Vitor Paciello

Ensaio 1

A maneira antropocêntrica do ser humano ver o Universo tem grande influência no desenvolvimento da ciência. Tudo que se aproxima dessa visão, ou que tenha utilidade para o Homem, é mais fácil de ser aceito pelo público em geral. Na física, por exemplo, a visão de que a Terra não era o centro de nosso sistema levou séculos para ser aceita. Enquanto hoje, qualquer nova descoberta (como relatividade, ondas gravitacionais, etc…) tende a ser aceita mais facilmente por representar possibilidade de novas tecnologias (celulares melhores, meios de viagem mais rápidos, internet mais rápida). Na Biologia, por sua vez, muitos estudos não apresentam uma utilidade imediata para o Homem e ainda vão de encontro com o pensamento antropocêntrico do Homem como ser mais evoluído e complexo. Por isso, é difícil para o público em geral aceitar que um fungo, por exemplo, é mais próximo do Homem que de uma planta, que a evolução não é apenas uma teoria, mas algo que ocorre o tempo todo em todos os lugare. Porém, esse mesmo público, aceita que bactérias e vírus do HIV mutam facilmente e essa evolução dificulta o desenvolvimento de vacinas e curas. Dar uma utilidade imediata ou ir a favor de uma visão antropocêntrica a um estudo tende a acelerar a aceitação da ciência pelo publico.

Ensaio 2 (04/03/2016)

A maneira como as árvores filogenéticas são construídas pelo método de Maximum Likelihood não permite que sejam feitas suposições sobre a atuação da seleção natural na evolução das espécies analisadas. Por este método, cada mudança de nucleotídeo possui uma probabilidade de ocorrência. Esta probabilidade é somada para cada carectere analisado e a árvore que apresentar a maior probabilidade total é escolhida. O problema com este tipo de analise é que se assume que a probabilidade de mudança entre nucleotídeos é constante ao longo de toda a história e isto não condiz com o que ocorre em processos evolutivos. Pela seleção natural combinações de nucleotídeos mais vantajosas seriam selecionados independente da probabilidade deles ocorrerem. A mudança de uma base A para uma G poderia ter uma maior probabilidade de ocorrer que uma mudança de A para T, por exemplo, mas, pela seleção natural, a mudança de A para G pode ser menos vantajosa e eliminada da população. Ou seja, mudanças que tem maior peso no método de Maximum Likelihood não necessariamente são mudanças que tem a maior probabilidade de ocorrer durante a evolução.

Correção (11/3/16):
O método Maximum likelihood não permite supor a atuação da seleção natural. Por este método, cada mudança de nucleotídeo possui uma probabilidade de ocorrência. Esta probabilidade é somada para cada caractere analisado. O método escolhe a árvore com a maior probabilidade total. O problema com este tipo de analise é: assume que a probabilidade de mudança entre nucleotídeos é constante ao longo de toda a história. Isto não condiz com o que ocorre em processos evolutivos. A seleção natural seleciona combinações de nucleotídeos mais vantajosas, independente da probabilidade de ocorrerem. A mudança de uma base A para uma G poderia ter uma maior probabilidade de ocorrer do que de A para T. No entanto, a mudança de A para G pode ser menos vantajosa e eliminada da população. Em resumo: mudanças com maior peso no método Maximum Likelihood não necessariamente possuem maior probabilidade de ocorrência durante a evolução.

Corrigigo por: Marília Munhoz

Ensaio 3 (11/03/2016)

A endossimbiose deu origem à diversas organelas em eucariotos. Ela pode ser divida em três tipos: primária, secundária e terciária. A endossimbiose primária foi responsável pelo surgimento da mitocôndria em eucariotos e do cloroplasto em Archeaplastídeos (plantas e algas verdes). Nela, bactérias foram fagocitadas por um ancestral dos eucariotos e incorporadas ao organismo. A endossimbiose secundária ocorreu quando algas verdes foram fagocitadas por dinoflagelados e diatomáceas, dando origem ao cloroplasto nesses organismos. Estes organismos, por sua vez, foram incorporados por Clorarachniophytes, caracterizando uma endossimbiose terciária.

