos atual da diversidade eucariótica mais presente nos livros é a divisão em Opisthokonta, 'Amoebozoa', 'Chromalveolata', 'Archaeplastida', 'Rizaria' e 'Excavata'¹ (Tekle et al. 2009). Apesar de ser recorrente em livros, essa classificação não está inteiramente correta. Existem supergrupos que não possuem um ancestral comum, portanto não são monofiléticos. Exemplo disso são os 'Chromalveolata', que não possuem uma sinapomorfia que reúna todos seus grupos na mesma categoria. Outro supergrupo complicado são os 'Excavata'. Possuem como sinapomorfia a presença de 2 flagelos e sulco ventral. São complicados porque há formas parasitas, de vida livre associadas com bactérias (tanto externa como internamente) e organismos como os Heteroloboseans. Existe ainda uma enorme quantidade de dados moleculares a respeito dos escavados, provavelmente devido às altas taxas evolutivas a que estes organismos são submetidos. Isso dificulta muito a confirmação desse supergrupo, além dos demais não citados. Portanto, essas classificações não são leis supremas da evolução e estão sempre sujeitas a mudanças de acordo com os métodos utilizados na construções filogenéticas de relações.

¹Nomes escritos entre 'aspas' são aqueles com incertezas a respeito das hipóteses de relações eucarióticas.

++Crítica e Comentários por: Guilherme de O. Paschoalini

(Tenta usar a ordem direta no título que fica show) A classificação atual da diversidade eucariótica mais presente nos livros é a divisão em supergrupos: Amoebozoa… bla bla bla. Apesar de ser recorrente em livros, essa classificação não está inteiramente (cuidado com Pathos…) correta. Existem supergrupos que não possuem um ancestral comum, portanto não são monofiléticos (Gostei que você explicou monofiletismo!). Exemplo disso são os 'Chromalveolata', que não possuem uma sinapomorfia que reúna todos seus grupos na mesma categoria(Táxon). Outro supergrupo complicado No caso dos Excavata a presença de 2 flagelos e sulco ventral são sinapomorfias do grupo…, complicado é pathos(gênico) haha são os 'Excavata'. Possuem como sinapomorfia a presença de 2 flagelos e sulco ventral. São complicados porque há formas parasitas, de vida livre associadas com bactérias (tanto externa como internamente) e organismos como os Heteroloboseans Você tem certeza que esse parágrafo é uma justificativa para os Excavata consistirem um grupo não corroborado?. Existe ainda uma enorme [adjetivo de efeito] quantidade de dados moleculares a respeito dos escavados, provavelmente devido às altas taxas evolutivas a que estes organismos são submetidos. Isso dificulta muito a confirmação (Corroborar a existência dos Excavata como táxon) desse supergrupo, além dos demais não citadosSe eles não são citados, não importam para o seu ensaio, não precisa citar que eles não foram citados kk. Portanto, Essas classificações não são leis supremas da evolução e estão sempre sujeitas à mudanças de acordo com os métodos utilizados na novas reconstruções filogenéticas de relações.

Ensaio 4 (18/03)

Os dinoflagelados possuem núcleo com características exclusivas dentro dos eucariotos. Os cromossomos são permanentemente condensados. Os fusos são externos ao núcleo e não têm associação com microtúbulos. São organismos haploides, unicelulares e com muito DNA em comparação com outros unicelulares. É o único grupo eucarionte com ausência de histonas e nucleossomas. Por causa desta ausência, foram propostas hipóteses sobre qual seria a posição filogenética deste táxon. Loss, et al (2012), sugeriu que eles poderiam estar num estado intermediário entre procariontes e eucariontes (‘mesokaryon’). Hipóteses mais antigas sugerem que os dinoflagelados seriam grupo-irmão de eucariontes (Proceedings of the 5th meeting of the International Society for Evolucionary Protistology, 1983). Atualmente os dinoflagelados pertencem ao grupo dos Alveolados, portanto são eucariontes (Baldauf, 2008).