Modificado por Fernanda Thomaz (18/03/16)

A endossimbiose deu origem à diversas organelas em eucariotos. (A sentença título está adequada, mas seria mais interessante excluir a palavra "diversas", indo diretamente ao assunto: "A endossimbiose deu origem à organelas em eucariotos) Ela pode ser divida em três tipos: primária, secundária e terciária. (Aqui há um erro de digitação na palavra "divididas". Além disso, antes de expor os tipos de endossimbiose, seria interessante definir o que é endossimbiose) A endossimbiose primária foi responsável pelo surgimento da mitocôndria em eucariotos e do cloroplasto em Archeaplastídeos (plantas e algas verdes). Nela, bactérias foram fagocitadas por um ancestral dos eucariotos e incorporadas ao organismo. A endossimbiose secundária ocorreu quando algas verdes foram fagocitadas por dinoflagelados e diatomáceas, dando origem ao cloroplasto nesses organismos. Estes organismos, por sua vez, foram incorporados por Clorarachniophytes, caracterizando uma endossimbiose terciária. (Seria mais interessante omitir a palavra "organismos" nessa última frase, o uso de "estes" já se refere à ela)

Em geral o texto está objetivo, o número de verbos está adequado.

Ensaio 4 (18/03/2016)

A taxa de mutação determina a escolha dos genes usados na classificação dos seres. Essa classificação é obtidas ao compararmos a sequência de nucleotídeos no DNA de diferentes espécies. De modo geral, quanto maior o número de diferenças, maior é a distância relativa entre duas espécies. Porém, existem genes (como os presentes na mitocôndria) que possuem alta taxa de mutação. As diferenças acumuladas nesses genes podem ser tão grande que impossibilita uma comparação entre grupos muito distantes. Reconstruções filogenéticas ao nível de espécies podem ser feitas usando tais genes, pois estes grupos divergiram a pouco tempo. Porém, filogenias em níveis hierárquicos maiores (famílias, filos, super-grupos) requerem o uso de genes com menor taxa de mutação (ribossomal, actina ou tubulina).

Correção - Mariana Polesso (15/04)

A taxa de mutação determina a escolha dos genes usados na classificação dos seres. Essa classificação é obtidas ao compararmos a sequência de nucleotídeos no DNA de diferentes espécies. De modo geral, quanto maior o número de diferenças, maior é a distância relativa entre duas espécies. Porém, existem genes (como os presentes na mitocôndria) que possuem alta taxa de mutação. As diferenças acumuladas nesses genes (poderia estar escrito: genes com alta taxa de mutação) podem ser tão grande que impossibilita uma comparação entre grupos muito distantes. Reconstruções filogenéticas ao nível de espécies podem ser feitas usando tais genes (que genes? Tem que voltar na frase anterior), pois estes grupos divergiram a pouco tempo. Porém, filogenias em níveis hierárquicos maiores (famílias, filos, super-grupos) requerem o uso de genes com menor taxa de mutação (ribossomal, actina ou tubulina).

O texto está muito conciso e de fácil entendimento. A proporção de verbos e pontos está boa.

Ensaio 5 (08/04/2016)

Ensaio 6 (15/04/2016)

A simbiose entre uma Archeae e uma bactéria é a provável origem da mitocôndria nos eucariotos. Cientistas propõem que havia uma dependência dos dois organismos pra a obtenção de energia. A Archeae obtinha sua energia pela metanogênese em um ambiente rico em hidrogênio, no qual o H2 era usado como fonte para produção de metano. A bactéria, por sua vez, utilizava um processo aeróbio com oxidação da glicose e liberação de H2 e CO2. Uma pressão seletiva causada por uma possível redução na quantidade de H2 no meio fez com que as Archeae com maior interação com as bactérias tivessem maior chance de sobreviver, pois poderiam usar o H2 liberado por essas bactérias como fonte para seu metabolismo. O aumento dessa pressão seletiva propiciou o estabelecimento da endossimbiose. Nela, as bactérias passaram a viver no interior das células de Archeae. Ao longo do processo evolutivo, parte do DNA das bactérias foi perdido, ou integrado ao genoma do hospedeiro, e as bactérias se tornaram as mitocôndrias existentes nos eucariotos.

**Corrigido por Gabriela Santos

A simbiose entre uma Archeae e uma bactéria é a provável origem da mitocôndria nos eucariotos. Cientistas propõem que havia uma dependência dos dois organismos pra a obtenção de energia. A Archeae obtinha sua energia pela metanogênese em um ambiente rico em hidrogênio, no qual o H2 era usado como fonte para produção de metano. A bactéria, por sua vez, utilizava um processo aeróbio com oxidação da glicose e liberação de H2 e CO2. Uma pressão seletiva causada por uma possível redução na quantidade de H2 no meio fez com que as Archeae com maior interação com as bactérias tivessem maior chance de sobreviver, pois poderiam usar o H2 liberado por essas bactérias como fonte para seu metabolismo (Achei o período um pouco longo, poderia ter sido dividido). O aumento dessa pressão seletiva propiciou o estabelecimento da endossimbiose. Nela, as bactérias passaram a viver no interior das células de Archeae. Ao longo do processo evolutivo, parte do DNA das bactérias foi perdido, ou integrado ao genoma do hospedeiro, e as bactérias se tornaram as mitocôndrias existentes nos eucariotos (Acho que essa frase também poderia ser dividida em duas, por exemplo. Mas gostei que retomou a frase título!)

No geral, achei que o texto está bom e claro! Acho que poderia só rever os períodos longos. Na maioria das frases há mais de um verbo.

Ensaio 8 (06/05/2016)

As aventuras de Lisa, a bactéria

Lisa era uma bactéria que viveu há muito, muito tempo atrás. Naquela época a Terra era bem diferente de hoje. Ainda não existiam os homens, as plantas e os animais. Todos os bichinhos eram bem pequenininhos e viviam no fundo do mar. Lisa morava perto de um grande vulcão com sua família. Ela sempre quis viajar, fazer amigos e conhecer o mundo. Mas sua família não gostava muito da ideia. Ela era muito triste por causa disso. Eles passavam o dia inteiro procurando comida e se escondendo. Se escondendo com medo de qualquer outro ser que aparecesse no mar. Mas, do que eles tinham mais medo eram dos estranhos seres que moravam no vulcão. Ninguém nunca tinha visto um, mas diziam que eles eram grandes e fortes e que conseguiam sua comida direto do vulcão, sem nunca precisar trabalhar.
Um belo dia, tudo mudou na vida de Lisa…

To be continued…

Ensaio 9 (13/05/2016)

TEMA PARA O ENSAIO

temas possíveis:

Ubiquidade x endemismo:
-Existe especiação após um grupo se tornar cosmopolita?
-abordar dispersão (métodos, distancia, tempo).
- filogenias
parasitismo x vida-livre - comparar algo: reprodução; qtde de DNA; proporção de AT/cg(?); taxa evolutiva, dois grupos específicos, transições de um hábito para o outro (basear no artigo de nematoda)

Dinoflagelados:
-Comparar estrutura: alvéolos, núcleo.
-Histonas: origem e evolução.
-o DNA gigante: por quê? tudo é usado? qual a origem?

Estruturas:
-evolução dos flagelos: origem 9+2; usos - sensorial, movimentação - em diferentes organismos; (duplicação dos genes da dineína - evolução dos flagelos e da mitose)

Tema escolhido:

Evolução dos flagelos

Duas possíveis abordagens para o tema:
1. descritivo - mostrar usos nos grupos (movimentação, sensorial, etc…). o que é homologo. Relacionar com hábitos.
2. evolutivo - discutir origem do flagelo e sua relação com a mitose: o que é ancestral? (ver parabasalia). Evolução dos genes associados.

referencia base: Hartman, H., & Smith, T. F. (2009). The evolution of the cilium and the eukaryotic cell. Cell motility and the cytoskeleton, 66(4), 215-219.