Ensaio 5 (08/04) - Sobre a P1

Parágrafo 2 do Desenvolvimento:

Outra problemática na divulgação é o pensamento egocêntrico enraizado em muitos indivíduos que acreditam que o ser humano está acima de todas as espécies (Watson, R. A. 1983). Mostrar como os Homo sapiens são insignificantes perto da enorme diversidade eucariótica geraria discussões. Um exemplo disso foi a descoberta de que os animais são grupo-irmão dos fungos (Wainright, P.O. et al. 1993). Essa ideia inicialmente causou espanto e indignação em muitas pessoas, inclusive do ramo científico. A transmissão dos conhecimentos de relações de parentesco eucariontes poderia ser passada para crianças, de maneira mais simples, porém não incorreta como os cinco reinos. Essa divulgação levaria a uma familiaridade inicial a respeito do assunto. Visto que os seres humanos possuem histórico antropocêntrico (Watson, R. A. 1983), eventualmente uma nova abordagem de ensino poderia se aproximar mais do biocentrismo, que é o pensamento de que todas as formas de vida são igualmente importantes. Talvez o ensino a crianças diminuísse as chances de pensamentos egocêntricos e aumentasse o interesse pela diversidade eucariótica já na infância.

Correção e comentário:
Outra problemática na divulgação é o pensamento egocêntrico enraizado em muitos indivíduos que acreditam que o ser humano está acima de todas as espécies (Watson, R. A. 1983). Mostrar como os Homo sapiens são insignificantes perto da enorme diversidade eucariótica geraria discussões. Um exemplo disso foi a descoberta de que os Animais são grupo-irmão dos Fungos (Wainright, P.O. et al. 1993). Essa ideia inicialmente causou espanto e indignação em muitas pessoas, inclusive do ramo científico. A transmissão dos conhecimentos de relações de parentesco eucariontes poderia ser passada para crianças desde cedo, de maneira mais simples, porém não incorreta defasada como os cinco reinos. Essa divulgação Esse primeiro contato levaria a uma familiaridade maiorinicial a respeito do assunto. Visto que os seres humanos possuem histórico antropocêntrico (Watson, R. A. 1983), eventualmente uma nova abordagem de ensino poderia se aproximar aproximar-nos mais do biocentrismo, que é o pensamento de que todas as formas de vida são igualmente importantes. Talvez o ensino a crianças precoce diminuísse as chances de pensamentos egocêntricos e aumentasse o interesse pela diversidade eucariótica já na infância.

Gostei muito do fato do texto ter se baseado em artigos na construção de argumentação e que houve levantamento de pontos de discussão que seriam interessantes de serem desenvolvidos.
- Correção por Amanda R. Chiaramonte

Ensaio 6 (15/04)

A proposta original da origem de Eukarya e divisão celular foi apresentada por Lynn Sagan, em 1966. Ela apresenta uma argumentação essencialmente teórica a respeito da origem das mitocôndrias, plastídeos e flagelos, além de apresentar um cenário evolutivo. Afirma-se que todas as endossimbioses ocorreram antes de surgir o processo mitótico igualitário. O organismo que endocitou um simbionte seria uma bactéria heterotrófica anaeróbia, semelhante a uma arqueia. Nesse contexto, apesar dessa bactéria possuir o simbionte ela ainda não teria desenvolvido a maquinaria necessária para transferência vertical dessa "nova característica". O surgimento da mitose igualitária só se desenvolveria quando a bactéria com o simbionte endocitasse uma espiroqueta. Essa espiroqueta traria maquinarias de citoesqueleto e flagelo (9+2). Entretanto, essa hipótese não pode ser testada, já que precisaria ser detectado conteúdo genético no citoesqueleto e flagelo. Lynn fez algumas predições nessa linha de pensamento: o DNA mitocondrial e de cloroplasto seria encontrado, assim como o DNA do centríolo e grupos-irmãos dos simbiontes. A única predição que não é possível ser testada é a da origem do centríolo e flagelo, devido à perda de vestígios desse organismo que trouxe a maquinaria da mitose e flagelo.