Ensaio 10

Pontos a serem tratados no ensaio:

Pretendo abordar no ensaio as principais hipóteses sobre a origem dos centríolos e cílios nos eucariontes. Os centríolos estão diretamente ligados a formação dos cílios e à mitose. Sua estrutura é conservada nos eucariontes, com perda em alguns grupos. Por isso, há uma suposição de que a estrutura estava presente no LECA (último ancestral comum dos eucariontes). Os pontos que abordarei são:

-descrever a função dos centríolos, mostrando sua importância para a célula.
-mostrar a diversidade deles nos eucariontes, fazendo um link para a evolução no grupo (uma única origem).
-Discutir as 3 principais hipóteses para a origem dos centríolos:
(1) endossimbiose - proposta por Lynn Margulis;
(2) origem a partir de vírus - proposto por Peter Satir;
(3) autogenia - diversos autores.

As referências que pretendo usar são:

Carvalho-Santos, Z., Azimzadeh, J., Pereira-Leal, J. B., & Bettencourt-Dias, M. (2011). Tracing the origins of centrioles, cilia, and flagella. The Journal of cell biology, 194(2), 165-175.
Chapman, M. J., Dolan, M. F., & Margulis, L. (2000). Centrioles and kinetosomes: form, function, and evolution. Quarterly Review of Biology, 409-429.
Nigg, E. A., & Stearns, T. (2011). The centrosome cycle: centriole biogenesis, duplication and inherent asymmetries. Nature cell biology, 13(10), 1154-1160.
Pan, J., & Snell, W. (2007). The primary cilium: keeper of the key to cell division. Cell, 129(7), 1255-1257.
Sagan, L. (1967). On the origin of mitosing cells. Journal of theoretical biology, 14(3), 225-IN6.
Satir, P., Guerra, C., & Bell, A. J. (2007). Evolution and persistence of the cilium. Cell motility and the cytoskeleton, 64(12), 906-913.
Wickstead, B., & Gull, K. (2011). The evolution of the cytoskeleton. The Journal of cell biology, 194(4), 513-525.

Ensaio 11

Organização do ensaio em parágrafos

Introdução: mostrar foco evolutivo do ensaio, diversidade e origem comum do centríolo nos eucariontes e seu papel na célula.

I1: Mostrar a importância dos centríolos para o funcionamento da célula. Descrever brevemente seu papel na mitose e mais profundamente sua participação na formação dos cílios (motores e sensoriais).
I2: Mostrar a diversidade dentro de eucariontes. Falar do carater conservado do centríolo nos eucariontes, significando numa possível origem única. link para as hipóteses de sua origem.

(Talvez inverter os parágrafos, já que o primeiro não fala muito de evolução - ???)

Desenvolvimento: Discutir as 3 principais hipóteses para a origem dos cílios e centríolos

D1: Hipótese de endossimbiose. Discutir com base no artigo da Lynn Margulis que aborda a associação de alguns eucariontes com espiroquetas. Refutar a hipótese pela falta de DNA, dupla membrana, etc…
D2: Hipóteses de origem viral. Discutir com base no artigo de Peter Satir. Centríolo teve origem a partir de um vírus com simetria x9 que atacava LECA. Com o tempo parte do material genético foi incorporado ao eucarionte. Refuta com base em falta de dados que comprovem (procurar segundo artigo do Satir)
D3: Hipótese de autogenia. diversos autores. Discutir a origem a partir de proteínas bacteriais (dineína, tubulina-like)

Conclusão: Finalizar 3 hipóteses. mostrar qual é mais aceita e qual caminho as pesquisas estão seguindo.

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