Corrigido por G. Freitas:
A proposta original da origem de Eukarya e divisão celular foi apresentada por Lynn Sagan, em 1966. Ela apresenta uma argumentação essencialmente teórica a respeito da origem das mitocôndrias, plastídeos e flagelos, além de apresentar um cenário evolutivo. Afirma-se que todas as endossimbioses ocorreram antes de surgir o processo mitótico igualitário. O organismo que endocitou um simbionte seria uma bactéria heterotrófica anaeróbia, semelhante a uma arqueia. Nesse contexto, apesar dessa bactéria possuir o simbionte ela ainda não teria desenvolvido a maquinaria necessária para transferência vertical dessa "nova característica". O surgimento da mitose igualitária só se desenvolveria quando a bactéria com o simbionte endocitasse uma espiroqueta. Essa espiroqueta traria maquinarias de citoesqueleto e flagelo (9+2). Entretanto, essa hipótese não pode ser testada, já que precisaria ser detectado conteúdo genético no citoesqueleto e flagelo. (Acho que essa frase poderia ser melhor utilizado no final, junto com o restante da discussão) Lynn fez algumas predições nessa linha de pensamento: o DNA mitocondrial e de cloroplasto seria encontrado, assim como o DNA do centríolo e grupos-irmãos dos simbiontes. A única predição que não é possível ser testada é a da origem do centríolo e flagelo, devido à perda de vestígios desse organismo que trouxe a maquinaria da mitose e flagelo. (Aqui é algo bastante nitpicking :p Se você diz >devido<, está afirmando que centríolos e flagelos vieram de endossimbiose. Exatamente por ser uma hipótese não testável, está afirmação não é possível. Acredito que poderia ser algo na linha de "e flagelo, pois não há vestígios desses organismos que trariam a maquinaria da mitose e flagelo.)

Ensaio 7 (29/04)

Os registros fósseis representam uma pequena parcela dos organismos que já viveram ou vivem na Terra, pois são registros incompletos. Dentro desta pequena parcela existe uma parte ainda menor representada pelos microorganismos. Os organismos fossilizados são em maior parte os vertebrados, que possuem partes duras. Microrganismos protistas geralmente não possuem partes duras e aqueles que possuem formam fósseis de moldes. Além disso, quando um protista unicelular morre ele degrada muito mais rápido do que um organismo multicelular. Desta forma, indivíduos multicelulares têm maior chance do que protistas unicelulares de serem fossilizados por um evento aleatório. Outro fator que pode enviesar a quantidade pequena de fósseis de protistas é a falta de procura deste tipo de fóssil. Por exemplo, a fossilização de tecidos multicelulares está melhor representada no Folhelho Burgess, Canadá¹, enquanto que não se sabe um "bom lugar" para se procurar fósseis de microorganismos eucariontes. Portanto, a pequena quantidade de fósseis de protistas pode ser devido à não existência deles ou à falta de procura.

¹ http://www.webartigos.com/artigos/fosseis-formacao-classificacao-e-importancia-paleoecologica/9318/

—- Correção e Comentários por Edgar Blois Crispino

O texto está claro, com temática objetiva, boas idéias e apresentando referências para embasar os argumentos. O conceito abordado na frase título é respondido no ensaio, e não são deixadas pontas soltas. Precisa se prestar atenção apenas as frases utilizadas no texto. Algumas podem ser reescritas para dar uma maior fluidez ao texto, e a frase título poderia ser mais curta e simples.

Ensaio 8 (06/05)

O enraizamento da filogenia de eucariontes costumava ser um problema devido a algumas dificuldades. Uma delas era o tempo. O último ancestral comum entre Archaea e Eukarya ocorreu a pelo menos 2 bilhões de anos atrás. Isso gera uma divergência genética extrema e acaba apagando eventuais rastros de semelhança entre esses grupos. Com isso em mente, os estudiosos da área começaram a pensar em uma abordagem diferente para o problema: será que existe algo em comum entre esses dois grupos que não seja o ancestral comum? Desta forma, chegou-se à conclusão de que o ponto compartilhado seria a endossimbiose. E se procurassem por homologias entre genes de origem mitocondrial nos eucariontes? Os genes precisariam ser de origem bacteriana provenientes de mitocôndria, universais para eucariontes e de forte sinal filogenético com pouca paralogia. Ding He et al. (2014) propôs um novo enraizamento seguindo esse raciocínio. No entanto, havia o problema daqueles eucariontes que perderam as mitocôndrias no grupo dos ‘Excavata’ e que não foram contemplados na árvore filogenética deste estudo. Posteriormente, Derelle R. et al. (2015) criou um segundo conjunto de dados partindo da mesma ideia, só que com intuito de refiná-la. Eles colocaram mais uma restrição na busca por genes: só aqueles que mantiveram função mitocondrial e hidrogenossomal seriam analisados. Como resultado eles obtiveram enraizamento no grupo Discoba, assim como Ding He et al. Entretanto, na árvore mais recente houve maior representatividade dos grupos, incluindo aqueles que perderam a mitocôndria.

Correção:
O parágrafo está muito bom. Algumas frases, porém, ficaram um pouco grandes, com mais de um verbo. Exemplo:"No entanto, havia o problema daqueles eucariontes que perderam as mitocôndrias no grupo dos ‘Excavata’ e que não foram contemplados na árvore filogenética deste estudo." Há existência neste exemplo de 1 oração principal e 2 orações subordinadas ( as que comçam depois da palavra "que"). Sugiro que troque os verbos por adjetivos ou substantivos, assim a frase fica menor e com menos verbos. Exemplo: No entanto, havia o problema daqueles eucariontes com perda das mitocôndrias no grupo dos ‘Excavata’ não contemplados na árvore filogenética deste estudo. Troquei "perderam" por "perda". Retirei o verbo "foram". A minha dica é sempre se perguntar se aquele verbo a mais é realmente necessário e se ele pode ser trocado por palavras de outra classe, como adjetivos e substantivos.

Corrigido por Marília Munhoz

Ensaio 9 (13/05)

Meu tema terá relação com a origem da fotossíntese. Mais especificamente à origem endossimbiótica deste processo. Ainda não tenho uma direção super definida da abordagem, mas vou tentar comparar o evento de endossimbiose de cloroplasto com uma endossimbiose recente de cianófora em Paulinella, que ocorreu a 60 milhões de anos atrás. Parece um tema interessante por existir esse evento de endossimbiose que é comparável e recente. O ensaio sobre isso teria de 5 a 6 parágrafos, com 1 ou 2 parágrafos introdutórios, 2 a 3 parágrafos de desenvolvimento e um último de conclusão.

Comentário por Fernanda Thomaz
Achei bem legal o seu tema. Apesar de já ser um assunto bem explorado na área de Bio, ainda desperta a curiosidade de leitores. Gostei do recorte que você fez, escrevendo sobre uma parte específica (a origem do cloroplasto) dentro de um tema tão amplo (a endossimbiose). Achei bem interessante também sua ideia de comparar uma endossimbiose antiga com uma mais recente. Enfim,dependendo do seu público alvo dá pra explorar o tema de diferentes formas.

Ensaio 10 (20/05)

Na introdução do meu ensaio será abordada a questão da endossimbiose primária (e talvez secundária) do cloroplasto. Ao fim da introdução e começo do desenvolvimento começarei a tratar sobre o caso de outra aquisição primária de uma organela fotossintética em Paulinella chromatophora. Além disso, vou estabelecer uma comparação entre esses dois eventos no decorrer do desenvolvimento. Apresentarei algumas referências a respeito da endossimbiose em P. chromatophora. As referências que pretendo utilizar como base são as seguintes: "Primary and secondary endosymbiosis and the origin of plastids" (Geoffrey Ian McFadden, 2002), "Another acquisition of a primary photosynthetic organelle is underway in Paulinella chromatophora" (Takuro Nakayama and Ken-ichiro Ishida, 2009) e "A single origin of the photosynthetic organelle in different Paulinella lineages" (Hwan Su Yoon et al. 2009). Na conclusão ainda não sei o que será dito, pois dependerá muito de como o ensaio irá decorrer. Também é provável que eu use mais referências.

Ensaio 11 (03/06)

Meu ensaio provavelmente terá cinco parágrafos: dois de introdução, dois de desenvolvimento e um de conclusão. Se necessário irei adicionar mais um parágrafo ao desenvolvimento. Nos dois primeiros parágrafos pretendo abordar principalmente a questão da endossimbiose primária do cloroplasto. Sinceramente não tenho certeza do que mais irá conter no texto, já que eu funciono melhor quando me dedico a escrever o ensaio completo do que por etapas, como foi proposto. No desenvolvimento vou levantar dados de algumas referências a respeito do tema. A conclusão, como dito no último ensaio (dia 20/05), vai depender do decorrer do texto. Pessoalmente, escrever sobre o tema uma vez por semana não me ajuda em muita coisa. Com certeza vou melhorar a descrição do meu tema quando for realmente escrever o ensaio.

Ensaio 12 (10/06)

Neste ensaio foi proposto escrever uma frase para cada parágrafo do ensaio para prova. O método utilizado para essa segunda prova/ensaio não está me ajudando no processo de elaboração. Tenho um modo de trabalhar mais direto. Por isso sugiro que para os próximos anos dessa disciplina, se permanecer esse modo de avaliação, que cada aluno possa escolher como prefere se organizar.

Ensaio 13 (17/06)

Neste ensaio foi proposto a geração de uma primeira versão do ensaio para prova. No entanto não vou conseguir escrever uma primeira versão até dia 17/06.

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